及明亡而清興，經術遂昌明一時，尤重程、朱之學。是以國初則有奉程、朱之學的顧炎武，祖述陸、王之黃宗羲，折衷朱、王之孫奇峰等，其後占顯要於朝廷之學者如湯文正斌、魏果敏象樞、李文貞光地、熊文端賜履、張清格伯行、朱文端軾、楊文定名時、蔡文勤世遠、雷副憲鉉、陳文恭宏謀等，大抵皆遵奉程、朱之學者，康熙五十二年（公元1713年），敕李光地編纂《周易折衷》，自是以後，雍正中敕纂《詩》《書》《春秋》之《傳說彙纂》，降而至乾隆十三年（公元1748年）作《三禮義疏》，經書注釋，就逐漸完成。大概這些書都本自朱子傳注而又折衷諸家者，是以程、朱之學，當為清朝公許之學。
有明一代王學流行勢壓朱學，然既入清代，風氣一變，而朱子之學乃為當時的指導精神。
然而清朝學術之特色乃不在程、朱學派之活動而在始自明遺臣黃宗羲、顧炎武等的考證學之興隆。
黃宗羲（公元1609—1695年），字太衝，號梨洲，又號南雷，其學乃繼自明末劉宗周（公元1578—1645年，字起東，號念台，又號蕺山），初學程、朱之學，後信王陽明，然惡龍溪末學空論本體而流於禪，是以力言慎獨之功夫，思由是以振興王學。黃宗羲夙受其訓乃以慎獨為旨，重致用抱經世大策，誌圖恢複明朝，然其誌不成，僅在學問上留下不朽的功績。他討厭明人那種嚐語錄之糟粕而為遊說的方法，於是先窮《六經》，次讀曆史，欲得實際上可以活用的學問。本此懷抱他就整理明代學者的著述，撰《明儒學案》六十二卷，指摘龍溪後學之流弊，闡明陽明之精髓，懷著同樣的希望，他又作《宋元學案》，然書未完成，人已死去，其子黃石家乃續成之，更經全謝山之整理，乃成今日所存之《宋元學案》一百卷。《明儒學案》與《宋元學案》，可謂中國之學術史或思想史之第一部著作，其裨益後學，良非淺鮮。萬斯同就是出自他的門下，長於曆史學，獨著《明史稿》五百卷。斯同鄉人全祖望謝山亦私淑黃宗羲，完成《宋元學案》，又著《經史問答》。總之，黃宗羲也是陽明學者，本陽明六經皆史的見地，而一切皆以曆史眼光觀察，由是他可以說是促進清代史學發展的第一人。他又有《易學象數論》之著而批判易圖，其弟之子黃宗炎亦著《圖書辯惑》，此二書可謂為後來胡渭的《易圖明辨》之濫觴。
顧炎武（公元1613—1682年），字寧人，號亭林，昆山人，明代學風馳於空疏，無視六經，多談空義，亭林疾之，乃精讀古典，跋涉天下，實地征之，考古按今，以求永世斷案，遺作有《日知錄》三十卷及其他各書，他本是尊重程、朱之學的，是以排斥王陽明，又輕視宋、明語錄，而重六經，以為經學即理學，經學之外別立理學乃是錯見雲。（《亭林文集》下《學指南序》及全謝山《亭林先生神道表》引顧氏之言）以為要研究經學一定要博集證據，始能得精當之判斷，是以慕其學風者皆以考證攻究經書，其後學考證家踵出，為清學別開生麵。
顧炎武後輩就是閻若璩，閻（公元1636—1704年），字百詩，太原人，據傳顧炎武遊太原時曾會見過他，又在炎武所作的《廣韻》初版的校刊者人名中有“受業閻若璩”（《漢學師承記》卷一）之名，則他恐怕是曾經就學於顧氏之門吧。他是個非常勤學的人，畢生盡心研究《尚書》，二十四歲時讀《尚書》，疑心其中的二十五篇乃後人偽作，於是為了證明這點懷疑，乃羅列百二十八條理由，而著《古文尚書疏證》八卷。而與他同時的程定祚著《晚書訂偽》，少後則惠棟（公元1697—1785年）著《古文尚書考》，讚同閻氏之意，自是以來，所謂《書經》之一半乃東晉人所偽作的見解，已成學界定評。雖黃宗羲門下毛奇齡曾作《尚書冤詞》反對閻氏意見，然亦不能動搖已成定評之輿論。更後則惠棟門下，出江聲與王鳴盛二人，前者著《尚書音疏》，後者作《尚書後案》，引用了很多後漢學者馬融與鄭玄的注釋，由是以闡明千餘年來，付之等閑的漢代之經說。所以後人稱他們所研究的經學為漢學原來是針對宋之經學而言的。在被斷定為東晉人偽作的二十五篇中，如宋、明儒者借之為論心性的典據的《大禹謨》篇也在其中。抹殺了它，就可以差不多動搖了程、朱學說的基礎，同時由江、王諸家所搜集的漢人之經注與程、朱之解釋亦有很大的出入，這也是足以減輕人們對程、朱的信仰的。