木葉61年。
一群自稱“玩家”的人闖入忍界，伴隨著他們的還有一群不知名的怪物。在特定的區域裏，強行抽取世界的人們參與“遊戲”。
而這個遊戲，被稱之為【副本】。
玩家在副本中大肆殺戮，尋歡作樂。
忍界開始大亂……
同年，大蛇丸闖入副本，獲取玩家血液後，開始瘋狂研究。最後，他研製出了一種叫做“奇葩”的注射藥物。
這種藥物在注入人體身上的時候，可以獲取副本的相關消息。並以玩家對立麵的身份，參與副本。
木葉6年。
因獲取玩家信息過多，忍界眾人得知了月之眼計劃的真相。然後對曉組織成員“絕”進行處死，以絕後患。
有了共同的敵人，忍界各國開始和平共處，一致對外。
受各國邀請，原曉組織在火之國與田之國的邊界處，創辦了忍界聯合學院。
校長由長門擔任。
各國定期給與學院物資支持。
聯合學院的目的是為了培育下副本的忍者，各大國需負責定期派遣忍校畢業的學生，前往當地學習並任職。
他們代表著各自的國家，定期前往副本。獲得功勳的人，聯合學院會獎勵賦予其代表國榮譽稱號。
木葉6年。
忍界聯合學院建設完成，與忍界各國一同對外。
從此，進入規模化戰爭時代。
故事由此展開……