中國與日本之間盡管存在各種各樣的問題，但是相互之間也存在著各種各樣的合作，而且正是由於這些合作，才使得中日關係保持了一種基本穩定的狀態。但是，現有的合作仍然相對不足，應該繼續加強和深化中日之間的各種合作，因為合作不僅僅是改善中日關係的基本條件，而且同樣作為東亞大國的中國與日本對整個東亞地區也具有一種責任，隻有實現了包括中國與日本在內的東亞地區的多邊合作，才能最終真正建立起良好的中日關係。
一、促進中日關係發展的根本途徑
不論中日關係中存在多少問題，但是應該說中日兩國政府和大部分國民已經有了一種基本共識，即中日兩國“和則兩利，鬥則兩傷”，因為這一點已經被曆史多次證實，因此雙方都在設法維護和強化兩國關係中的積極發展因素，並想要解決兩國關係中存在的問題。為此，兩國在政治層麵繼續加強對話與交往，盡可能使各自的政策公開透明，以減少誤解，增加信任與理解；在經濟層麵繼續尋找可以合作的領域，擴大經濟合作的範圍；在文化層麵也繼續擴大交流範圍與人員來往。尤其在20世紀90年代後半期，中日關係在經曆了冷戰結束後一段時間的重新整合後終於又確立了新的發展目標。1998年11月，中國國家主席江澤民訪問日本時，中日雙方簽訂了30多項經濟合作協議，並且共同宣布建立麵向21世紀的致力於和平與發展的友好合作夥伴關係，為21世紀中日關係的發展勾畫了一個宏觀的目標。1999年7月，日本首相小淵惠三回訪中國，再次確認了雙方達成的這一目標。2000年，中國總理朱鎔基訪問日本，強調雙方的合作關係，並同日本國民進行了直接對話，增進了雙方國民的友好感情和相互理解，進一步強化了兩國交流合作的基礎。2001年，日本首相小泉純一郎兩度訪問中國，除去對曆史問題進行解釋外，也強調了與中國合作的重要性。雖然後來由於靖國神社問題中日兩國的政治關係一度處於冷淡狀態，但是在2006年10月恢複政治關係後雙方繼續強調合作，兩國首腦在2008年5月簽署了第四個政治文件，確立了建立彼此戰略互惠關係的目標。
然而，隻有總體目標和增加交流並不一定必然導致中日雙方更加理解，因為這一關係還會受到國際環境與各自國內政治變化的影響，20世紀80、90年代的中日交流規模遠遠超過了70年代，而那時中日關係中出現的問題也多於70年代就充分說明了這一點。
中日兩國關係中存在的問題，既有曆史問題也有現實問題，其中有些問題是屬於民族感情或政治理念的問題，這些問題涉及了一個民族深層次的民族尊嚴或者政治文化，是一些最不容易解決的問題，因此很難彼此說服對方，也很難在短時間內找到一個雙方都能夠接受的解決辦法。因此，除去增加諸如經濟聯係等彼此的現實共同利益之外，在中日關係中還應該嚐試去尋找一個新的辦法，從一個新的角度去看待和應對這一現實。
其實，中日關係完全可以從一個更大的範圍去思考，從而也可以尋找到更多的共同利益。麵對國際社會越來越走向全球化的趨勢，要真正解決中日關係中存在的問題，或者說要找到一條促進中日關係持續正常發展的途徑，就應該順應全球化的潮流，從超越雙邊關係的更高的角度去尋找，即摸索建立一個由中日兩國共同主導的包括東亞大部分國家在內的地區多邊合作機製，並將中日兩國關係也納入這一多邊機製之內。這樣一來，中日關係就有了新的協調合作機構與新的協調合作規則，兩國在其中既發揮主導作用，又受其製約，並且共同的地區責任會增加雙方的共同利益，比如在地區經濟合作、保護地區環境、共同應付地區金融風險、解決地區衝突等方麵的共同利益。有了更多的共同利益，就會逐漸衝淡以至消除目前兩國在雙邊關係中存在的分歧。
當然，如何建立起一個由中日兩國共同主導的東亞多邊合作機製，還有很多困難，例如中日兩國如何對待美國等地區外強國、如何在東亞國家麵前樹立中日合作而不是對抗的形象，以及如何增加東亞國家對中日共同承擔東亞地區責任的信任、如何協調多樣化的東亞各國的相互關係等等。不過，中日兩國至少在公開的政策層麵上已經表明了在地區問題上進行合作的意向，如日本早在20世紀90年代初就提出了“世界中的日中關係”的概念，試圖將中日關係放在一個更大的世界範圍內來定位，希望與中國在一些地區和全球性問題上進行合作。中國領導人也多次表示了基本相同的看法，如1992年1月中國外長錢其琛在會見日本外相時表示：“在當前複雜多變的國際形勢下，中日兩國加強在國際事務中的協調與磋商，共同為本地區乃至世界的和平與發展做出貢獻，這是我們的責任。”1994年11月中國國家主席江澤民在會見日本首相時說：“中日兩國作為本地區重要國家，在和平與發展方麵肩負重大責任，雙方應當高瞻遠矚，站在地區和全球的高度，麵向21世紀，推動兩國在廣泛領域的合作取得紮紮實實的進展，為人類的進步與繁榮做出應有的貢獻。”中日兩國領導人在1998年11月的《中日聯合宣言》中也指出：“雙方認為，中日兩國作為亞洲和世界有影響的國家，在維護和平，促進發展方麵負有重要責任。雙方將在國際政治、經濟及全球性問題等領域加強協調與合作，為世界和平與發展及人類的進步事業做出積極貢獻。”2008年5月兩國首腦簽署的《中日關於全麵推進戰略互惠關係的聯合聲明》中也同樣強調了雙方的合作，雙方承諾將增進政治互信，促進入文交流，在能源、環境、金融、知識產權等更廣泛領域進行合作，共同致力於地區的和平與穩定以及共同應對全球性問題的挑戰等等。