海軍陸戰隊屬於海軍部管轄，其主要基地也大都設立於各個鎮守府所在的島嶼上，因此隨著海軍割裂出來的自然是海軍陸戰隊。這些海軍陸戰隊立刻在海軍艦隊的支援下突襲了各個海岸城市，試圖掌握海岸線。同時，海軍並沒有忘記深海的存在，他們命令其他沒有接到相關命令的指揮官繼續固守自己的防區，不要讓深海趁虛而入。
陸軍方麵則是獲得了空軍的支援，但是空軍並不打算完全支持陸軍，他們和陸軍達成的協議隻是等價交換，每一次的空軍支援都是需要回報的。這就導致陸軍如果想要隨時隨地的空軍支援隻能依靠陸軍航空兵的直升機以及數量稀少的固定翼飛機，導致作戰能力大打折扣。
海岸線的爭奪直到兩人談話時依然在繼續。陸軍和海軍陸戰隊的爭奪還在持續，一方有著大口徑重炮和空軍支援，另一方則是有著海軍艦隊和艦娘力量的支援。雙方打得難舍難分。
在陸軍和海軍開始交戰的同時，一支一直被忽略的力量不甘寂寞地宣示了自己的主權——聯邦大氣層軍事行動司令部，也就是控製著整個大氣層方麵的所有軌道設施的一個聯邦司令部。
人類曾經試圖發射衛星進入太空，但是無一例外全部無法突破大氣層就莫名其妙直接爆炸變成碎片墜入地表。在無數次嚐試之後聯邦放棄了這一想法，但是不甘心隻在地表活動，深知太空戰略優勢的聯邦一邊命令科研部門繼續研究如何突破大氣層，一邊開始發展大氣層的軌道設施——說白了，原來應該進入外太空的衛星，現在必須得待在大氣層內。
這實際上加大了聯邦的資源耗費，但是為了確保這一戰略優勢的存在，聯邦仍然不惜耗費巨大的代價成功在大氣層內建立了一係列戰略設施。遺憾的是，由於花費過於龐大，除了聯邦政府出資建設的一套軍民兩用的通訊衛星體係之外，鮮有其他民用衛星上天。
而隨著第一批衛星設施進入大氣層並成功突破阻礙正常運行了一個周期後，聯邦便開始策劃新的軌道體係。軌道防禦設施也被提上了日程。
而隨著大氣層內衛星技術逐漸成熟，而對於突破大氣層的研究依然毫無進展後，聯邦開始逐漸將大部分資源傾斜給大氣層內衛星技術的研發。隨著第一座軌道防禦設施成功升天，聯邦迅速成立了聯邦大氣層軍事行動司令部，總管所有聯邦在大氣層層麵的軍事行動。。
這個司令部同樣遭遇了血洗，但是與其他諸如聯合特種作戰司令部，戰略司令部，軍事運輸司令部之類的司令部不同，這個司令部因為其特殊性，仍然有部分殘存人員在軌道防禦設施內，還保留有一定程度的建製。
隻是，當這一司令部的殘存人員發現地麵上的異狀，依靠衛星通訊網絡終於和地麵建立聯係時，他們卻遭遇了不測——陸軍和海軍方麵在接通來自該司令部的通訊詢問時卻沒有任何回應，隻有槍炮聲和不斷地慘叫。