這期間，張國燾還逮捕了對保衛黨中央安全與錢壯飛一起做出過決定性貢獻的胡底。據約夏在《一個通訊戰士對長征的回憶》一文中說：“我們清楚地記得，過草地時，張國燾用毒藥下在麵內，把反對他的原紅一方麵軍中央國家保衛局的部長胡底同誌（胡是上海地下黨組織派到蘇區工作的）毒死了。”（《文史資料選輯》合訂本第25冊147頁。）張國燾還以各種罪名，借肅反之機逮捕了中共四川省委派到川陝蘇區工作的黨、團員幹部200餘人，並陸續殺害了其中的100多人。他還在“改造蘇維埃”的口號下，殺害了省委秘書戚應鳳、戚應雪、馬步旭；反帝擁蘇大同盟秘書胡曼石、縣委書記趙魯平等200多人；誣害了陝南特委書記楊珊、省工農監察委員會主席餘典章、省蘇維埃副主席羅海青、赤江縣蘇維埃主席譚永壽、南江縣蘇維埃主席嶽冠鬥、巴中縣蘇維埃主席劉開賢等多人；殺害了陝西省委先後派到川陝蘇區聯係工作的幾個黨員。據溫賢美在《川陝革命根據地研究綜述》一文中說，川陝根據地在肅反中被殺掉的幹部群眾約20000人。
關於張國燾在紅軍和地方黨政內的多次肅反，徐向前指出：“張國燾1931年至1932年在鄂豫皖根據地工作時，就大搞軍閥主義，反對黨對紅軍的領導。他把紅軍當作實現個人野心的資本，立軍為私，妄圖用槍指揮黨。他以家長製代替民主集中製，以‘書記最後決定’否定集體領導，以懲辦主義代替思想政治工作，以恐嚇手段維持軍紀。他以肅反為名排斥異己，殺害大批革命幹部，大樹個人威信，造成一個‘張國燾個人的係統’。張國燾擅自決定紅四方麵軍撤出鄂豫皖，進入川陝後，進一步發展了他的軍閥主義統治，加劇了反黨活動。······由於張國燾長期推行愚民政策和高壓政策，利用許多黨員的無知以售其奸，致使革命的正義一時難以伸張。不少忠於黨忠於人民的好同誌，遭到了張國燾的無辜迫害。張國燾所造成的嚴重後果，至今想起來還令人十分痛心和憤慨！”（徐向前《永遠堅持黨指揮槍的原則》。）張國燾在川陝蘇區主持的肅反犯了嚴重的擴大化錯誤。中共中央《關於若幹曆史問題的決議》指出：“由於錯誤的肅反政策和幹部政策中的宗派主義糾纏在一起，使大批優秀的同誌受到了錯誤的處理而被誣害，造成了黨內極可痛心的損失。”“在各次錯誤路線統治時期，和黨的任何其他曆史時期一樣，一切為人民利益而壯烈地犧牲了的黨內外的領袖、領導者、幹部、黨員和人民群眾，都將永遠被黨和人民所崇敬。”