在我們黨領導人民掌握全國政權成為執政黨以後，怎樣才能對國家政權實施正確有效的領導，始終是黨麵臨的一個重大理論和實踐問題。黨的十六大報告明確提出要按照黨總攬全局、協調各方的原則，規範黨委與人大、政府、政協以及人民團體的關係，支持人大依法履行國家權力機關的職能，使黨的主張經過法定程序成為國家意誌，使黨組織推薦的人選成為國家政權機關的領導人員；支持政府依法行政，獨立負責地行使各項管理權；支持政協履行自己的職能，充分發揮政治協商、民主監督和參政議政作用；支持人民團體依照法律和各自章程開展工作，更好地成為黨聯係廣大人民群眾的橋梁和紐帶。改革和完善黨的領導方式和執政方式，重點是規範黨與國家政權機關的關係，把黨的領導職能與國家政權機關的管理職能分開，既堅持黨對國家政權機關的領導，又保證國家政權機關有效地行使自己的職權。
1.黨的領導方式和執政方式的曆史原由
改革和完善黨的領導方式和執政方式，首先要弄清其曆史原由。所謂領導方式，就是政黨組織和引導廣大群眾、掌握和控製公共權力的體製、機製、途徑、手段和方法的總稱；所謂執政方式，就是政黨掌握和控製公共權力的體製、機製、途徑、手段和方法的總稱。在通常情況下，黨的領導方式和執政方式是通過政治體製來體現的，因此，正確認識我國政治體製的來龍去脈，是全麵把握黨的領導方式和執政方式的基本前提。
（1）黨包攬一切的領導方式和執政方式的形成
我國原有政治體製，脫胎於革命戰爭年代，初創於新中國誕生之際，形成於社會主義改造時期。其主要特征是：社會權力高度集中於國家，國家權力高度集中於政黨，政黨權力高度集中於中央。這種體製之所以形成不是偶然的，是與我國特定的曆史條件緊密相聯。
毛澤東曾指出：“中國缺少的東西固然很多，但是主要的就是少了兩件東西：一件是獨立，一件是民主。”由中國特殊的國情和中國革命特殊的性質所決定，我國人民民主政權的建立，隻能靠無產階級先進分子組織革命政黨，由政黨直接領導廣大人民進行武裝鬥爭，建立革命根據地和紅色政權來實現，並以此為基礎最終奪取全國勝利。在被敵人分割包圍的根據地中，沒有全國統一的政權，各級政權組織很不穩固，由於黨組織嚴密，又享有崇高的威望，因而權力往往集中在黨組織手裏，製定政策，發布命令往往由黨直接執行。而嚴酷的戰爭環境客觀上也要求實行高度集中統一的領導體製，以便調動一切力量，戰勝遠比自己強大的敵人。正如經典作家指出的那樣：“為了進行鬥爭，我們必須把我們的一切力量捏在一起，並使這些力量集中在同一個攻擊點上。”“無產階級在爭取政權的鬥爭中，除了組織，沒有別的武器。”“保持黨的統一和實現無產階級先鋒隊的意誌的統一是保證無產階級專政勝利的基本條件。”1942年9月，中共中央政治局通過了《關於統一抗日根據地的黨的領導及調整各級組織間關係的決定》。這個決定規定：黨是無產階級先鋒隊和無產階級最高組織形式，它應該領導其他一切組織，如軍隊、政府與民眾團體。根據地領導的統一與一元化，應當表現在每個根據地有一個統一領導一切的委員會。因此，確定中央代表機關及各級黨委為各地區的最高領導機關，統一各地區黨政軍工作的領導。這是黨中央關於實行黨的一元化領導的一個完整的論述和決定。由此，黨組織便和政權組織、軍事組織緊密結合在一起，形成了黨政軍三位一體，由黨領導一切的高度集中的領導體製。
新中國誕生後，盡管國家各級政權組織逐步建立健全起來，但革命戰爭時期形成的高度集中的領導體製的基本格局並沒有改變。它作為塑造新中國政治體製的既定方式，以其自然的曆史慣性，凝結在國家政權結構的基本框架之中，使新中國的政治體製一開始就帶有明顯的曆史痕跡。其特點是：在共產黨領導下高度統一、高度集權，即高度統一於黨的路線方針政策之下，高度集權於黨的各級組織之中。實踐證明，這種體製對於克服建國初期的困難局麵，集中人力、物力、財力恢複國民經濟，粉碎帝國主義封鎖和顛覆的威脅，鎮壓剝削階級的反抗，鞏固新生的革命政權，以及建立社會主義經濟製度和經濟體係，都起了重大的積極作用。實際上，由於廣大人民缺乏充分行使民主權利的物質條件、文化素養和自主意識，因而在新中國建立初期，客觀上也要求我們通過這種體製，以黨代表人民管理國家來推進入民當家作主。誠如列寧所說：“由於文化水平這樣低，蘇維埃雖然按黨綱規定是通過勞動者來實行管理的機關，而實際上卻是通過無產階級先進階層來為勞動者實行管理而不是通過勞動群眾來實行管理的機關。”在曆史上缺少資本主義民主發展階段的情況下，社會主義民主建設的基礎相對薄弱，實行這樣一種政治體製無疑具有合理性，它是在我國特定的曆史條件下，充分實現人民民主的必經環節和過渡階段。這表明，我國的政治體製並不是人們隨意選擇的結果，而是有著深刻的社會曆史根源，是社會曆史發展的必然產物。
（2）黨包攬一切的領導方式和執政方式的弊端
我國的國家政權是在共產黨領導下建立起來的，我國的憲法和法律是在共產黨領導下製定執行的，在國家政權和法律製度尚未健全的情況下，黨的組織和黨的政策曾經代行國家政權的職能和國家法律的功能發揮過重大作用。然而“極為相似的事情，但在不同的曆史環境中出現就引起了完全不同的結果。”隨著社會主義建設的不斷發展，這種體製的積極作用逐步減弱，消極作用逐步增強，並使其固有的弊端越來越明顯地暴露出來。
正像鄧小平指出的那樣，我們不適當地“把一切權力集中於黨委，黨委的權力又往往集中於幾個書記，特別是集中於第一書記，什麼事都要第一書記掛帥、拍板，黨的一元化領導，往往因此而變成了個人領導”。
由於權力過度集中，我們在確認國家政治生活中存在著黨組織和國家組織兩個相對獨立的權力係統時，沒有規範作為執政黨的共產黨通過什麼渠道和方式來領導國家政權。這樣，共產黨的領導職能便容易取代國家機關的管理職能，使國家機關的權力逐漸向黨組織集中，黨組織日益成為整個國家體製運作的中心。在黨的一元化領導下，從中央到地方的各級政府都在這種橫向的集權中被整合進黨的組織體係，使中央與地方之間的行政關係逐步轉化為黨內的組織關係。由於黨內不存在中央組織與地方組織之間的分權機製，這樣，黨政之間的橫向集權必然要打破中央與地方之間的行政分權，從而加劇中央與地方之間的縱向集權。
所謂黨政不分，以黨代政，就是黨把自己混同於國家政權機關，包辦代替國家政權機關的職能，直接管理國家和社會事務，以致黨的組織國家化、行政化。這既不利於國家政權機關職能的有效發揮，又不利於黨超越具體行政管理事務，駕馭全局，更好地發揮其領導作用，也使黨在憲法和法律範圍內活動、依法執政這些重要原則難以體現。道理很明顯：所謂依法執政就是黨組織使自己的主張經過法定程序變成國家意誌，並以此為據規範自己的執政行為。而黨的主張形成的過程以及經過法定程序變成國家意誌的過程，既是發揚黨內民主的過程，又是實現人民民主的過程。另一方麵，國家機關的職權在憲法和法律中已有明文規定，黨在憲法和法律範圍內活動的應有之義，就是尊重國家機關的法定職權。改革和完善黨的領導方式和執政方式，正確處理黨與國家政權機關的關係，就成為我國政治體製改革和黨的建設中一個帶有根本性的曆史任務。
改革開放以來，我們黨曾多次鄭重提出改革黨和國家領導製度的問題，並不斷深化對執政黨領導職能的認識，不斷推進黨的領導方式和執政方式的轉變。黨的十二大報告指出：“黨不是向群眾發號施令的權力組織，也不是行政組織和生產組織。”“黨的領導主要是思想政治和方針政策的領導，是對於幹部的選拔、分配、考核和監督，不應當等同於政府和企業的行政工作和生產指揮。”黨的十三大報告更明確提出：“黨的領導是政治領導，即政治原則、政治方向、重大決策的領導和向國家機關推薦重要幹部”，“應當改革黨的領導製度，劃清黨組織和國家政權的職能，理順黨組織與人民代表大會、政府、司法機關、群眾團體、企事業單位和其他各種社會組織之間的關係，做到各司其職，並且逐步走向製度化”。黨的十四大確立了以社會主義市場經濟作為體製改革的目標模式，為實現黨的領導方式和執政方式的轉變奠定了體製基礎。黨的十五大把提高黨的領導水平和執政水平作為新世紀黨的建設的重大課題提了出來，把依法治國、建設社會主義法治國家作為黨領導人民治理國家的基本方略確立起來，從而邁出了改進黨的領導方式和執政方式的實質性步驟。黨的十六大報告把改革和完善黨的領導方式和執政方式列為政治體製改革的重要任務和執政黨建設的重要內容，明確了黨的領導的基本內涵以及正確處理黨與國家政權機關的關係的基本規範，這對於加強和改善黨的領導，推進社會主義民主政治和法治國家建設，實現黨與國家政權機關的關係製度化、規範化、程序化，無疑具有全局性的指導作用。
解決黨政不分、以黨代政問題不但不會削弱黨的領導，相反，“有利於加強和改善中央的統一領導，有利於建立各級政府自上而下的強有力的工作係統，管好政府職權範圍的工作。”江澤民從加強黨的建設的角度明確提出：由於曆史條件變了，社會環境變了，黨肩負的任務變了，黨的領導方式也必須相應地加以改變。他說：“我們黨是執政的黨，黨的執政地位，是通過黨對國家政權機關的領導來實現的。如果放棄了這種領導，就談不上執政地位。”“當然，黨同政權機關的性質不同，職能不同，組織形式和工作方法也不同，黨不能代替政權機關行使權力。”在黨的十六大報告中，江澤民再次指出：要“按照黨總攬全局、協調各方的原則，規範黨委與人大、政府、政協以及人民團體的關係，支持人大依法履行國家權力機關的職能，經過法定程序，使黨的主張成為國家意誌，使黨組織推薦的人選成為國家政權機關的領導人員，並對他們進行監督；支持政府履行法定職能，依法行政。”這些論述無疑為改革和完善黨的領導方式和執政方式指明了方向。
2.明確社會主義民主政治的本質要求
發展社會主義民主政治，建設社會主義政治文明，是黨的十六大為我國社會主義現代化建設確立的重要目標。胡錦濤指出：“發展社會主義民主政治，最根本的是要把堅持黨的領導、人民當家作主和依法治國有機統一起來。黨的領導是人民當家作主和依法治國的根本保證，人民當家作主是社會主義民主政治的本質要求，依法治國是黨領導人民治理國家的基本方略。”其中加強和改善黨的領導，對於發展人民民主和實行依法治國，具有決定性意義和全局性作用。