五百年前，邪神蚩尤降臨神州大地，欲毀滅三界。而此時出現了人魔仙十五名的勇士聯手對抗蚩尤。經曆了一場苦戰後蚩尤被勇士們成功封印在武神壇。勇士們由於用盡了全身的真氣氣數將盡，但是封印隻能維持500年，500年後蚩尤也將破土重生。此時勇士們決定把畢生功力留給三界的有緣人望能助他們一臂之力。十五名的勇士們也因為氣數將盡的關係開始逐漸消散，前生的劍俠客欲抓住前生的骨精靈手，但是卻親眼看著骨精靈化為光粒消散在空中。
話五百年前，紫霞仙子私下凡塵，邂逅妖猴孫悟空，展開了一段淒絕美絕的曠世奇情。不想妖仙之戀為道所不容，庭為了維護神仙至高無上的尊嚴宣布要蕩平魔界，而孫悟空因紫霞仙子之死而瘋狂，率領群妖對抗庭。人類為求自保，或投身於兩方之一，或自成一伍，一場人、仙、魔三界混戰就此拉開帷幕，三界間戰火屠，秩序不複存在。戰爭終以界擊敗孫悟空而終，令其墮入輪回思過。時至大唐貞觀年間。三界大戰已平息五百餘載，世間重又恢複了安寧與繁榮。當世分為四大部洲，眾生善惡不一。東勝神洲居生奇獸靈仙，汲日月精華，敬地禮法，心爽氣平;北俱蘆洲為蠻族所踞，多生凶禽猛獸，異常凶險;西牛賀洲多隱仙庭道館，習陰陽之術，養氣潛靈人人固壽;而南瞻部洲獨為人世紅塵之所，亦為人、魔、仙三族混居之地。
地間芸芸眾生分為人、仙、魔三大種族，各族賦不同，自有所長。超脫而飄逸的仙族能夠掌握地之靈氣，並能將他們轉化成為百變神通;從陰暗中走出的魔族崇武好殺，他們也往往擁有超強的戰鬥力和抵抗力;看似平凡的人類在戰火中習得陰陽五行之理，演化為玄妙的法術和武學。並嚐試挖掘自己強大的心靈力量，立身於三界之間。三族均各自創立四大門派，以廣納門徒，傳授技藝，壯大聲威。
觀音大士觀眾生相，三界大戰之後，心魔肆虐，塵世中人性的蓮花已經枯萎。邪惡與欲望逐漸滋長，吞噬了心靈間的良善，將巨大的潛力引入無邊的黑暗，而佛主如來處有三藏真經，可以勸人為善，待要送上東土，隻怕眾生愚昧，毀謗真言，故決定廣募與佛有緣之人，遍大義於下，尋找五個命取經人。《夢幻西遊》的故事由此展開，玩家將在經曆一段際遇後得到金蓮花，成為有佛緣之人，接受尋找命取經人，幫助他們拂開塵眼，見性歸真的使命。
這五個命取經人中，有佛祖座下被貶下凡塵的金蟬法師;有調戲嫦娥犯了條，被打入人間投了豬胎的蓬元帥;有失手打碎琉璃盞惹怒王母，被罰下人間受苦的卷簾大將;有受冤背屈的神龍之子白龍;更有五百年前大鬧宮，令各路神仙聞風喪膽的妖猴孫悟空轉世。這五人或有淒涼身世，或有無限心結，更或全忘前世因果，變得愚鈍不可教化。四海之大，該向何方尋找，該如何勸服他們甘願苦曆千山，遠經萬水，到佛祖處求取真經，勸化眾生，化解千年冤戾。一切都是未知，都等待著他們的探尋。
“幸好，你沒有機會看到我滿臉皺紋的樣子。”骨精靈快要消失時say。
“我希望，當我滿臉皺紋的時候，還能這樣擁抱著你。”劍俠客哭著say。