從鴉|片戰爭到八國聯軍，以及庚子賠款，中國即使淪為半殖民地國家被多個國家瓜分領土，都還沒像民國之初那樣對日恐懼。因為“門戶開放”政策，使中國政|府，無論是滿清還是民國政|府，都作為一個合法的政權被列強認可。
袁世凱指揮了整個二十一條的談判過程，現在我們能見到的，袁世凱對二十一條的原本、二十一條的修正本、和日本提出最後通牒的文本。這三本原本的東西，袁世凱在上邊用紅筆，就用朱筆，用墨筆做了批文，在許多地方做了重點的圈點。除了這些圈點之外，袁世凱對二十一條的條文的批示有70多處長短的批文，指出牽涉到國家領土主權的絕對不談。
日本在中國擴大權益，把勢力發展到長江腹地，發展到東南沿海的第五號內容，這大家都知道的，第五號內容絕對不談。這一條不僅不能承認，根本不能談，堅持住這一條不能談。他指示外交部，要認清當時強弱的懸殊，耐心談判，能夠談到對自己最有利的條件。同時說希望拖，把給日本的談判盡量地把時間拖長，因為日本提出是秘密交涉，他想用拖的過程當中，希望引起歐美列強的注意，進行國際的幹涉。這樣一直拖了幾個月，拖到5月。
5月6日，袁世凱在《大總統袁世凱致各省電》中稱：中國沿海港灣、島嶼不可讓與或租於他國、聘用日本顧問、中日合辦警察、軍械等為‘其製我死命最要之點’。在我國不宜因此決裂，蹂躪全局。但應盡心竭力，能挽救一分，即收回一分之權利。日本政|府終於惱羞成怒於5月7日向袁世凱政|府發出最後通牒，限5月9日下午6點前答複，否則將執行必要之手段。此時的日本擺出大戰一場的姿態，軍艦在渤海一帶遊弋，山東、奉天兵力增加，關東戒嚴，日僑紛紛回國。
日本提出最後通牒的時候，歐美國家沒有一個出來來支持的，甚至於像俄國還打算趁火打劫。英國駐華公使朱爾典也在這天中午前往外交部找陸征祥談話，他說：“中國已經麵臨生死存亡的嚴重關頭。我到中國40年，和大總統有30年的交情，今天不能不趕過來說幾句真摯的話。最後通牒隻能回答是或否，沒有討價還價的餘地。此時歐洲各國無暇東顧，中國政|府除接受日本條件外，別無自全之道。”美國駐華公使芮恩施也勸告袁政|府“應避免與日本發生正麵衝突”。
袁世凱在中南海春藕齋召開特別會議，征詢了袁政|府文武們的意見：“諸位說，咱們是接受，還是給日本打一場？”文武官員們一致認為，隻有接受，打不得！
袁世凱認為日本已收回對中國最為不利的第五號各條款，其他條款已非亡國條件，為了避免事態擴大，可以簽了。於是那一天下午，召集各部部長，宣布接受“二十一條”的部分要求。
5月9日23時，北洋政|府沒有等到預期的外援，以“國力未充，難以兵戎相見”為由，對外宣布接受二十一條中一至四號的部份要求。其後袁世凱就向全國通報，“不得已，隻有簽訂了，這實際上是奇恥大辱”。在國人說這是奇恥大辱之前，他都承認這也是奇恥大辱。當時這種談判，就在這種曆史條件下，沒辦法。當時在國外，中國的留學海外的精英、當時已經很成名的胡適就說，“這個談判應該說在之前中國的曆史當中，是沒有過的，該柔的時候柔，該剛的時候剛，爭取了對自己最大的退讓了”。
王芸生在30年代初編輯《60年來中國與日本》的時候也說，在回顧整個談判，袁世凱的指揮和領導，應該說是沒大錯的，當年的一些曆史學家，比如說陳恭祿的《近代史》啊，蔣廷黻的《近代史》等，也都肯定了。這時候二十一條的交涉，應該說這種結論，是中肯的。說他拱手賣國，起碼是沒有曆史依據的。
5月25日，中日在北京簽署《關於山東省之條約》、《關於南滿洲及東部內蒙古之條約》及13件換文，總稱《中日民四條約》，與《二十一條》原案比較，中國損失相較於原案已盡可能減小到最低程度。
所以最後二十一條被迫在有條件的情況下接受了，五?九，被國家定為國恥紀念日，說是奇恥大辱，這確實是。