在砂隱忍者村，我愛羅已經當上了新一代的風影。但是“曉”的魔掌竟然先伸向了我愛羅，這到底是為了什麼？“曉”到底有什麼樣的陰謀？我愛羅能擊退“曉”嗎？佐助到底怎麼樣了？大蛇丸奪取佐助身體的目的到底能否達成？這許多使人琢磨不透和興奮的問題引出了新的火影忍者故事的開始完成任務後，鳴人與小櫻迫於帶回佐助，因此，卡卡西班重新出動——但，隊長由卡卡西的學弟，大和代替（卡卡西用眼過度而住院），並，由“根”的一員，佐井代替佐助。任務是由大蛇丸的間諜口中，掏出關於佐助的情報。不過，佐井與鳴人的不和，並遇見大蛇丸後，鳴人的九尾化，遇見佐助後的對話究竟，這個可能的任務會因這些因素而不可能完成嗎？
2、木葉暗部分支根：“根”，是指所謂的暗部特別行動部隊，也就是暗部培訓部。“根”由強硬主戰派——誌村團藏一手建立，故此“根”的成員是直接受命於團藏而不是火影的。雖然“根”在很久之前就已經被解散，但仍有不少前成員繼續效忠於“根”，已知的有：佐井、寺井、山中風、油女鬥留音等。通常執行極端的任務，手段殘忍，多為暗殺。木葉警務部隊：負責製訂村中的律例，加強、維持木葉隱村的秩序及治安，及逮捕有犯罪傾向的忍者。由宇智波一族的祖先所創立，並世世代代多由宇智波家族的人員擔當。標誌為手裏劍中央有宇智波家族的家徽——扇子，亦代表了宇智波一族的光榮。鼬的父親、身為族中的代表宇智波富嶽，就在總部工作。鼬未進入暗部前，跟弟弟佐助有同一個夢想，就是在木葉警務部隊中工作。不過，警務部隊的職權也有限，例如涉及暗部的事情，他們是無法插手。據駁所言，警務部隊實際上為第二代火影為阻止宇智波一族背叛，為表信賴所設立，實際上卻由暗部所監視，最後宇智波一族在造反前夕遭到滅族，木葉警務部隊也走入曆史。曉：由佩恩（長門）帶領，幕後老大是假冒的宇智波斑，身懷各種強大絕技的數十名身穿繡著四朵紅雲的黑色披風，頭戴係著風鈴的褐色鬥笠，手指戴標有自己代號的戒指，手指甲、腳指甲塗著紫黑色的指甲油（組織首領佩恩則為朱紅色），護額上有一道劃痕裝束的叛逃忍者組成的S級的組織，成員有：宇智波斑，宇智波鼬，佩恩長門，小南，大蛇丸，赤砂之蠍，迪達拉，角都，飛段，幹柿鬼鮫，絕。（後加入的成員）宇智波佐助，重吾，水月，香磷，兜。