戰爭學院的內部，實際上也是細分為好幾個組織的。戰爭學院學生會：守望先鋒。老一代特工們的組織：黑爪。均衡教派以及影流。
守望先鋒管理著新一代英雄和召喚師們。對於戰爭學院內的學生們，有著調遣的權利。戰爭學院的很多內部事務也由他們處理。可以是戰爭學院主要的軸心之一。
黑爪是老一代英雄們建造的組織，內部實力還是蠻強的。起初這由影流之主劫提出。黑爪算是一個傭兵組織，隻要你肯出錢，那黑爪就願意給你辦事。但是傭金也是非常高的，不是一般人付得起的。能請的動黑爪的，大多數都是國家議員或者某些跨國甚至是跨位麵的大企業的總裁。當然也有一些人，開的條件也可以。比如失傳的符文魔法的卷軸啊，少見的海克斯科技裝備啊之類的。
均衡教派和影流的關係很僵，雙方不相往來。每過幾年，雙方都會派出精英弟子進行比武。在某些大型任務中，雙方還是互相配合的。