真新鎮·大木研究所
在一片青青草地上，有個少年呆坐著，似是思考什麼入了神……
“呀！”地一聲，少年猛地驚醒，起身轉頭，看清肇事者是誰後又自顧自地呆坐下來。
“小葉，想什麼這麼入神？萬一剛好肯泰羅經過這裏你咋辦？當活靶子啊！”在少年身後，一名少女叉著腰，氣鼓鼓地說著。
“小熙，謝謝你……”少年起身離去，隻留下一句似是意蘊非凡的話語。
少年名叫小葉，是一名孤兒，三年前被人在河裏發現並救下，在醫生搶救下保住了性命，卻好似失憶一般對這裏的一切都不熟悉，但大腦偏偏沒有一點問題。醫生束手無策，然後交由大木博士觀察，希望能從神奇寶貝上找到失憶的答案。大木博士查看了所有已知神奇寶貝的資料也沒能找到失憶的原因，又不舍得讓小葉繼續流離，便收養了他，這一養就是三年。
少女名叫小熙，大木博士的孫女，生性活潑，單純可愛。在小葉來到這裏後，就喜歡捉弄他，但每次都被他華麗地無視，偶爾回應也隻是平淡的幾句話。
這次竟然……向自己道謝？活見鬼了？？還是他腦子真出問題了？？？
一開始來到這個世界，知道發生了什麼之後。我總是避免和別人有太大的關係，擔心自己會影響一些事情。現在……我想通了！既然讓我來到這個世界，為何不為自己考慮一下呢……
而這時的小葉，似乎下了某個決心，徑直走向研究所大廳……
“哦~是小葉啊，這麼急著找我是有什麼事啊？如果是什麼煩心事的話千萬不要憋著，盡管說，不然總是一副苦瓜臉，臉僵硬了可是會固定的喲~”大木博士還是這樣，總是一本正經地調侃自己，一副老頑童的樣子。
“倒不是什麼煩心事……隻是……”小葉正要說下去，卻被大木博士一個抬手打斷了。
“你指的是申請新人訓練家的事情吧……”突然，大木博士的臉色有點尷尬起來。見小葉點了點頭，大木博士接著說：“你雖然已經年滿10歲，也通過了新人訓練家考核，隻是申請新人訓練家需要本人的身份證件和本地居住證，當初救下你的人並沒有在你身上發現任何可以證明身份的東西，所以這個……”
“看來是我自作多情了……”小葉頓時垂頭喪氣地說道。
“當然是盡量給你爭取到了呀！哈哈哈……”緊接著大木博士笑著說：“我自作主張收你做我的孫子，給你辦了身份證件和本地居民證，然後申請新人訓練家的同時還順便幫你報名了石英聯盟，本來還擔心你小子不領情呢……”
“大木博士！”小葉激動地跳到了大木博士的身上，搞得大木博士大喊腰疼……
“明天就是新人訓練家出發的日子，趁著今天和你的朋友好好玩玩，記得明天不要遲到哦~”大木博士拍了拍小葉的肩，隨後回研究所照看新人神奇寶貝去了，為了確保新人訓練家收到的是活力四射的神奇寶貝，大木博士簡直忙的比那些神奇寶貝的父母還要“父母”……
“沉寂了三年，刻意將自己與這個世界隔離，錯過了太多了呢……”小葉望著蔚藍的天空，感歎道。
“隻不過，莫名成了大木博士的孫子，為啥感覺那麼別扭呢……”苦笑一聲，小葉回到草地上，思考起明天的事來。
最初從真新鎮出發的四個新人訓練家，我、小茂和小智，那麼最後一個是誰呢？
這時，一道倩影出現在他的腦海裏。如果是她的話，我的旅行可要糟糕了呢……
作為新人神奇寶貝的三隻，傑尼龜被小茂選走了，小智由於遲到最後拿走了有問題的皮卡丘。那麼剩下來就隻有小火龍和妙蛙種子了。
離真新鎮最近的常磐市的常磐道館，是板木的地盤，這時候的板木有超夢坐鎮，現在的自己去挑戰簡直是送菜。第二個道館是尼比市的尼比道館，第三個道館又是花籃市的花籃道館，這樣的話選妙蛙種子在前期是相當有利的。但妙蛙種子及其進化型始終是單一的草係，不利於後麵道館的挑戰，小火龍雖然一開始處於劣勢，但它的進化型噴火龍卻是火飛雙屬性，對於挑戰枯葉市的枯葉道館，彩虹市的彩虹道館和紅蓮島的紅蓮道館具有相當大的優勢。