吉國是受恐怖主義危害比較嚴重的地區之一，在其南部和阿富汗、塔吉克斯坦接壤的邊界地區，不斷有恐怖分子入境。在吉國活動的恐怖分子中有相當一部分是“東突”分子，他們在阿富汗受過相當正規的訓練，不少人都能熟練使用多種輕重型武器。這些人山地作戰能力強，頻繁越界滋事，令各國的邊防駐軍頭疼。
XXXX年8月初，為了在中亞地區和中國新疆建立伊斯蘭國家，以“烏茲別克斯坦伊斯蘭運動”極端分子為首的武裝匪徒襲擊了吉國南部的奧什地區。這夥恐怖分子準備首先在奧什地區建立前進基地，然後再奪占烏茲別克斯坦費爾幹納穀地，並在這裏重建浩罕漢國。這一計劃恰好和“東突”恐怖分子的“建國”計劃不謀而合。但是，這夥恐怖分子的圖謀並沒有得逞，在周邊國家的支持下，吉國政府重拳出擊，很快擊退了武裝分子的進攻，維護了國家主權和領土完整。
最近最具代表性的案件是：這年9月6日晚10時許，吉國家安全會議秘書阿希爾庫洛夫下班回家剛跨出車門，馬路對麵便飛來一枚手榴彈，並在汽車附近爆炸。阿希爾庫洛夫身體多處被炸傷，但他艱難地回到了車上，這時第二顆手榴彈又在汽車附近爆炸……司機迅速將車開離爆炸地並直奔附近的醫院。目前阿希爾庫洛夫還在醫院接受治療。吉總統安全顧問賈努紮科夫說，這是起政治恐怖事件。
今年5月，上海合作組織成員國國防部長莫斯科會晤發表了國防部長聯合公報。國防部長們認為，阿富汗局勢的發展要求各成員國優先發展旨在保持地區安全與穩定、抵禦三股惡勢力方麵的雙邊和多邊合作。為此，各成員國應建立舉行聯合演習和保障安全問題的新形式。正是在這種背景下，中吉兩國決定首先舉行聯合反恐演習。
據吉爾吉斯有關部門向外界透露，演習將在中吉某陸路口岸兩側邊境地區展開。此處為高山地區，屬帕米爾—阿賴山山脈，海拔5000—7000米不等。先前的吉媒體以及俄羅斯消息報報道說，演習的目的是檢驗兩國邊防部隊快速反恐反應及合作，演練消滅恐怖分子基本戰術，提高邊防軍人反恐作戰能力。具體行動中，兩國邊防部隊極可能都將實現越境共同作戰。
在當前國際形勢下，打擊國際恐怖主義已成為各國的共識，中亞各國作為恐怖主義泛濫的重災戶，更應在反恐方麵率先垂範。雖然此次演習規模不大，但意義卻不同一般。作為國際反恐活動的重要組成部分之一，此次演習不僅可以為中國反恐演習積累經驗，還將昭示，中亞地區絕不是恐怖分子藏汙納垢的樂土。據俄羅斯媒體塔斯社報道，上海合作組織其他成員國將派觀察員觀摩這次演習。從明年起，該組織其他成員國也將陸續舉行雙邊或多邊反恐演習。