新遊戲……
你好！讓你久等了！歡迎來到神奇寶貝的世界。
我叫田卷，人們都稱我為神奇寶貝博士，這就是我們被稱為神奇寶貝的生物。這個世界大量生存著神奇寶貝，人們也管他們叫做精靈。
人們和神奇寶貝一起玩耍，互相幫助，並成為了好夥伴，有時候我們與它們，神奇寶貝一起戰鬥，遺憾的是，我們對它們還不是很了解。事實上，神奇寶貝身上還有很多很多秘密，為了揭開精靈的秘密，我傾注了畢生心血研究他們，來實現我一生中最大的願望。
那麼請問，你是男孩，還是女孩？
男孩。
是清吾嗎？
是的。
啊，沒錯！你就是剛剛搬到末白陣的清吾啊，我知道了！
好的，準備好了嗎？振奮人心的冒險即將展開。鼓起勇氣，邁向神奇寶貝的世界吧！哪裏孕育夢想，充滿著刺激，還會遇到新的朋友！當然，我們大家都對你充滿期待，到我的精靈研究所來見我吧！
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我……我……還活著？我……什麼都看不到啊……不過，不過，我好像能夠聽到……這是兩個男人的對話……
男一：現任聯賽冠軍清吾當年來找我的樣子……現在還曆曆在目……真沒想到會發生這樣的事……現在無論是千裏家的遙還是青浩家的清吾，都依然沒有任何醒來的跡象是嗎？
男二：很遺憾，但目前的狀況確實如此……其他地區也有數例症狀相同的人，甚至包括關東地區的前冠軍茂，和先冠軍智也進入了同樣的狀態……他們與之前幾名陷入噩夢的人狀況不同，他們的靈魂似乎是一直處於凍結狀態，所以即使真的有傳中的美夢神，克蕾賽麗亞的羽毛恐怕也無濟於事，我之前和您所的那個裝置是目前唯一能夠打破這個僵局的可能了，千裏先生已經同意我對現任芳緣冠軍遙使用這個裝置了……
男一：什麼？！！！連千裏這樣謹慎固執的人都同意了嗎？
青浩還是沒有消息嗎？
…………那好吧……既然如此我想恐怕沒有更好的辦法了……那就拜托您了，阿克羅瑪先生！
阿克羅瑪：請您不必擔心，田卷博士，我已經對這個裝置做了反複的檢查，不會出任何的問題的，這個裝置隻是通過對於沉睡者記憶的逐步引導，漸漸增強心靈對於靈魂的召喚力，從而重新使得沉睡者的靈魂回歸心靈。您真的不必多慮，一切準備就緒之後就會開始記憶引導程序，他們的孩子，一定會醒來的，您現在耐心等待就好了。
田卷博士：謝謝你……一切，就拜托您了……對了……阿克羅瑪先生，清吾的記憶丟失和引導的起點……是？
阿克羅瑪：程序引導的起點……是聯賽冠軍清吾剛剛來到芳緣地區的那一……丟失的記憶也是從那裏開始的。
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這個世界……自古流傳著這樣一個傳世神話：絕對虛無之中，分裂出此與彼兩種存在，兩種存在無法彼此包容與調和，進行著不停的紛爭，最終平微微傾向於此，此便化為最初之物，便展開時空，彼則化為最初之影隱匿在黑暗，此與彼，在無線與零，兩端駐足，此在夾縫之中種下世界之中，以有限將無限與零連接，以此之物承載心靈與靈魂，與彼之所重新等待次之輪回，世界之樹所承載心靈與靈魂，與彼之所重新等待次之輪回……
世界之樹所延伸而出的三個主枝，其之名為Genera，reai，Aband。根彼此纏繞，不斷生長，以心靈引導，以靈魂承載，根治於彼之零，想著此之無限，世界之樹不斷延伸出無盡可能……
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“我這是在哪裏？”清吾向四周望了望，一片漆黑，周圍隻有三個球，清吾想要靠近一個綠色的球仔細觀察，卻腦海中卻回響起：“沙菲雅！！危險！快閃開！”這神秘的聲音，心中莫名湧起了對這個世界的厭惡。