憑借著MW1裏紮卡耶夫那極其煽動的名言和極富戲劇色彩的死亡，導致整個俄羅斯民粹化，俄羅斯人民不僅把紮卡耶夫當成了民族英雄，為其樹立起了紀念碑，同時還用紮卡耶夫的名字冠名國際機場。在阿富汗，混蛋的事情(夏培德將軍語)依然在繼續著，過去的敵人變成了今天的兵員，遊騎兵一員的Allen肩負起了訓練阿富汗新兵的職責。他的一舉一動被一旁的夏培德將軍看在眼裏，將軍覺得他是自己用得上的棋子。還沒等將軍拉Allen執行自己的特殊任務，受到武裝分子襲擊的美軍來基地搬救兵，於是我們的Allen義無反顧地上了悍馬。
剛開始的阿富汗車隊
一路上，夏培德闡述著自己關於現代戰爭的理解和自己的一套勝者為王的理念，說到熱血之處，把普世價值吹得天花亂墜，而自己隻是為了讓世人明白這種價值的戰爭機器而已。河岸上，大義凜然的夏培德將軍拉起Allen，說出了遊騎兵當先的名言就一溜煙地跑掉了，Allen跟著車隊，借著美軍導彈炸掉為數不多的高層建築的餘威，一路殺過阿富汗小學，最終踏上了夏培德將軍的直升機的階梯。
在飛機上，夏培德將軍二話不說把Allen劃歸到CIA的單位名下，同時告訴Allen你有幸將和地球最強特種部隊141合作，而另外兩位應該和你一隊的隊員現在在俄國冰天雪地裏執行任務。沒多久肥皂和我們的第二主角回報任務全部完成，再拿回ACS模塊的同時，還毀掉了整個俄軍基地。
俄羅斯基地
於是，夏培德將軍提出自己對Allen要求的東西更多，夏培德將軍要求Allen假扮俄軍士兵，同時被安插在馬克洛夫的身邊，以便隨時抓獲馬克洛夫。夏培德將軍同時也大致交代了Allen另一部分屬於CIA秘密權限的任務，那就是暫時成為馬克洛夫的“朋友”，一起實施紮卡耶夫國際機場的恐怖襲擊的任務，同時嫁禍給紮卡耶夫殘黨，以使俄羅斯政治變天。夏培德將軍不無深情的說道，這是一場不計代價的交易，不管付出有多少，即使是你的生命，但是與你將要拯救的人相比，這些都不算什麼。於是Allen就屁顛屁顛地去了俄羅斯，混入了馬克洛夫的恐怖分子裏。
在紮卡耶夫國際機場，對著Allen出色地完成了CIA部分的任務，給俄羅斯傳遞了一個紮卡耶夫殘黨所為的信號。因為馬克洛夫曾經是紮卡耶夫的門徒，由他施行的恐怖活動自然算在紮卡耶夫殘黨身上。然後不知怎麼的，馬克洛夫在逃出升天的最後時刻，識破了Allen的CIA偽裝，一槍幹掉了Allen，他似乎是改變了原來發動恐怖襲擊所要傳遞信號的初衷，自己給世界和俄羅斯留下了一個信號。那就是這場由紮卡耶夫的門徒領導的恐怖襲擊背後實際上是CIA的傑作。
恐怖份子襲擊機場
因為Allen的行為和身份，美國和141特別行動隊的說辭再也沒有人相信了，他們迫切需要一個足以讓人信服的證據，於是順著機場查獲的Bullet，141特別行動隊把武器提供者鎖定在了巴西。他們希望透過Bullet找到武器提供商，並最終查到馬克洛夫的地址，還自己一個清白也好，問清事情來龍去脈也好。
巴西巷戰
與此同時，在被機場屠殺悲劇震動的俄羅斯，複仇的情緒一浪高過一浪，政府最終不顧一切地組織起了最龐大的空降力量，透過之前在被美軍搶回前複製的ACS模塊數據模擬，俄軍突破了美軍甚至是整個北約的防線，對美國東海岸心髒地帶發動了突然襲擊。
百年來首次，外國的軍隊空降到了美利堅合眾國的領土上。剛回國沒一兩天的遊騎兵不得不再拿起現代武器，逐街逐屋和俄軍打起攻防戰。僅僅是為了報機場屠殺的仇，俄軍就要讓美國人民付出千倍的生命為代價。一時間整個華盛頓周邊一片焦土。
與此同時，遠在巴西的141特別行動隊終於抓獲了想要的犯人，問出了自己想要的答案，一個對馬克洛夫極其重要的犯人被關在TheRock裏。這是對141來說是通往馬克洛夫這個罪魁禍首的下一站，於是和夏培德將軍聯絡之後。夏培德將軍提議讓141隨反攻俄羅斯的美軍太平洋部隊行動，而且現在有一個非常重要的任務要141協同完成。本來戰爭中什麼都可以幹，但是夏培德將軍對隊員們聲明自己重視生命多過用武力使對方屈服。而此時，在西伯利亞東麵的海上，有幾個鑽井平台被走向極端的俄軍士兵占領了，他們綁架了平民讓他們當人質，逼迫美軍不能攻擊平台。而他們自己則在平台上裝滿了導彈和炸藥，隨時準備把美軍送到大海裏喂魚。141特別行動隊接受了夏培德將軍癱瘓平台的任務並出色地完成了任務，在把去除大部分威脅的鑽井平台交給隨後趕到的美軍部隊之後，141特別行動隊向著大陸那塊的TheRock飛去。
海上鑽井基地
由美軍戰機開道，141特別行動隊很快攻入了TheRock，並且在浴室裏殲滅了居高臨下的俄羅斯海軍陸戰隊隊員。當他們打開那位對馬克洛夫很重要的犯人的牢門的時候，作為隊長的肥皂一下子驚呆了，這不是肖恩康納利嗎?他抹抹眼睛，仔細地看了看，原來不是前SAS&英國間諜，而是自己的師傅兼基友，Price。雖然很想上去熊抱一下，但是時間不等人，美軍的戰艦為了徹底癱瘓TheRock，將要進行大規模轟炸，於是在一陣有驚無險的火光之後，141眾人逃出了惡魔島。
惡魔島之旅
在獲得救出Price的消息之後，將軍建議Price帶領141的隊員迅速去抓獲馬克洛夫。不過Price的建議是先終結華盛頓的戰事，用不遠處核潛艇基地裏的ICBM攜帶核彈高空引爆製造EMP效應，摧毀俄軍在東海岸的全部電子設備和戰鬥器械，不讓俄軍鞏固自己的灘頭陣地，之後俄國本土就沒辦法增援了，Price打賭說戰事將在明天全部結束。