崇禎十六年十二月二十四日，東陽諸生許都起事，許都，原左都禦史許弘綱之孫，有聲庠序，任俠喜交遊，知縣姚孫榘貪虐，借名備亂，橫派各戶輸金，坐許都萬金，許都，實中產，勉輸數百，自詣告謁，孫榘大怒，摘許都所刊社稿名氏謂造逆反，治以酷刑，時輸金者盈庭，然不平，有姚生執孫榘於座，笞打。群擁許都為主起事，巡按禦史左光先聞變，調兵行剿。官兵所至屠掠，東陽蘭谿人各保鄉寨拒敵，官兵大敗。紹興推官陳子龍謂許都不當反，遣諸生蔣若來齎書往諭後，許都得陳子龍書降，浙江巡按左光先不顧陳子龍的請求，違背當初許下的諾言，將許都及部眾六十餘人殺死。
內閣首輔太師兼太子太師、吏部尚書、中極殿大學士周延儒師駐通州不敢戰，被劾而於五月二十六日致仕，十二月初五日逮入京師，崇禎皇帝命人傳詔，勒令周延儒自盡，籍沒其家；另總督薊、遼、昌、通等處軍務，節製登、津撫鎮範誌完、趙光忭督薊遼、永平、山海、通州、天津諸鎮軍務也伏誅。
崇禎十七年正月初一日，李自成在西安正式登基稱帝，國號大順，改元永昌，改西安為長安，稱西京，以秦王殿為宮，增舊殿為九間，以符帝製，同時大修長安城，李自成追尊其曾祖以下均為皇帝，母呂氏為太後，規定其父、祖以及他自己的名諱，不得使用，他還冊封高氏為皇後，陳氏為貴妃。
李自成大封手下那班出生入死的弟兄，權將軍、製將軍封侯，果毅將軍、威武將軍則封伯、子、男；劉宗敏、田見秀、李過、劉芳亮、張鼐、李雙喜、袁宗第、劉國昌等被封侯；劉體純、吳汝義、馬世耀、李友、劉忠等被封伯；降將白廣恩、陳永福、王良智(即獻西安城的王根子)等也被封侯；其餘被封子、男爵的則多達八十人左右。
李自成改動了大順朝的官製，內閣被稱為天祐殿，設大學士平章軍國事。此職相當於丞相，由牛金星擔任，宋獻策則被任命為軍師，行政機構雖仍為“六部”，但長官卻升了格，原先隻有侍郎各一人，現在則增設一個尚書，中央其他機構的名稱以及地方機構的名稱也作了改動，以示與舊朝有別；李自成分授各級官員，頒發新印，為了招徠讀書人，大順朝還開科取士，他特別關照謀士顧君恩，特意賞了顧君恩一班女樂，以回報其所獻入關之策。
李自成仍然堅持三年免征之政策以收攏人心，不過這麼多兵馬要糧要餉，可不是件容易事，不征錢糧要維持軍隊糧餉，李自成向豪紳汙吏追贓，在渭南大順軍就就責令當地豪紳出餉銀一百六十萬兩，進了西安城後，李自成又故伎重施。他大宴西安城中縉紳大戶，並把秦王府中的金銀器皿分給他們，然後對他們說軍中缺餉，希望這些官吏縉紳大戶拿出銀子以助軍需。
於是李自成規定，當過九卿的出銀五萬，中丞三萬，監司一萬，知縣之類的也要出五千。這種做法後來又被李自成用在北京，李自成的部下故意露出兵器，嚇得那些官員縉紳直發抖，不得不按李自成提出的要求掏銀子
崇禎十七年正月初八日，李自成統率主力，由西安出發開始東征，直殺北京，權將軍田見秀則留守西安，前鋒李友、白鳩鶴兩員大將，已經於十二月十八日在禹門口渡過黃河，山西各州縣官吏認清形勢，基本上沒有抵抗，沿途各州縣是望風而逃。
田承嗣這個年過得很淩亂，複社的事情讓田承嗣心情一直沒有舒展過，長公主朱媺娖又把四皇子朱慈照帶回京城了，最讓田承嗣憂心的是覺華島的官兵，崇禎十七年正月十五日元宵節，田承嗣得到曹州傳來的休息，錦衣衛水軍船隊於崇禎十六年十二月二十九日抵達覺華島，兩天後錦衣衛水軍船隊載著一萬一千多覺華島錦衣衛和遼東百姓南歸，正月初六日船隊遭遇大海風，有九艘船沉沒十三艘船受損，損失錦衣衛官兵百姓八百多人，還有一百多匹戰馬和一批糧食物資，船隊為避風暴被迫停靠在登州海岸。