元豐八年，九歲的太子趙煦即位，高太皇太後垂簾聽政，於是她急召舊黨領袖司馬光入京主政，次年的司馬便任尚書左仆射、兼門下侍郎，數月間盡廢新法，罷黜新黨。而西邊的夏人見舊黨司馬光重新掌權，於是便欺負宋朝皇帝年幼，公然撕毀協議，在邊境上重新屯兵集結，準備戰爭，見西夏的梁氏姐弟出爾反爾，三反四覆，高太皇太後不是加強防禦，備戰、備荒，而是臨時換帥、換將，把呂惠卿派到太原當知府，讓李夔遷朝內大宗正丞，派文官趙□為延安知府，用武將宗澤協防延安。
當舊黨瘋狂報複，盡廢新法時，已成為翰林學士兼禮部尚書的蘇軾則不同意司馬光廢除王安石的免役法，蘇軾並不是頑固的守舊派，隻是認為宋朝當時的國情並不適宜改革，因這些觀點，觸犯了舊黨的基本利益，與司馬光的守舊思想方枘圓鑿，格格不入，因而遭到了舊黨官員的集體圍攻，舊黨幹臣張璪、蘇轍、李清臣的表現尤為突出，高氏專權後，仨人成了司馬光報複新黨的急先鋒，製造了許多冤、假、錯案。而上官均作為監察禦史，他秉公論事，依照大宋的法律、典章，彈劾了氣焰囂張的張璪、蘇轍、李清臣，保護了大宋許多讚同新法的朝廷官員，當然也包括了屬於舊黨官員的蘇子瞻，而沒過多久，那辭居家鄉後不久又隱居江蘇鍾山的變法領袖王安石見新法皆廢，鬱然悲逝鍾山（今江蘇南京），朝廷贈“太傅”諡“文公”。
就在王安石赫然去世不到半年的時間，舊黨的領袖司馬光也緊隨其後，中風猝逝，他為相僅僅8月便撒手人寰，高太皇太後封其“溫國公”。
高太皇太後仙鶴離逝，趙煦親政，他重用章惇、曾布，起用蔡卞、葉祖洽，趙煦執政時嚴刑峻法，控製言論。政治上貶斥舊黨，將舊黨官員流放嶺南，並要挖墳取棺，鞭撻死後的舊黨領袖司馬光，上官均一聽，連忙與黃履等人一起去勸說哲宗，製止了章惇宰相的過激行為。
大宋正是由於有像上官均這樣不偏不倚，不畏權勢，敢持正義的大宋言官，掌權者才不至於耳鳴目眩地大開殺戒。
高氏掌權時曾有人提出以詩賦取士，廢除經義，上官均認為這是舍本求末，輕重倒置，經他力爭沒有廢除。而當哲宗親政，恢複神宗皇帝的革新、變法時，上官均又根據自己在光澤擔任知縣時的親眼目睹，立馬上書停止“青苗法”，認為該法“有惠民之名，而無惠民之實，有目前之利，而為終歲之患”，並主張恢複被棄的糴糶法。繼又提出治理天下，寬猛相互為用，務必做到“寬不縱惡，猛不傷惠”，諍諍諫言，致使哲宗退讓妥協，朝廷下令按上官均的建議，全國執行。時任禦史張舜民談論邊防事宜，因言語觸犯了老相文彥博，被貶謫庶民。上官均認為，舜民所談如對，應照其辦理；若所談不對，應寬容對待，宜複其職。後上官均遷任殿中侍禦史，在禦史任職的年餘時間，他最敢直言，如開放言論、裁減冗員、考核選拔諫官及外監司之人選等等，所言涉及大宋政體，於是招引哲宗的疑忌而改任為禮部員外郎。元佑五年(1090)複任殿中侍禦史。時西夏軍隊撕毀協議，恃勝氣驕，欲複故地。朝廷不理武將宗澤的禦敵方針，卻采納了延安(今陝西延安)新任知府趙□的計策，放棄四砦，退守蘭州。對此，上官均極力反對，先後三次上疏，但無濟於事。紹聖初(約1096)，上官均改任左正言後，針對朝廷政治弊端，又上書建議哲宗要“審好惡、辨邪正、察眾言、謹政令、操要術、明賞罰”。由於他的諸多政治主張和宰相章惇政治思想相左，被降職為工部員外郎。宋徽宗趙佶登上皇位後，上官均又改任起居郎，後升任給事中、龍圖閣待製。
北宋新舊黨爭最初開始隻是書生之間的意氣用事，王安石被宋神宗委以重任，實施變法以後，司馬光等人攻擊王安石的新政，認為王安石的新政會造成國家的不穩定。司馬光還搞地域偏見，他認為贛人和閩人是奸詐之人，而主導變法的又恰是閩、贛兩地的主要官員。