按照木葉紀年，此時的世界步入了木葉46年的風起雲湧。
對於忍界各地的人們來，在第三次忍界大戰進行的過去三年間，他們看到了太多同伴的犧牲，整個陸地上被破壞殆盡的場景隨處可見。
比起宇智波花月在水之國島上渡過的與世隔絕修煉隱居生活。
現在，島外的忍者世界正在陷入更大的混亂中。
戰火，硝煙，陰謀…
數雙隱藏在黑暗中的手，正在推進著第三次忍界大戰的進一步升級。
這一切仇恨與對立的最大幕後bss，無疑是自認為書寫了忍者曆史，下第一孝子黑絕。
而他在這個時代選擇的兩名代言人：想重現無限月讀為世界帶來和平的宇智波斑；和一心為漩渦一族複仇，不惜花費數十年在忍界各地一磚一瓦布局，終於迎來收獲期的漩渦宗河，都完美地完成了各自的使命。
……
兩年前，一直想為父母報仇的赤砂之蠍，收到了漩渦宗河提供的關於木葉白牙旗木朔茂的位置情報。
作為陰謀者提供給他消息的報償，蠍殺了三代目風影，襲擊了火之國邊境村莊，並重傷了木葉白牙旗木朔茂，由此引起了砂忍和木葉的誤解和大戰。
雖然這場上升到出動砂忍村人柱力的戰爭以木葉的勝利告終，但也無疑拉開了忍界大規模戰爭——第三次忍界大戰的序幕。
這是忍界曆史上前所未有的戰爭規模。
數萬忍者，數百萬平民卷入了這場戰爭，造成了無數失去家園的流民和失去家人的孤兒。
戰爭的第一階段，砂忍與木葉的戰爭以木葉獲得正麵戰場的勝利和捕獲了一尾人柱力結束，雙方宣告休戰後，砂隱因村子空虛而被岩隱進攻。
岩隱參戰，戰爭規模進一步擴大。
戰爭第二階段，岩隱與砂隱，木葉，三方對峙。
一時間，忍界大陸西北陷入三國混戰的局麵。聯盟與背叛戰與和，和與戰，在這三方之間反反複複。
而進入木葉46年後的1月，一直作壁上觀的雲隱村終於按捺不住趁火打劫的心態，毅然加入混戰圈。自此戰爭進入第四階段。
虛弱的砂隱退出戰爭。
雲隱村與木葉村，雲隱與岩隱村展開對峙。
第三次忍界大戰全麵爆發，迅速蔓延至了整個忍界大陸。
原本，雷影和土影曾經有秘密計劃，同時進攻木葉，形成對木葉的重重包圍，最大限度消耗木葉的實力，讓木葉成為最大的輸家。
但誰知道，三代目火影猿飛日斬更是個老狐狸中的精怪，他派出了傳中的三忍中其二：大蛇丸，綱手，以及宇智波一族前往木葉與岩忍前線，進行防禦。
大野木一看這個木葉的超強陣容，果斷決定反戈雲忍，柿子當然要撿軟的捏。
……
雲隱村也不是什麼正義之師。雲隱村看到了岩隱村遇“木葉不敵”，另一麵遭遇他們的情況後，在與岩隱村世仇的推動下，派出奇襲部隊進攻岩隱村。帶領雲隱進攻岩隱村的，正是三代目雷影。
其實，由三代目土影兩秤大野木這隻老狐狸主導的岩隱村，進攻木葉是假，在土之國邊境虛位以待等著雲忍們送上門是真。