首先神宗對中央機構進行整改，使“台、省、守、監之官實典職事，領空名者一切罷去，而易之以階，因以製祿”。適當合並機構，裁減官員，使官員名實相符，有職有權。設立中書、門下、尚書三省，統管中央行政。中書省主管宣布皇帝命令，批複臣僚奏議，決定重要官員的任免，下設吏房等八房辦事機構。門下省主管審議中書省所定事宜。尚書省是執行機關，設宰相，分六部，行使實際權力。但兵部隻管保甲、民兵等事，實際兵權仍為皇帝和樞密院掌管。這樣，宋初以來中央機構虛職多而實職少的弊端，得以扭轉，原來“三高官官不預朝政，六曹不厘本務”的怪現象消除了。
其次，宋神宗統一了全國官員的薪金，原來隻領薪金的虛官，改為相應的階，以階級領薪金，以便於對官員的考核和使用，使“卿士大夫涖官居職，知使責任，而不失寵祿之實”，發揮官員的積極性。
在改革官製初期，朝廷動蕩，但實行了一段時間以後神宗不僅獲得了改革派的支持，同時也獲得了中立派係的支持，守舊派的反對聲也在神宗的鎮壓下日趨無力。同時，神宗也發現，冥冥中的那道紫氣除了在最初的時候有些動蕩外，後麵竟然日益壯大。這更讓神宗堅信，他這樣的改革是正確的。
在神宗獨自麵對改革的壓力的時候，後宮內也沒有想象中的那麼平靜。太皇太後、皇太後高氏以及皇後向氏也在不斷向神宗施加壓力，也搞得神宗在後宮也不得清淨。與此同時，在皇城司與供奉閣合力保護下的趙煦也經曆過幾次危險，當他看到趙無極和供奉們大顯神威的時候才突然發現，原來他這幾年對這個世界的了解還是太膚淺了。從那之後，皇宮裏就會出現一幕讓人驚奇的景象，一個剛學會走路的小小身影總會有事沒事的往勤政殿跑，堅決不讓侍女抱著，嘴裏還不停的念叨著要去給爹爹請安。這一度讓神宗覺得這個兒子那麼小就特別依戀自己，對趙煦更是疼愛異常。但事實是，每次到了勤政殿，趙煦在陪著神宗的同時，還會纏著趙無極給他講故事。趙煦的陪伴，讓頂著巨大壓力的神宗獲得了難得的一絲安寧祥和，也讓神宗愈加堅定了心中所想，他要為了他的兒子守護這份平靜，把一個洋溢著盎然生機的大宋交到他最愛的兒子手上。而趙煦，在通過趙無極的故事了解這個世界的同時，更是親眼目睹了神宗的艱辛：滿懷理想的宋神宗，獨自麵對朝野的爭鬥，甚至還要麵對後宮裏反對變法的壓力，千難萬難他一肩扛著，扛起了大宋王朝的蒸蒸日上。這也讓熟悉曆史的趙煦給自己定下了第一個小目標：改變神宗的命運！
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