盧象升抵達遼東之後，肩負的使命還是很重的，在京城的時候，皇上已經了，征伐後金韃子的事宜，恐怕要暫時延遲一下，戶部難以拿出來足夠的金銀珠寶，若是要強行征伐，勢必要損害老百姓的利益，故而盧象升趕赴遼東，主要職責是整編遼東邊軍。
二十餘萬的遼東邊軍，隊伍過於的龐大了，朝廷根本就無法養活，依照江寧營的俸祿來養活遼東邊軍，朝廷承受不住，皇上和朝廷的意思，二十餘萬的遼東邊軍，保留五分之一，也就是不超過五萬邊軍，整合之後的遼東邊軍，直接編入江寧營。同時江寧營抽調五萬將士，一同駐紮遼東，最終的結果，遼東駐紮十萬江寧營將士。
當然，盧象升也留在了遼東，以兵部尚書和都督的職銜，兼任遼東巡撫，直接指揮遼東的十萬大軍，兵部日常的事宜，暫時由楊嗣昌代管。
盧象升抵達遼東，進入寧遠城的時候，祖大壽、祖大樂帶領遼東邊軍遊擊將軍以上的軍官，悉數在寧遠城門等候。
柳敬亭返回了京城，閻應元繼續留在了遼東，而且將在遼巡撫衙門做事情，成為協助盧象升的第一個朝廷官員。
盧象升在眾人的簇擁之下，進入了巡撫衙門。
祖大壽和祖大樂等人，保留了原來的職務，聖旨早就到遼東了，唯一的變化，是原遼東巡撫史可法，暫時沒有任命任何的職務。等候盧象升來到遼東之後，直接到京城去。
整合遼東邊軍是大事情。必須要慎重對待，這關乎到遼東的穩定。
原來的二十多萬大軍，僅僅保留五萬人，這可不是一般的裁撤，加之朝廷廢除了軍戶製度，這些人裁撤下來的軍士，總是需要有地方好好安置的，若是這個問題處置不好。導致遼東出現變故，甚至出現遼東邊軍投靠後金韃子的情況，那就不好了。
好在盧象升來到遼東之前，早就想好了辦法，采用整體搬遷落戶的形式，京城周邊的耕地，官府全部都收回來了。因為黑死病的肆掠，出現了很多無主的土地，加之從士紳富戶手中收購來的耕地，足夠安置很多人了，其實廢除了軍戶製度之後，也有不少的軍士。想著能夠安安心心的種田了，畢竟在軍隊裏麵，時時刻刻麵臨著危險，弄得不好命就保不住了。
裁撤邊軍，需要得到祖大壽和祖大樂等人的支持。要不然無法妥善的布置下去，保證能夠平穩的完成裁撤任務。
跟隨盧象升來到遼東的五萬邊軍。進入關內之後，分批次駐紮在大淩河城、錦州、廣寧和山海關，其中錦州和廣寧僅僅駐紮了五千人，兩萬人駐紮在大淩河城，兩萬五千人駐紮在山海關，基本上接手了遼東的防禦。
上任之後，盧象升與閻應元商議了相關的情況，閻應元對遼東的情況是比較熟悉了，主要是長時間與祖大壽、祖大樂等人在一起，知道遼東主要將領內心的想法。
閻應元開門見山的了，祖大壽和祖大樂等人，最大的願望是能夠直接進入江寧營，成為江寧營之中的一員，至於擔任什麼樣的官職，兩人也有間接的表示，希望能夠成為江寧營衛指揮使之一。
能夠成為江寧營的衛指揮使，那可是不簡單的事情，這麼多年過去了，江寧營在任命高級軍官的事情方麵，一直都掌控的非常嚴格，就算是江寧營的內部，提拔為衛指揮使，都是非常困難的事情，當初在遼東威風赫赫的吳三桂，進入到江寧營之後，也是經曆了一番的波折，才成為衛指揮使之一。
朝廷已經開始決定對江寧營的職級進行徹底的變動，畢竟以前的衛指揮使、千戶、百戶、總旗和旗等等軍官職務，都是按照以前軍戶製度產生出來的，朝廷已經廢除了軍戶製度，繼續沿用這些軍官職務，就顯得不是很合適了，洪承疇和盧象升都提出來了這樣的看法，皇上也是完全表示同意的。
軍隊之中也存在品秩、散官和實缺的問題，蓋因為大明朝廷的時候，軍官的身份是低微的，與文官沒有絲毫的可比性，但大晉朝廷不一樣了，武官和文官沒有什麼本質上的區別，江寧營最高指揮官洪承疇，就直接進入了朝廷，成為丞相之中的一員，從這個方麵來，軍隊的地位將要出現明顯的變化。
時間很是緊張，有關軍官稱謂變化的事宜，暫時顧不上，兵部提出來的一套方案，皇上不是很滿意，按照皇上的意思，品秩與實缺是不能夠完全分開的，是什麼品秩，就要負什麼樣的責任，不能夠享受將軍的待遇，卻什麼事情都不用操心，甚至在軍隊之中，沒有什麼實際上的職務，這樣的情況肯定不能夠出現，包括文官之中，今後都要慢慢廢除這樣的規矩。