萬曆（1582）內閣首輔張居正死後，神宗就開始連續不上朝。李太後年紀漸大，對明神宗也實在無力再管束。
萬曆十七年（1589）元旦，神宗以日食為由免去元旦朝賀。
萬曆十七年十二月，大理寺左評事雒於仁上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請罷官。最後明神宗竟三十年不上朝。隻在萬曆四十三年（1615年）勉強到金鑾殿上亮了一次相，許多朝臣都沒見過皇帝一麵，經過這一時期明朝的國力進一步衰退。而此時的努爾哈赤率領的女真族卻崛起於東北地區，以後成了明朝的大患。
萬曆三大征明神宗萬曆帝（1573年～1620年）年間，先後在明王朝西北、西南邊疆和朝鮮展開的三次大規模軍事行動；分別為李如鬆（李成梁長子）平定蒙古人哱拜叛變的寧夏之役、李如鬆，麻貴抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的朝鮮之役，以及李化龍平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役。
寧夏之役自1592年（萬曆二十年）二月十八日延至九月十八日。
朝鮮之役第一回衝突自1592延至1593年（萬曆二十至廿一年）；第二回衝突自1597延至1598年（萬曆廿五至廿六年）。播州之役自1599延至1600年（萬曆廿七年至廿八年）。
三大征明軍雖均獲勝，但軍費消耗甚巨，對晚明的財政造成重大負擔。但實際上明代晚期僅對後金的戰事，耗費就高達六千餘萬兩，遠超三大征。而三大征實際軍費則由內帑和太倉庫銀足額撥發，三大征結束後，內帑和太倉庫仍有存銀！遠雖達到傷筋動骨的地步，但“三大征”曠日持久，曆時近十年，到萬曆二十八年六月結束。“三大征”雖都以勝利而告終，但每場戰爭都是一波三折，驚心動魄，勝利的同時也付了出了慘重的代價。
奢崇明於天啟元年（1621年）九月於重慶起事，圍CD達一百多天。安邦彥於天啟二年二月起兵，進圍貴陽兩百多天。
叛亂發生後，明朝廷調水西及永寧兵赴遼東作戰而激起反抗。戰爭從天啟元年至崇禎十年，前後持續17年，波及川黔雲桂四省，死傷百餘萬，大規模交戰持續9年。
天啟六年(公元1626年)正月，努爾哈赤率兵號13萬（實6萬）攻明，連續攻克錦州、鬆山、大小淩河、杏山、連山和塔山七城，繼而圍攻寧遠，致書袁崇煥要他投降.當時袁崇煥官任寧前參政，在大兵壓境、外無援兵的危急關頭，袁崇煥大氣凜然，毫不害怕.他和總兵滿桂、副將朱梅、參將祖大壽等集將士赦血誓師，堅守寧遠.
此戰，袁崇煥組織軍民堅壁清野，協力共守，鏟除奸細，憑堅城用大炮，配以火攻，殺傷後金軍1.7萬人，挫敗了努爾哈赤奪占遼西和山海關的企圖，是明朝對後金作戰的一次重大勝利。使明朝軍民重新樹立了戰勝後金軍的信心。史稱（寧遠大捷）
明朝設有九邊重鎮，由重兵把守（曆史上有九邊鬧響，現在查不到了！大概是在萬曆三十年以前的事，凡是鬧響將領皆被斬殺）
明朝末期，天災人禍不斷發生，階級矛盾日益尖銳。明廷麵對皇太極在邊外的威脅和內地的災荒，為了節省開支，精簡機構，明廷被迫對驛站進行改革，而陝西又逢旱災，人民無法生活，隻有鋌而走險。明末農民起義首先爆發於陝北。這裏土地貧瘠，生產落後，賦稅和徭役嚴重，加之連年發生災荒，所以率先引起農民起義。
天啟七年（1627年）三月，陝西大旱，澄城知縣張鬥耀不顧饑民死活，仍然催逼稅，敲骨吸髓地榨取農民。白水饑民王二聚集了數百個無法活命的農民進行鬥爭，他聲問大家：“誰敢殺死知縣？”大家異口同聲地說：“我敢殺。”於是王二率饑民衝縣城，殺死張鬥耀，揭開了明末農民戰爭的序幕。
天啟八年（1628年），陝府穀王嘉胤、漢南王大梁、安塞高迎祥等領導饑民起義，全陝響應。
崇禎元年（1628年）七月，王嘉胤、楊六、不沾泥等在陝西府穀等地首舉義旗，從崇禎元年至崇禎三年間，高迎祥、張獻忠、李自成等先後起義，陝境共有義軍100餘部。千部官軍邊兵，因缺餉嘩變，亦加入義軍，並成為骨幹。此時義軍作戰，自發性、盲目性強。明廷令三邊總督楊鶴采用“剿撫兼施、以撫為主”的戰略。但明廷無力養活大批饑民，已就撫者，紛紛再起。楊鶴為此入獄，洪承疇繼督陝西，改用“以剿堅撫，先剿後撫”方針，集中兵力進攻陝西義軍。
各部義軍先後東進，李自成、張獻忠約在1630年前後也加入了起義軍的隊伍。
崇禎三年（1630年），張獻忠在陝西米脂十八寨起義，自稱“八大王”。李自成也殺死貪官造了反，在高迎祥領導的起義軍中當“闖將”。