史可法臉色通紅說道：“你是不認我這個老師了？”
田承嗣說道：“我忠於皇上。”
史可法說道：“福王是監國，他隻是替太子、定王、永王看守大明江山。”
田承嗣說道：“史大人，你信嗎？韓公公、盧公公，那麼信不信？”
史可法喝道：“田承嗣，你放肆。”
韓讚周說道：“史公，有事好商量！”
盧九德說道：“田大人，咱們有不同想法，可以慢慢商量嘛！”
田承嗣跟史可法、韓讚周、盧九德談得不滿意，但是史可法、韓讚周、盧九德從田承嗣這裏探得，田承嗣雖然不願意接受福王管轄，但也沒有明確反對福王監國，史可法、韓讚周、盧九德他們還是達到了一定的目的。
五月初三日，朱由崧在南京就任監國用黃金鑄造監國寶頒諭天下說：。。。。。。孤避亂江淮驚聞凶訃，既痛社稷之墟，益激父母之仇，矢不俱生，誌圖必報，然度德量力，徘徊未堪，乃茲臣庶，敬爾來迎，謂倡義不可無主，神器不可久虛，因序謬推，連章勸進，固辭未獲，勉循輿情，於崇禎十七年五月初三日暫受監國之號，朝見臣民於南都，孤夙夜競競，惟思迅掃妖氛，廓清大難，德涼任重，如墜穀淵，同仇是助，猶賴爾臣民，其與天下更始，可大赦天下。
朱由崧就任監國之後，依照廷臣會推，任命原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事；馬士英加東閣大學士、兵部尚書、右副都禦史銜，仍任鳳陽總督；又以原詹事府詹事薑曰廣為禮部左侍郎，與原禮部尚書王鐸，二人兼東閣大學士入閣辦事，以張慎言為吏部尚書，召劉宗周為都察院左都禦史，其他衙門官員也先後作了安排。
五月初九日，馬士英從鳳陽趕到南京，次日，朱由崧召見史可法、高弘圖、薑曰廣、馬士英四人，讓他們迅速議定用人、守江、設兵、理餉的事宜，十一日，史可法上本設立四鎮外和督師的問題，史可法說：“有四鎮，不可無督師應駐揚州，適中調遣。"
於是朱由菘決定封田承嗣為東平侯，出鎮山東、北直隸地區；高傑為興平伯，鎮守徐州、泗州地區；劉良佐封廣昌伯，鎮守鳳陽、壽州地區；靖南伯黃得功加封侯爵，鎮守滁州、和州一帶；史可法以督師鎮守淮安、揚州地區；田承嗣對福王朱由菘封的東平侯嗤之以鼻，根本不理會朱由菘的旨意，五月十七日，黃得功又進封為靖南侯、守武昌的左良玉雖然沒有參加擁立，但他兵多將廣也被朱由菘進封為寧南侯。
五月，山東、北直隸等地的大順地方政權被明朝官紳顛覆，清軍占領了北京附近地區，由於強製推行剃頭等政策，京師附近的居民惶懼不寧，許多地方揭竿而起反對，清軍統治.三河縣、昌平州、良鄉、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地，都被官紳百姓攻占了。
五月二十五日，清廷派明降臣方大猷為監軍副使招撫山東，六月初四日，又派明降臣王鼇永以戶、工二部侍郎名義招撫山東、河南，六月初十日多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東，十四日，派固山額真葉臣領兵收取山西，.覺羅巴哈納、石廷柱發出檄文說:“奉攝政王令旨各調兵馬前往山東等處.所過地方官民出郭迎接違者以抗師治罪.”，又以平西王吳三桂名義大張文告，“攝政王簡選虎賁數十萬南下牌仰山東等處速速投降”。
六月二十一日，巴哈納等帶領的清軍進抵德州，朱帥？不願歸附清朝，被鑲紅旗固山額真石廷柱所襲，由於“濟王”部下都是些烏合之眾，數萬人馬潰不成軍，德州知州張有芳惟恐貽禍地方，遊說朱帥？等歸順清軍，朱帥？被迫解散部眾，拜表歸順清軍，畿南、山東大批州縣就這樣落到清軍手裏。
覺羅巴哈納、石廷柱收複霸州、滄州、德州、臨清之後，錦衣衛控製的曹州就暴露在清軍麵前，由於覺羅巴哈納、石廷柱兵力有限，而主要目標還是大順軍，就沒有再繼續南下，七月初三日，下令將覺羅巴哈納、石廷柱部調往山西，會同葉臣部合攻太原等地的大順軍。