“歐根親王”號從船廠裏就開始了它的傳奇經曆：1939年8月，蘇聯尋求德國在海軍方麵的幫助，提出購買德國正在建造中的三艘希佩爾海軍上將級重巡洋艦：“歐根親王”號、“塞德利茨”號和“呂佐夫”號，“歐根親王”號麵臨第一次考驗。但從一開始就準備進攻蘇聯的希特勒當然不會允許加強蘇聯紅海軍力量的情況出現，於是三艘戰艦中完成度最低的“呂佐夫”號被同意出售給蘇聯。“歐根親王”號也得以避免成為蘇聯紅海軍“彼得羅巴甫洛夫斯克”號重巡洋艦，但也就此繼續它不幸而又幸運的一生。
還沒服役，“歐根親王”號就開始顯示它遭遇麻煩的能力和躲過災難的運氣。
1940年7月1日和2日，還在日耳曼尼亞船廠舾裝的重巡洋艦就連吃兩顆英國炸彈。幸好這兩顆炸彈威力不大，沒有造成多大危害，“歐根親王”號得以在一個月後順利服役，首任艦長赫爾穆特·布林克曼海軍上校。
與該級前兩艘相比，“歐根親王”號作了一些改進，包括艦體延長4.5米、艦首改為飛剪首、增加兩座對空射擊指揮儀、改變煙囪罩的外形等。這些改進使該艦的船台周期比它的前兩艘姐妹艦多了半年，建造時間也延長了半年。不過晚服役半年，也讓這艘重巡洋艦免於遭遇德國海軍在挪威的慘重損失，未嚐不是該艦“運氣”的又一體現。
服役時，“歐根親王”號標準排水量14240噸，裝備有4座雙聯裝203毫米主炮、6座雙聯裝105毫米高平兩用炮、6座雙聯裝37毫米高炮、6門20毫米高炮和4座三聯裝533毫米魚雷發射管，艦體側舷裝甲最厚處達80毫米，最大航速達到32.5節，艦員最多為1600人。與同期其他海軍強國相比，德國重巡洋艦在技術參數上毫不遜色，在防護和生存力上還具備一定的優勢，光學火控係統更是德國人的強項。但動力設備的不可靠一直困擾著“歐根親王”號，希佩爾海軍上將級和改進型“歐根親王”號續航力不足，同樣的問題也出現在德國其他大中型水麵艦隻上，似乎工程師們太過專心於船用柴油機研究，忽略了對蒸汽輪機的改進。
剛服役的重巡洋艦帶著一群新水兵在基爾附近訓練和試航，三個月的時間讓水兵們熟悉了自己的戰艦，隨後“歐根親王”號被派往基本在德國控製下的波羅的海執行巡邏任務，這裏沒有英國轟炸機的騷擾，同時作進一步的訓練。不斷的訓練和試航提高了戰艦的作戰水平，但同樣也讓人厭煩。1940年4月，“歐根親王”號受命從波羅的海返回基爾，準備和“俾斯麥”號戰列艦一起執行“萊因演習”行動，襲擊盟國的大西洋運輸線。
4月22日，“歐根親王”號從基爾出發，前往格丁尼亞與“俾斯麥”號會合，但很不幸，第二天它就撞上了一顆磁性水雷，雖然對艦體沒有造成太大損害，但主炮射擊指揮儀的光學部分和測距儀都被震壞，不得不折返基爾修理。“萊因演習”行動也隻能隨之推遲。
由於損壞並不嚴重，10天之後重巡洋艦再次出航，一路順風來到格丁尼亞，和等候已久的“俾斯麥”號會合。
5月5日，希特勒親自來到這裏，視察即將執行第一次作戰任務的兩艘戰艦，5月18日，兩艦拔錨啟航，緩緩駛出港口，踏上這次注定將為後人銘記的航程。
就在兩艦出航的當天，英國皇家海軍派出的重巡洋艦“薩福克”號在丹麥海峽開始巡邏，隨後它的姊妹艦“諾福克”號也加入了巡邏的行列。