為了平複這場騷亂，負責維護京城治安的軍隊迅速來到了南京城，打算用武力解決這種行為。但是，軍隊的到來不但沒有緩解雙方的情緒，反而加劇了騷亂。這件事很快傳到了朱元璋的耳朵裏，他馬上派人前去安撫那些情緒激動的北方舉子們，而且告訴他們，皇帝正在調查這件事，讓他們稍安勿躁。這樣一來，衝突才緩解了下來。
朱元璋找來了負責考試的主考官劉三吾，問他到底怎麼一回事。劉三吾說自己並沒有在卷子上或者評分上做什麼不公的事情，實在是南方舉子的成績比北方舉子的要好。朱元璋也清楚劉三吾的為人，但是為了平複北方舉子的情緒，他還是要求劉三吾從北方舉子中挑出幾個來一並上榜。誰知道，這個劉三吾是個正直又倔強的人，他怎麼也不肯這樣做，堅持自己原來的判斷。
朱元璋大發雷霆，把劉三吾趕了出去，還把其他幾個考官一並撤了職。
北方舉子知道後，紛紛歡呼。
不久之後，朱元璋又讓其他官員去重新審定這次考試的成績。但是，還是有幾個不肯屈服的大臣堅持認為北方舉子的成績確實不如南方的，他們最後的結局居然和劉三吾的一模一樣。朱元璋勃然大怒，他覺得這是官員們互相包庇、蒙蔽自己，於是叭這些官員全都收監，嚴加拷問。
最後這件事越弄越過火，竟然把這些無辜的官員們牽連到多年前的胡惟庸案去，全部處了死刑。
後來，朱元璋親自重辦了一次考試，這次的考試結果和上次的截然相反，上榜的全是北方的舉子。
從此之後，為了防止這樣的事情再次發生，朱元璋規定，以後的科舉考試，南北分卷考試，以求通過這種考試形式使南北方上榜的舉子大致相同。
所以，此後的科舉考試不再單單以成績取人了，還得看你來自哪兒，而且形成了一種製度。
雖然朱元璋對那些官員的手段過分了，但是他也有自己的苦衷。因為其實當時明朝建國時間已經不短了，但是因為朱元璋是在南方起兵的，於是北方的才人很長時間都不相信這個王朝。為了消除這種疑慮，選拔北方的舉子進入朝廷的確是一種最好的方法。朱元璋知道，南方經濟要比北方發達，舉子的文化水平也要比北方高，但是為了國家的統一和穩定，他必須要讓南北兩地的官員人數平衡下來。在這次的事件中，朱元璋和那些正直的大臣都沒有錯，因為他們遵循的原則不一樣。
一眾東林黨官員和東林學子們都覺得這是故意找茬，那是洪武年間的事情，離現在二百多年了，情況能一樣嗎？
再者說，現在是各省舉人都來赴考，會試開始之前，參加會試的各省學子的比例是相當的。
江浙一帶的學子還覺得委屈呢，因為高手太多，以至於很多有才能的人，在南直隸想考個舉人都費勁的很。
可以說，南直隸許多秀才的水平都要比別處進士的水平高的多，這又怎麼說？
“九千歲，萬曆朝有一科，進士中過半都是江浙學子，前三甲也都是江浙學子，也沒事啊？”周如磐不甘示弱的舉例道。
“什麼叫沒事？我也沒有說有什麼事情啊？你心虛什麼？”魏忠賢微微皺眉。
“我哪裏有心虛？”周如磐梗著脖子，一張老臉漲得通紅，似乎胡須都氣的翹起來了。
周如磐並不後悔當麵頂撞魏忠賢。若是沒有這點膽量，他也進不了內閣，也沒有辦法在魏忠賢當權的時候做官了。
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