田承嗣告訴阮大铖，錦衣衛水陸官軍上十萬，五萬官兵的糧餉遠遠不夠，河南、山西、山東的地盤錦衣衛回去打，不過錦衣衛需要一塊地盤安置後勤和家眷，如果福王肯把蘇州府劃給錦衣衛駐軍，錦衣衛就不計較別的事情了。
阮大铖想了想說道：“田侯爺，我回去給監國說，如果蘇州府不行，其他的府可不可以？”
田承嗣說道：“我要蘇州府駐軍，是要挨著崇明島的錦衣衛水軍，其他的地方給我也不要。”阮大铖又去向福王和馬士英彙報去了。
過了三天阮大铖來回複，福王已經答應了田承嗣的條件，允許田承嗣的錦衣衛駐軍蘇州府，一百萬兩銀子十日內給付，田承嗣提出一百萬兩銀子須得一半糧食一半物資，一旦全部運往崇明島後，錦衣衛不在金陵城留一兵一卒，福王和馬士英急於送走田承嗣這個瘟神，給了阮大铖相當的自主權，於是阮大铖點頭答應了田承嗣的要求。
福王朱由菘一麵處理田承嗣離開南京事宜，一麵派南京兵部右侍郎兼右僉都禦史經理河北聯絡關東軍務左懋第、太仆寺少卿馬紹愉進、太子太傅都督同知陳洪範組成了北使團出使北京，於六月二十一日，北使團由南京出發，攜帶“大明監國致書北國可汗”的禦書、賜“薊國公”吳三桂等人的誥敕，攜帶白銀十萬兩、黃金一千兩、綢緞一萬匹，前往北京謁陵，祭告先帝，通謝清王，並酬謝剿寇文武勞勳；並運送漕米十萬石接濟“薊國公”吳三桂，在鬆山降清的總兵祖大壽的兒子，錦衣衛指揮祖澤傅也隨團北行。
田承嗣得到這個消息，直笑福王和南京官員還在做夢，想滿清得些錢帛子女就退出關外，殊不知這回滿清可是來奪大明江山的，而福王和南京官員眼裏的大英雄吳三桂，早就剃頭成了滿清的鷹犬，於是田承嗣給紅娘子去信，北使團攜帶金銀財物可以放過，那十萬石漕米和百艘大舟一定得扣下。
福王把錦衣衛暫時擺平了，而江北三鎮高傑、黃得功、劉良佐在駐地，搶劫村莊殺男霸女，真是比流寇都不如，高傑甚至路過督師史可法的駐地，也是一路搶了過去，當地百姓群情激憤，史可法不得不親自來到被搶的地區去安撫百姓。
世鎮武昌的寧南侯左良玉在崇禎年間就已尾大不掉自行其是，朱由菘監國的詔書頒到武昌，他一度拒絕開讀，在湖廣巡撫何騰蛟、部下監紀副總兵盧鼎等人的勸說下，才勉強開讀成禮，大明的其他將領如鄭芝龍、方國安等人，都有各自盤算自身利益，根本不把朱由菘和國事為放在心上。
八月初，清廷以攝政王多爾袞名義寫信招降唐通，唐通和吳三桂一樣都擅長於見風轉舵，大順軍兵敗撤出畿輔後，他奉李自成之命鎮守同陝西相鄰的軍事要地保德州、偏關地區，由於大同鎮的雲俊聰被清軍葉臣擊敗，雲俊聰率領數千人出邊牆逃往蒙古，唐通估計大順軍和明朝都難以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州為據點發動叛亂，西渡黃河襲擊陝西府穀縣，同大順軍鎮守陝北的亳侯李過激戰達半月之久，由於事出意外，李過部損失較大，唐通占領了山西保德州、岢嵐州、永寧州、河曲縣、興縣、嵐縣、臨縣和陝西府穀縣、葭州一帶。
清朝委任的山西總兵高勳和唐通有一麵之交，於九月初三日派人往保德招降唐通，初七日，唐通回信表示願意歸附清朝，十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用順治年號，清廷於十一月將唐通由定西伯加封為定西侯，唐通的叛變不僅使山西北部全部淪入清方之手，李自成大為憤慨，下令把唐通的母親和兒子處死。
十月初三日，葉臣等部清軍攻克山西省會太原，大順軍守將薑瑄、薑有光投降，山西大部分地區歸附了清廷，當時河南省的局勢相當混亂，大順軍已撤到豫西，其他地區處於河南總兵陳永福、許定國、卜從善、白祁政、土匪李際遇、劉洪起、李好的控製之下，探子回來稟告，說河南全境都向明朝軍隊投降了。