形成呼應，交代了主人公的身世；在史前，六道仙人征服了十尾，讓當時的世界暫時和平；此後，世界上成立了5大國，曆經2次忍者大戰後再次有短暫的和平；但是小國一直飽受戰爭的折磨，在佩恩篇，自來也（實際上四代目也是）將實現沒有憎恨的忍者世界的願望留給了預言之子鳴人。在控製九尾修行中，鳴人見到了母親，知道了自己的身世，原來出生前佐助媽媽和他的媽媽就是朋友。至此，火影主線又一次拔高，從努力到戰勝命運，到達了友情的羈絆，選擇光明還是複仇的深淵，乃至世界的和平，互相理解沒有憎恨，這是一部熱血漫畫難以到達的境界。他們可以是忍者村中的忍者，也可以是周遊列國、但仍忠於原忍者村的忍者。如“木葉三忍”中的自來也、綱手、大蛇丸。也可以是受到各國極度重視的S級叛忍，如宇智波鼬，（宇智波鼬把全族殺盡）。“曉”組織內的十人眾，本都是從各忍者村聚集而來的S級叛忍。他們的能力更可媲美影級忍者，故各忍者村均對他們加以防範。由於通常S級忍者身懷絕技，故為很多其他忍者所畏懼，不敢跟他們正麵交鋒。例如：“傳說中的木葉三忍”、“木葉白牙”、“旗木卡卡西”、“千代婆婆”、“殺人蜂”、“曉”組織各成員、“五影”。
忍者組織
暗部：1、暗部——直屬影管理的精英團隊，全稱“暗殺部隊”，執行高難度秘密任務。2、木葉暗部分支根：“根”，是指所謂的暗部特別行動部隊，也就是暗部培訓部。“根”由強硬主戰派——誌村團藏一手建立，故此“根”的成員是直接受命於團藏而不是火影的。雖然“根”在很久之前就已經被解散，但仍有不少前成員繼續效忠於“根”，已知的有：佐井、寺井、山中風、油女鬥留音等。通常執行極端的任務，手段殘忍，多為暗殺。木葉警務部隊：負責製訂村中的律例，加強、維持木葉隱村的秩序及治安，及逮捕有犯罪傾向的忍者。由宇智波一族的祖先所創立，並世世代代多由宇智波家族的人員擔當。標誌為手裏劍中央有宇智波家族的家徽——扇子，亦代表了宇智波一族的光榮。鼬的父親、身為族中的代表宇智波富嶽，就在總部工作。鼬未進入暗部前，跟弟弟佐助有同一個夢想，就是在木葉警務部隊中工作。不過，警務部隊的職權也有限，例如涉及暗部的事情，他們是無法插手。據駁所言，警務部隊實際上為第二代火影為阻止宇智波一族背叛，為表信賴所設立，實際上卻由暗部所監視，最後宇智波一族在造反前夕遭到滅族，木葉警務部隊也走入曆史。曉：由佩恩（長門）帶領，幕後老大是假冒的宇智波斑，身懷各種強大絕技的數十名身穿繡著四朵紅雲的黑色披風，頭戴係著風鈴的褐色鬥笠，手指戴標有自己代號的戒指，手指甲、腳指甲塗著紫黑色的指甲油（組織首領佩恩則為朱紅色），護額上有一道劃痕裝束的叛逃忍者組成的S級的組織，成員有：宇智波斑，宇智波鼬，佩恩長門，小南，大蛇丸，赤砂之蠍，迪達拉，角都，飛段，幹柿鬼鮫，絕。（後加入的成員）宇智波佐助，重吾，水月，香磷，兜。