南方各省相繼獨立後，革命黨人很快意識到要有一個統一的政權協調各省步調，共同與北方抗爭。但是，此時的南方陣營派係繁雜，許多人放棄革命理想，追求名利，意氣用事，造成自我消耗的混亂局麵。革命形勢發展逐漸形成了江浙一帶的上海集團和長江中遊一帶的武昌集團，兩大集團爭先恐後地發布文告，爭奪領袖地位。
11月9日，湖北、上海兩地幾乎是同時發出了成立臨時中央政府的通電。黎元洪要求各省派代表到武昌籌備臨時中央政府，而上海方麵也提出成立各省聯合機構的建議。武昌方麵一向以“首義”之功自居，對上海方麵公然唱對台戲十分不滿，為了搶在前麵，兩天後，即11日，就在報紙上登出武昌臨時政府組成名單。碰巧在同一天上海集團以江蘇都督程德全、浙江都督湯壽潛、滬軍都督陳其美的名義發出18人的《組織全國會議團通告書稿》，提議成立臨時會議機關，並聲明有兩個省以上代表到滬就可以開會，後續代表隨到隨議，心情之急切可見一斑。當時漢陽上空炮火連天，革命士兵正在同北洋軍隊進行殊死的搏鬥，兩大集團內部卻爭鬥起來，在革命鬥爭的交響曲中奏響出不和諧的音符。
武昌集團見上海集團有捷足先登之勢，豈肯相讓，派居正到上海據理力爭，雙方電文交涉，反複爭奪。由於武昌畢竟是首義之區，黃興、宋教仁等同盟會高級領導人正在武昌作戰，江西、廣西、廣東又已經派出代表響應黎元洪的建議到了武昌，相比之下，上海的影響遠為遜色。雙方較量的結果是，上海集團同意到武昌開會，但還留了個尾巴：各省留一人作為代表在上海，以便聯絡。表麵上，武昌集團占據了上風，但上海集團留的尾巴，成了上海集團後來居上的基礎。
11月29日到12月3日，福建、山東、湖南、湖北、江蘇、浙江、安徽、直隸、河南、廣西、四川等11省代表共23人先後來到武昌。但此時武昌的軍事形勢很不利，27日漢陽被北洋軍攻陷，武昌已籠罩在炮火之下。情急之中，代表會議隻好改在英租界順昌洋行舉行。大會選舉譚人鳳為議長，通過了中華民國臨時政府組織大綱四章二十一條。12月2日南京被江浙聯軍攻下，立憲派占多數的這個會議馬上決定臨時政府設在南京。為了安撫武昌集團的對抗情緒，承認在臨時大總統未選舉前，鄂軍都督府代行中央政府職權，代表各省軍政府統一對外活動。12月6日各省代表蜂擁上船奔赴南京。炮火下的武昌集團隻爭得了十天的風光就隨著代表的離去，倍感淒涼，從此再也掀不起熱情來了。
就在武昌的代表還未返回南京時，留在上海的各省代表——這條尾巴搖了起來。12月3日，在程德全、湯壽潛、陳其美的主持下，各省代表發布了一個決議：定南京為臨時政府所在地，暫定黃興為大元帥，黎元洪副之，主持臨時政府的工作。
本來各省駐滬代表隻是一個聯絡機構，沒有選舉政府首腦、確定政府所在地的權利。但宋教仁、陳其美不願在黎元洪的勢力範圍內活動，利用這一機構做出了決定。而武漢三鎮紛飛的炮火連黎元洪都要考慮另找存身之地，武昌集團自然拿不出充足的理由反對。黃興又在漢陽失利後順流而下到達南京，人氣都往南京歸，上海集團這時演變為江浙集團，占了上風。
武昌集團落在下風，滋味很不好受，於是攻擊黃興發泄不滿。他們說，黃興是漢陽敗將，怎麼能任大元帥?黎元洪是“起義元勳”，不該屈居黃興之下。一些江浙軍人也乘機鼓噪反對黃興出任大元帥。黃興受到這份羞辱，心灰意冷，提議黎元洪任大元帥。黎接到消息後，忸怩作態，故作謙虛地稱自己才識平庸，平時辦事已是精疲力竭，請求另擇賢能。後來經過一番勸進，黎元洪應承下來。但他不願到江浙集團控製下的南京去就職，就擔負大元帥的高名，把一副亂攤子扔給副元帥黃興料理。他的如意算盤是：黃興料理好了，他可以跟著沾光，料理不好，他無責任。暴露出一副油滑詭道的封建官僚嘴臉。
就在兩個集團爭得不可開交的時候，深孚眾望的孫中山回到了國內。
12月21日孫中山到達香港時，廖仲愷、胡漢民、朱執信勸他留在廣東，別去亂糟糟的南京。孫中山堅定地說，如果能創建政府就能推翻滿清政府，即使袁世凱也未必能支撐得住。他如果不到滬寧，則無人主持內外大計。孫中山決定北上籌建政府。25日孫中山抵達上海，上海各界人士齊聚碼頭歡迎，同盟會機關放禮炮21響致敬。記者齊聲問孫中山：“您這次回來帶回多少錢來?”孫中山坦然地回答，“我一分錢也沒有帶來，所帶回來的，是革命的精神。”許多人轟地一聲大笑起來，心中充滿失望。實際上隻有孫中山才認識到自從武昌起義後同盟會組織渙散，“革命軍起，革命黨消”，不從根本上整頓同盟會的混亂思想狀態，革命將半途而廢。但很可惜的是，孫中山挽救同盟會的努力沒收到實效。
12月29日，各省代表在南京舉行臨時大總統選舉大會，出席會議的為17省43名代表，每省有一名代表有投票權。浙江代表湯爾和主持會議。當天，譚人鳳從湖北匆匆忙忙趕到會場，登台報告了武昌防禦戰經過，贏得代表熱烈掌聲。但讓代表感到驚奇的是，譚人鳳做完報告後走下講台、貼近居正悄悄地說：“你是湖北代表，應該選黎元洪為總統”，然後又走到另一湖北代表楊時傑身邊，悄聲說：“你是湖北人，應該投黎元洪的票”，公開為黎元洪拉選票。起初人們不知譚人鳳說什麼，後來譚對楊時傑拉票時，楊很是反感，禁不住高聲批評譚違反選舉紀律，人們才恍然大悟，向譚投來責備的目光。譚漲紅著臉，如針芒在背，很不自在。譚人鳳一向對孫中山不服氣，在代表湖南省投票時投了黃興一票，這樣孫中山以16票當選臨時大總統。黎元洪零票。孫中山的當選使曆時近兩個月的權力之爭告一段落。南方各省在名義上統一在一個政權下，共同麵對北洋軍閥了。