最後的法令
洪武二十八年（1395），朱元璋自感來日無多，他把滿朝的文武大臣召集到了奉天門發布了一場重要談話。這也可以說是朱元璋對如何治理國家的總結：
朕自起兵至今四十餘年，親理天下庶務，人情善惡真偽，無不涉曆，其中奸頑刁詐之徒，情犯深重、灼然無疑者，特令法外加刑，意在使人知所警懼，不敢輕易犯法。然此特權時處置，頓挫奸頑，非守君所用常法，以君統理天下止守律與大誥，並不許用黥、刺、剕、劓、閹割之刑。蓋嗣君宮生內長，人情善惡未能周知，恐一時所施不當，誤傷善良。臣下敢有奏用此刑者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。
自古三公論道，六卿分職，自秦始置丞相，不旋踵而亡，漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下庶務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。
皇親國戚有犯，在嗣君自決，惟謀逆不赦，餘犯輕者與在京諸親會議，重者與在外諸王及在京諸親會議，皆取自上裁。其所犯之家，止許法同舉奏，並不許擅自逮問合議。親戚如皇後家、皇妃家、東宮妃家、王妃家、郡王妃家、駙馬家、儀賓家、魏國公、曹國公、信國公、西平侯、武定侯之家，朕皆已著之祖訓。爾五府、六部等衙門，以朕言刊梓，揭於官署，永為遵守。
這段談話的第一部分是關於刑法的。在這個時候，朱元璋首次承認自己的法外用刑，強調了因時製宜，不得已而用之，並且嚴加申明後下不為例。也就是從這個時候起，朱元璋開始醞釀修訂洪武七年（1374）的《大明律》。修訂後的《大明律》頒行於洪武三十年（1397）年五月，將原律中的七十三條量刑較重的部分進行了修改。從整體上看，修訂後的這部律法中的刑罰依然過重，但畢竟是將整個大明王朝的航船駛入了正確的航向。
談話的第二部分是重申廢除丞相製度的正確性和必要性。這也構成了明清數百年間的朝廷政治格局。
談話的第三部分則是有關藩王。這是朱元璋一直不斷考慮和思索的重要問題。這一年的幾個月後，朱元璋頒布了《皇明祖訓條章》，這個《祖訓條章》是在洪武六年（1373）五月頒定的《祖訓錄》的基礎上製定而成的。朱元璋對於這部《皇明祖訓條章》寄予了極高的期望。他在頒行這個條章之前，對禮部有這樣一段訓示：
自古國家建立法製，皆在受命之君，以後子孫，不過遵守成法，以安天下，故日夜精思，立法垂後，永為不刊之典，如漢高祖刑白馬盟曰：“非劉氏者不王。”以後諸呂用事，盡改其法，遂至國家大亂，劉氏幾亡。此可為深戒者。爾禮部其以朕訓頒行天下諸司，使知朕立法垂後之意，永為遵守，後世敢有言改變祖法者，即以奸臣論。
在這段講話中，朱元璋展示了他希望能夠立法垂後的擔當以及作為萬世師表的決心。為了表明自己的正確性，朱元璋再次援引了他所喜愛的劉邦現身說法，指出後世破壞了劉邦立下的規矩才產生了禍亂，盡管他認為劉邦在立法垂後方麵做得遠遠不夠。
從內容上看，這個條章共分祖訓首章、持守、嚴祭祀、謹出入、慎國政、禮儀、法律、內令、內官、職製、兵衛、營繕、供用13個部分。內容無所不包、細致入微，極具實用性。在這裏他再次強調了不許設立丞相，不許後宮幹政，不許太監幹政，等等，同時花費了大量筆墨，再次勸誡諸王與皇室同心同德，保護大明江山，保住自己的榮華富貴。朱元璋在這裏寫道：
凡自古親王居國，其樂甚於天子。何以見之？冠服、宮室、車馬、儀仗亞於天子，而自奉豐厚，政務亦簡，若能謹守藩輔之禮，不作非為，樂莫大焉。至如天子，總攬萬機，晚眠早起，勞心焦思，唯憂天下之難治。此親王所以樂於天子也。
這其實是朱元璋在勸說藩王要知足常樂。為了能夠起到震懾的作用，朱元璋可以說是恩威並施。在教育藩王上，朱元璋曾這樣對他們說：
凡古王侯，妄窺大位者，無不自取滅亡，或連及朝廷俱廢。蓋王與天子，本是至親；或因自不守分，或因奸人異謀，自家不和，外人窺覷，英雄乘此得誌，所以傾朝廷而累身己也。若朝廷之失，固有此禍；若王之失，亦有此禍。當各守祖宗成法，勿失親親之義。
朱元璋的這種勸勉中又含有警戒。在朱元璋的眼中，他分封的那些藩王，既是朝廷的隱憂，同時又是一種守護國家的重要力量。
後事的交代
洪武三十年（1397）年，朱元璋一直忙碌的身體給他發出了最後的預警。朱元璋病倒了，但是一旦等到病情有所好轉，朱元璋就開始留心身邊精明強幹的托孤大臣。一天，朱元璋就問兵部右侍郎齊泰關於邊疆諸將的情況，齊泰把一個個將領的姓名、履曆、功過甚至個性都說得清清楚楚。朱元璋暗自驚喜，又向他問山川要塞以及布防的情況，齊泰則一邊介紹，一邊從袖口中抽取自己繪製的山川關津以及兵力布置的示意圖。朱元璋此時決定齊泰是可以被重用的人才。
洪武三十一年（1398）年四月，朱元璋已經步履蹣跚。按照正常的規定，每年的四孟時節，也就是陰曆正月、四月、七月和十月以及除夕時節皇帝要親自去太廟上香祭祀。但是此時的朱元璋自己行動都已經是十分困難了。為了朱元璋的身體著想，妃子以及內侍大臣都勸說朱元璋不要親自去了。按禮節的話，朱元璋可以派遣皇太孫代為行祭。
朱元璋考慮了良久，最終還是決定自己去祭祀。這其中的原因我們現在已經不得而知，最有可能的就是他自己覺得這是最後一次向他的父母敬獻祭品，表達自己心意的機會了。在朱元璋的心目中，他虔誠地相信，他自己從一個放羊的流浪孤兒到最終成為大明王朝的天子，並且能夠在天子之位上安享30多年，這都是父母以及祖宗的恩澤。他也相信，隻要自己誠心向父母祈禱，將來也一定能夠保佑自己的子孫後代永享富貴。