故事開始約一年前
風紀委員訓練所，白井黑子與初利初次相識。
白井與固法美偉人在郵局遭遇劫案，固法前輩為保護白井而受傷。
在某位超能力者的暗中幫助下，白井製服擁有「絕對等速」能力的搶劫犯，案件結束。
三個星期五
笨蛋半夜盜竊被員黃泉川愛穗逮捕，半藏對她一見鍾情。
一個星期五
英國倫敦
神裂與牛仔褲店長遇見了剪牛仔褲魔——自稱瓦爾基裏的少女，最後店長和少女都被神裂所討伐。
四個星期五
意大利米蘭
上條刀夜想在魔草調配師芭爾比娜處購買奇怪的土特產，遇見追捕芭爾比娜的羅馬正教修女麗多薇雅羅倫婕蒂。
刀夜向修女吐露心中的煩惱，麗多薇雅聽完隨即將芭爾比娜的土特產贈送給他。
三個星期五
超能力者之一的削板軍霸在巷內將遭到搶劫的原穀矢文救出，隨後隻用三拳就將不良頭目——自稱對能力者戰鬥專家的橫須賀打倒。
一個星期五
巴西裏約熱內盧
貧窮的巴西少女——伊捏絲與自稱綜合顧問的禦阪旅掛相遇。聽從他的建議，伊捏絲rì後以回收廢舊家電事業為基礎成為了成功的商人。
四個星期五
白井黑子在自己學校專屬的美容院內理發，並和理發師阪島道端閑談一些關於「原石」以及冷戰時代開發超能力者等等傳聞。
妹妹在某研究所內誕生。
聽從女研究員的命令，妹妹準備處理數十位「妹妹」的屍體。
二個星期五
意大利米蘭
本應成為「魔神」男人奧萊爾斯從潰滅的人販子組織手中解救出個孩子。
將孩子們交給西爾維婭後，奧萊爾斯離開了米蘭城。
四個星期五
濱麵仕上關於自己的好友半藏是不是「超級忍者」的猜想，被女忍者郭消除。
二個星期五
工山規範開始挑戰學院都市傳中的「守護神」，敗北。
後
禦阪美琴在路上遭到不良少年們的搭訕，路過此處的上條亂入想幫忙，兩人的孽緣從此開始。
美琴被激怒時放出的電流被上條的「幻想殺手」消除，此後數次見麵都會演變成‘遭遇→逃跑……’這樣的循環模式。
一個星期五
英國倫敦某酒館內
上條刀夜和同事田中以及過來搭話的禦阪旅掛一起喝酒聊。
某位「原石的少女」突然出現並向刀夜求救，刀夜和田中度過了驚險刺激的一夜。
二個星期五
高中女生雲川芹亞與學院統括理事會成員貝積繼敏在電話中談論關於「原石」的話題。隨後站在走廊上嘲笑被水淋濕的上條當麻。
時間不明
在都市內發生多起「虛空爆炸案」，致使多名執行任務的風紀委員負傷。
某銀行發生劫案，兩名劫匪被在場的白井黑子逮捕。
第三名劫匪開車逃跑時被美琴用「超電磁炮」轟飛，劫案告破，無一人傷亡。
上午——
美琴與白井的同事初利在喫茶店內聊，不過中途白井以工作為由將初走。
另一名風紀委員固法美偉出現，並依靠初漏的袖章將美琴誤以為是新加入的風紀委員，帶她去執行任務。
花了半時間找到一位女孩的包包之後，誤會解除。
下午——夜晚時分
從誤會中脫身的美琴遇見了身處不幸之中的上條當麻。
兩人隨後在河堤上開始決鬥，不過由於上條的中途逃跑，最終還是演變成了一夜的追逐戰。
美琴與白井討論「虛空爆炸案件」，擁有犯案能力「量子變速」的大能力者釧路帷子在談話中閃現。
美琴及初同學佐淚子三人一起去服裝店「第七迷霧」買衣服，在店內遇見了幫助女孩買東西的上條當麻。
「第七迷霧」內發生「虛空爆炸案」，不過因為有上條和美琴的活躍，無一人傷亡。
犯案嫌疑人被美琴抓住，案件結束。
為了獲取都市傳中可以提升能力的道具「幻想禦手」的情報，美琴與白井兩人前去不良少年聚集的餐廳。
美琴想從不良少年獲取「幻想禦手」的情報卻因為上條的介入而失敗。
不良少年們在追逐中被美琴一一電暈。
追逐上條到鐵橋上的美琴被上條激怒，發動大範圍的「雷擊」致使周邊地區電力癱瘓。
上午——午前
「虛空爆炸案」的嫌疑犯陷入原因不明的昏迷中。
美琴與白井兩人去醫院調查此事，在醫院內與研究員木山初次會麵。
上午
上條與掛在陽台上出現的茵蒂克絲相識，並請她吃東西。
上條與茵蒂克絲在宿舍分別後去學校補習，月詠萌老師出場。
下午——傍晚時分
佐從網上下載到載有「幻想禦手」的音樂到初利。
美琴、白井與木山在醫院外的喫茶店內聊，佐和初途加入。
各自分別後，美琴察覺到附近有上條的存在，前去找他。
下午——晚上
補習後的上條在回宿舍的路上遇到美琴，不過美琴卻被上條哄嚇住，兩人就此分別。
回到宿舍的上條見到倒在血泊中的茵蒂克絲，與前來追捕她的魔法師史提爾馬格努斯交戰。
上條利用消防灑水器，淋濕了史提爾的符文卡片，封死了他的必殺技「狩獵魔女之王」，將史提爾擊敗，並背著茵蒂克絲從宿舍逃脫。
上條將負傷的茵蒂克絲帶往萌老師家，茵蒂克絲借助萌老師施展「恢複魔法」治愈傷口。
上午——
茵蒂克絲蘇醒，上條開始借住萌老師家裏讓她療養身體。
白井黑子從初及木山處調查到「幻想禦手」的實體是音頻軟件，於是前往某交易地點調查。
在交易地點出現的佐被不良混混抓住，白井及時出現並與不良們展開戰鬥。
白井用摧毀廢棄大樓的辦法戰勝了擁有「偏光能力」的不良頭目。
上午——傍晚
佐的友人因使用了佐提供的「幻想禦手」而陸續昏迷，佐淚子在與初電話後也陷入昏迷，全員被「冥土追魂」的醫院收治。
趕到醫院的美琴與白井從「冥土追魂」處得知需要用木山的腦波來製作「幻想禦手」，判明犯人。
前去與木山談話的初意中發現她的秘密，被木山帶走。
木山利用「幻想禦手」所得到的「多重能力」，將攔截她的員全部擊潰。美琴趕到出事現場與木山對峙。
在交戰中，美琴慢慢得知了木山的過去。隨後的交戰過程中，從木山身體之中泄露的散力場形成了一個形似胎兒的迷之生物體「幻想猛獸」。
美琴與處於暴走狀態中的「幻想猛獸」交戰。
初利在員的幫助下播放木山給予她的「幻想禦手治愈音頻程序」，「幻想猛獸」防禦能力被瓦解。
變弱的「幻想猛獸」最終在美琴的「超電磁炮」攻擊下消失。
木山被逮捕想禦手」而昏迷的人群全部蘇醒，「幻想禦手」事件結束。
初醫院看望已經蘇醒的佐淚子。
晚上——
茵蒂克絲痊愈，上條決定帶她去澡堂洗澡。
在去澡堂的路上上條初次遇到了同樣前來追捕茵蒂克絲的魔法師神裂火織。
上條在與神裂的交戰中敗北，被神裂擊暈。
「幻想猛獸」戰鬥結束八時後，美琴與白井因違反宿舍的門禁時限被常盤台中學宿舍的舍監逮住。
作為違反門禁的處罰，美琴與黑子兩人負責打掃學校的遊泳池。
女殺手史蒂芬妮哥傑斯巴萊斯否定同行砂皿致密的狙擊暗殺風格。
晚上——
昏迷三後的上條當麻蘇醒，並從神裂和史提爾口中得知午夜時分將要消除茵蒂克絲的記憶。
心有不甘的上條從萌老師通電話中得到啟示，解開暗藏在茵蒂克絲大腦中的秘密。
午夜
上條將茵蒂克絲口中的魔法符文破壞，「自動書記」啟動，開始茵蒂克絲用魔法攻擊上條。
茵蒂克絲釋放的魔法「龍王的歎息」將漂浮在宇宙的人造衛星「織女一號」摧毀，搭載在衛星內的超級電腦「樹狀圖的設計者」同時被毀。
在史提爾以及神裂的幫助下，上條終於摧毀了控製茵蒂克絲的「項圈」，不過他卻從此失去了過去的所有記憶。
下午時分
上條在醫院內與醫生「冥土追魂」談論自己的事情。
七月、第四個星期五。
狙擊手砂皿致密替完不成暗殺任務的史蒂芬妮哥傑斯巴萊斯善後。
運送衛星燃料的貨車被恐怖份子遠程遙控，事件開始。
因為同樣的任務要請下員黃泉川愛穗與風紀委員初利合作確保貨車以及司機的安全。
狙擊手砂皿致密接受委托，使用反戰車步槍破壞了貨車必定要前往的橋梁。
在初及黃泉川的努力下，貨車安然無恙。
事件結束時，美琴和白井正準備去逮捕幕後主使者。
上條和茵蒂克絲一起去購買參考書，中途遇見自己的同學藍發耳環。