這期間，紅二、四方麵軍領導人對張國燾既團結又鬥爭，但對四方麵軍廣大指戰員卻十分團結。會師前，紅二、六軍團各級領導就對部隊進行教育，要求幹部戰士要主動和四方麵軍搞好團結。會師後，二方麵軍領導人要求部隊“凡四方麵軍來的幹部，隻準講團結”，“不利於團結的事不說，不做”。二方麵軍領導同誌還主動找四方麵軍的負責人談話，了解情況，溝通思想。四方麵軍的幹部戰士在會師前就為二方麵軍準備了毛衣、毛襪等禦寒物品，並協助二方麵軍籌集糧食、牛羊等。兩個方麵軍的幹部戰士關係十分融洽。在對張國燾既團結又鬥爭的同時，任弼時還主動向中央建議，召開政治局擴大會議解決黨內分歧；向總政治部提出，立即在三個方麵軍中做好會師的團結工作；為及時掌握全麵情況，任弼時隨紅軍總部行動，並擔任西北局副書記。甘孜會師後，紅32軍該歸第二方麵軍建製。
紅四方麵軍部分編製和領導人也進行了調整，徐向前任總指揮，陳昌浩任政治委員，王樹聲任副總指揮，李特任參謀長，李卓然任政治部主任。方麵軍共三萬餘人，下轄：
第4軍：軍長陳再道，政治委員王宏坤，參謀長陳伯均（後唐天際），政治部主任劉誌堅。所轄：第10師，師長餘家壽，政治委員葉道誌，參謀長範朝利，政治部主任汪宏清。第11師，師長周世元，政治委員陳錫聯，參謀長劉治朝，政治部主任陳美藻。第12師，師長張賢約，政治委員胡奇才，參謀長卜萬科，政治部主任鄭發生。獨立師，師長徐應忠，政治委員高厚友，政治部主任劉鬆清。各師均直屬營，無團部。
第5軍：軍長董振堂，政治委員黃超，副軍長羅南輝，參謀長李屏仁，政治部主任楊克明。所轄：第13師，師長葉崇本，政治委員朱金暢，參謀長劉培基，編有第37、39團。第15師，師長郭錫山，政治委員謝良，編有43、45團。
第9軍：軍長孫玉請，政治委員陳海鬆，參謀長陳伯稺，政治部主任曾日三。所轄：第25師，師長王海清，政治委員盛修鐸。第26師，師長劉理運，政治委員楊朝禮。第27師，師長陳家柱，政治委員李德明，參謀長薑振海，政治部主任夏祖盛。教導師，師長張道容，政治委員易漢文，政治部主任李友慶。各師均直屬營，無團部。
第30軍：軍長程世才，政治委員李先念，參謀長黃鵠顯，政治部主任李天煥。所轄：第88師，師長熊厚發，政治委員鄭維山，參謀長熊德成，政治部主任徐太先，編有第263、265、268團。第89師，師長邵烈坤，政治委員張文徳，參謀長劉雄武，政治部主任裴壽月。編有第264、267、269團。
第31軍：軍長王樹聲（兼），政治委員詹才芳，參謀長李聚奎，政治部主任王新亭。所轄：第91師，師長徐深吉，政治委員桂幹生，政治部主任黃立清。編有第273、276、277團。第93師，師長柴洪儒，政治委員葉成煥，政治部主任鄭行忠。編有第271、274、279團。
甘肅抗日救國軍（1935年11月成立）：總指揮王維舟。所屬第1路，司令李中芳；第2路，司令李彩雲；第3路，司令柴中孔；回民第6路，司令馬良駿。
金川省軍區：司令員李彩雲，政治委員邵式平。所轄：獨立師，師長李彩雲（兼），政治委員何誌餘；獨立第2師，師長馬駿，政治委員李中權，副師長金世柏。
騎兵師：師長許世友（後董俊彥），政治委員秦道賢，政治部主任李慶雍。所屬第1、3團。
婦女獨立團團長張琴秋。特務團。