支配明代思想界的儒家學說，為朱子學。因為永樂時，坊間有《四書五經大全》一書，其內容悉依據朱子學說而編纂。當時之科舉考試，悉依據這《四書五經大全》之說行之。故士林的思想，無出乎《四書五經大全》以外者。象山之學，當時視為禪學，視為異端。但朱子博古通今，明初的宗朱學者，從說格物窮理，實際隻就朱子所著的《近思錄》，或此等書而研究，其學識非常淺陋。陽明出版《古本大學》時，當時的學者，尚有不知除朱子的《大學章句》之外，有《古本大學》者。由此，可知當時學者的固陋。故徒說“居敬窮理”，而不知反省其心。陽明初研究佛老，後認道家長生不老之說的可笑，又悟佛家的棄人倫出家思想的反乎自然，因紹述象山的“心即理”說，標榜“致良知”，說“知行合一”之說。以反抗朱子之說。茲提要揭其學說與朱子學說迥異之點於後。
朱子對於“理氣”之說，視為二物，而立二元論。陽明的理氣觀，則認為一物的兩麵，而倡對等的一元論。
朱子的“性論”，謂性的本體，即“未發之中”，不可以“善”“惡”名。其所為善，是已發之和，偶然與陽明之說，大致相同。但陽明謂性體的發用，必借“氣”行之。故告子的所謂“四端”，即不外乎氣。故“性即氣”“氣即性”，二者如二，二實為一。稟受後之性，是不可分的。關於此點，朱子號稱稟受後之“性”為氣質之“性”，而認性氣的不可離，然性、氣之間，猶設截然的區別。故其觀點，因以不同。這是因為朱子執理氣二元論，陽明執理氣一元論，由此而生的自然的歸結。
“心”與“理”的關係，朱子認為虛靈氣中具有性的理者為心，即寓於理的氣中者為心。換句話說，即理與氣相合，而成為心，將兩者區別而觀。陽明則據象山之說，認為心即理，視心與理二者為同一之物。朱子之說，認心主乎一，而實管乎天下之理；陽明之說，認心虛靈不昧，眾理具而萬事出。
致知格物之說，朱子認“知”為知識之知，“物”為事事物物，致知格物，為“即物窮理”之意。萬物之理，號“皆備於吾心”，然不學，則不知理，故即物窮理，以開發吾心。陽明認“知”為“良知”，格物之“格”，為“正”之意，故物為意之所在。吾人的良知，靈昭明覺，但蔽於物欲，即失其真，故當格物，去人欲，存天理，複其良知於至極。致良知的工夫，靜坐固有效，但不過其一法。此外，必在事上磨練。這一點，與宋儒的致知格物專事靜坐者不同。
知行合一說，為陽明的主張。朱子則主張先知而後行說。這是由於對格致的認識各異而然。蓋朱子認“知”為經驗的知識，故廣窮事物之理，即至於知，故倡生知後行說。陽明認“致知”為致我的良知於意之所在的事物上，故有知行合一說。
陽明在大人教育論中，釋《大學》一書中所論為“大人之學”，《大學》是談聖道、偉人修養論的書，與朱子之釋《大學》為“大學教育論”之見不同。朱子之所謂“大學”，是與“小學”相對而言的大學。朱子認《大學》三綱領之“在親民”中的“親民”二字，應改為“新民”；陽明則主張仍存其舊，作“親民”二字，親民則所以明明德，為明明德的手段。又“止於至善”，朱子認為至善當於事事物物中求之，陽明在至善為本然之性，為良知，止至善，則為複本然之性。再朱子研究《大學》一書，以“格物致知”為主眼，陽明則以“誠意”為眼目，格物隻為誠意之功。誠意之極，不過止於至善。至於“至善”之則，為致知。