大概所有的天才科學家，都心懷一種對知識的幾乎病態的求索，山本正夫心中的道德天平很快便傾斜了。
漸漸形成了一支以他為首的研究隊伍，主要從事對神秘病毒的破解工作，探索它對生物基因改造方麵的可能性。
他的團隊主要研究那些人類意外感染者，並用動物從事相關實驗，不過，他多少也默認了另外一些人用活人做實驗的情況，對於他們所提供的研究數據也欣然接受。
在日本本土的大量實驗，最終還是被歸於失敗。
從病毒改造利用方麵來看，效果非常不理想，對於病毒感染後出現何等變異，仍舊無法控製。
99%以上的實驗對象會出現巨人化現象，對於巨人化的感染者，已經可以成功延長他們的存活壽命——可以延長到五年四個月，問題在於他們的智力。
所有巨人化的感染者，智力會嚴重降低，從軍事角度來講，連訓練成普通士兵的可能性都沒有，毫無實戰價值。
——不過，日本軍部方麵並沒有放棄的打算，至少他們研究出的一些細菌武器、病毒武器，戰爭價值十分可觀。
日本侵略者占領東北後，這個秘密而又十分危險的機構，便從日本本土，轉移到了中國東北地區，全稱日本關東軍駐滿洲第731防疫給水部隊，對外宣稱加茂部隊，石井絕密機關。在中國一般稱之為731部隊。
最初這個單位設在哈爾濱市平房區新疆大街，後來擴展到遼寧、內蒙古、河北等多地，隨著機構擴大和研究人員的大量增加，為了保密起見，這個組織愈發的軍事化，除了加派大量特務參與外，對於原來許多保留學術職稱的研究人員，也開始編製軍階，完全軍事化管理。
二戰後期，關於731給水部隊的情報才陸續曝光，給水部隊利用中國平民、聯軍戰俘進行生物武器、化學武器實驗的慘絕人寰的行徑，引起了全世界輿論的軒然大波。
在中國期間，山本正夫同至少三位研究人員任職“特別參謀”，指導總部及各處分支機構的研究工作。
根據山本正夫的記憶碎片，衛青雲等人又發現了731部隊設在河北、遼寧、內蒙古的總共五處實驗基地，規模極其龐大，是日本侵略中國，踐踏中國主權，違背國際公約，用活人進行凍傷、細菌感染、毒氣實驗的重要罪證。
此時，第二次世界大戰已經進入白熱化階段，而山本正夫作為曾經留學歐美掌握多門外語的“重要學者”，再次發揮其專長，多次到德國、意大利、匈牙利、羅馬尼亞等法西斯國家交流學習，再次啟用了多個間諜身份。
直到那個時候，山本正夫仍未結婚，甚至連戀愛都沒有過，從大三開始被征召進入秘密研究機構，除了幾次被監視下的遊學外，他的人生一大半都處在一座封閉的生物與病毒，細菌與屍體的囚籠之中。
每一個初次接觸到他的人，都可以輕易做出判斷——他是一個殘缺不全的人。
甚至，長年負責照顧他起居生活，並監視他的特務，都在一次酒後吐真言說——