文官從九品開始，州、縣分上、中、下縣，下縣主簿從九品，中上縣主簿正九品，下縣丞正九品，中上縣丞從八品，下縣知縣從八品，中上縣知縣正八品。京兆、順天、承天、應天、奉天四府下轄的縣為直隸縣，縣主簿為從八品，縣丞為正八品，知縣為從七品。
下州知州正七品，州別駕從七品，州通判從八品，中知州從六品，州別駕從七品，州通判正八品。上州知州正六品，州別駕正七品，州通判從七品。要州（即位置要害、人口眾多、十分富庶的州，如徐州、蘇州、揚州、杭州、益州、汴州、洛州、楚州、青州、晉州、荊州、廣州、福州等二十五州），知州正五品，一般加銜。州別駕正六品，州通判正七品。
京兆、順天、承天、應天、奉天五府尹，皆為正三品，皆由內閣閣老或親王、郡王遙領，無實權。一般遙領京兆府尹的親王，就可默認為太子。實際管事的為五府知府，正四品，同知、通判正五品和正六品。一般稱為京府、遼陽府、開封府、金陵府、西安府。
行省有布政司主理民政，稱巡撫，正四品，有按察司主理司法審判，稱巡按，從四品，有指揮司主理地方兵馬，稱總兵，從四品。還有負責提學的學政，正五品到正四品不等，還有負責錢糧稅賦的轉運司，人稱藩台或糧台，轉運司主官參議，正五品或從四品。
還有屬於都察院，分駐和分巡地方的巡道禦史，負責肅政糾劾，一般都是八品到七品。
中央分三省六部九署。中書省負責決策，中央政令，包括皇帝詔書，都以中書省名義，或者中書省擬定恩準後發布。主官中書令，正二品，因本朝太祖未登基前以中書令執政，故避諱不設，以中書侍郎為中書省主官，從二品。
副職中書省左右丞，正三品，分領二十四廳，對應各部和各行省，廳主官主事，也稱中書主事或中書郎中，正五品，副職僉事，也叫中書僉事，從五品。還有中書舍人兩到三人，直屬中書侍郎，正六品，負責擬定中書省的製令。因為大秦朝中央政令都由中書省出，中書舍人即負責大秦朝的中央政令的擬定，稱為外製事。
尚書省負責執行，由尚書仆射為主官，從二品，下分六部，部下再分各司。各部尚書，正三品，左右侍郎，正四品，各司主官郎中，正五品，副職員外郎，從五品，各司以下有科，主官主事，正六品，副職僉事，從六品。因為五軍都督府，兵部職權嚴重削弱，隻負責地方警戒、治安等其它事務。
門下省負責監督，所有中書省頌布的中央政令，包括皇帝詔書，必須有門下省副署，主官門下侍郎，從二品，副職左右丞，也叫左右散騎常侍，正三品，分領都察院，也叫禦史台。門下左右丞兼領左右都禦史，一負責監察殿中、尚書各部等中央機構和京兆府，另一負責地方監察彈劾。門下省還有門下給事中兩到三人，直屬門下侍郎，正六品，負責監督中書舍人的擬製，副署。再下是左右副都禦史，正四品。
九署：大理寺，負責對刑部審判案件的審理複核，尤其是死刑，擁有最高複核權，主官大理寺正卿，副職左右少卿。
度支司，負責對天下錢糧和賦稅（戶部），各行省、各機構支出進行複核審計，正卿，左右少卿；
鴻臚寺，負責招待來朝的各外國使團，以及出使各國。正卿、左右少卿；
通政司，主官通政使，左右副使；
國子監，主官國子監祭酒，副職左右司業；
都察院，主官為左右都禦史，分殿中禦史，負責朝堂風紀糾察；監察禦史，分二十五道，分別監察各行省和各部各署。
樞密院，負責情報和軍事協調。主官樞密使，副職，樞密同知。
市舶司，負責海外船舶出入以及賦稅征收。
翰林院，比較特殊和重要的部門，職能有三，一是給皇帝、內閣提供谘詢，二是給皇帝、宗室、各文武大臣講課；三是管理下屬的國史館（修史）、弘文館（也叫庶吉館，庶吉士們學習實習的地方）、詹事府（負責王子公主們的教育）、殿中司（知製誥-負責幫皇帝擬定詔書，承旨，負責傳旨；起居舍人，負責記錄皇帝起居）、成均館（掌成均之法，以治建國之學政，國家最高學術機構，包括律令、算學，負責講課的部門），以及集賢館、文淵閣等館閣。