工奉行主管國內建設，包括基礎建設和民事建設，國內居民修築建築都需要找工奉行登記。戰時有打造武器之責。
商奉行主管領國內商業行為，督促商人們交稅。刑奉行主要就是抓捕違反律法的事情，包括武士都可以抓。
這些適用於一萬石以上的大名可用。
一萬石以下的可以自行安排。
至於小笠原輝長這裏就設立了秘密部門，部長就是飯綱信元統領，副部長為出蒲清種，以及伊賀國的守護仁木義政被小笠原輝長的條件降服，投靠了小笠原輝長。
以至於伊賀國的國人服部氏加入小笠原輝長的麾下。
服部氏出名的就是服部半藏了。
伊賀眾由著名的“三上忍”統領，即服部、百地和藤林。
服部氏相當有名，因為他們誌向高、眼界寬，敢於走出伊賀的崇山峻嶺，去別處混飯吃，首領之一的服部半藏正成侍奉德川家康，屢建奇功，最終領八千石俸祿，成為產業較大的地主和政府官員。
服部正成，乃德川十六神將之一，又號稱“鬼半藏”。
服部家是出自伊賀國的豪族。出侍室町幕府十二代將軍足利義晴，室町幕府衰退後；父親保長與鬆平清康（德川家康祖父）有來往而受清康征召，為赴鬆平家埋姓，改姓服部。
半藏麾下的伊賀同心兵士中有不少是伊賀忍者。因此流傳至後世的印象中，服部半藏之名代表著德川氏有名的忍者軍團。
1569年，掛川城攻戰中，又協助本多重次落城。1572年，在三方原合戰中再次立下大功，並得到家康的重賞。
1579年，家康的長子鬆平信康被迫在二吳城切腹。據說是已經被任命為天方山城守的服部半藏擔當了信康的介錯。
但是半藏整個過程都伏地大哭，連刀都不能舉起。但這種說法沒有足夠的史料支持。
最重要的是1582年，本能寺之變爆發，織田信長因明智光秀叛變於本能寺戰死。
當時家康受邀在堺市遊覽，正準備趕回京都接受信長新的款待，突然先發京都的家臣本多忠勝前來稟報：“主公，出事了……”家康注目服部半藏，半藏利用手下忍者，很快就查明了消息的準確性——作為忍者集團，為主家打探各地情報本是不需要特別分派的任務。
當時京都附近都是明智及其黨羽的部隊，還有很多趁亂襲擊落難武士的“山伏”〔即山賊，但大多由農民兼任〕，家康此行目的本是遊山玩水，所以隨從隻有十餘人，根本無法保障自己的安全。
自度不免的家康當場就要自殺，卻被半藏勸住了：“隻要逃回三河國，就是咱們的地盤了。請交給屬下吧，屬下一定護送主公安全抵達！”
半藏所以會有如此自信，因為當時伊賀、甲賀的忍者集團都被織田信長剿滅，殘餘勢力正藏在群山中嗷嗷待哺，半藏有把握將這些沒飯吃的老鄉招出來幫忙。
因此商定的逃脫路線，是從京都附近的宇治川向西進入伊賀國，穿過伊賀的崇山峻嶺，最後從伊賀國白子港坐船逃離。
德川家康遷都至江戶城時，半藏負責江戶城西門的警備、因此這個西門到德川幕府結束都還有‘半藏門’的稱呼。
正成之長子正就在大阪城夏之陣之役戰死，次子正重後來因事改易，服部家因而斷絕。
但正成創建的德川忍者集團，日後成為幕府公儀隱密集團，為幕府監視諸侯舉動的利器，對於德川江戶政權二百多年的安定有不可磨滅的功績。
現在服部保長因為小笠原輝長的命令不得不退位，把家督的位置讓給了隻有十幾歲的服部正成。
而服部正成則轉仕小笠原輝長麾下。
這支忍者集團分了好幾個支部，一部打探各地的情報，監視等等，一部打探戰場情報，一部監視國內情況，還有一部是負責刺殺等行動。
總之忍者在小笠原輝長的領國裏全部規範化，上中下三忍級別分級明確。
而且隻有小笠原家的忍者才叫忍者，其餘與忍者相關的某某眾一經發現就是捕殺。