光海君大怒，欲追究儒生責任，導致成均館500多名儒生“卷堂”（罷課）示威。在左議政李恒福的勸阻下，所謂“晦退辨斥”的風波最終不了了之。
但大北派經過這次投石問路，開始發起全麵攻勢。萬曆四十年（1612）春，大北派誣陷原任官員金直哉及其子金白緘、女婿皇甫信密謀造反，擁立順和君養子晉陵君李泰慶，並牽連包括柳永慶兒子在內的一大批小北派官員。
光海君下令將金直哉等人淩遲處死，並賜死晉陵君，株連430餘人，從此小北派一蹶不振，隻剩樸承宗、樸自興父子和柳希奮、柳忠立等因為外戚的緣故還屹立朝中。
自從大獄頻繁發生後，光海君就深居簡出、沉湎女色，除了親審大逆罪人外，極少上朝視事，除了受群臣朝賀的大禮外幾乎不出後宮，在位十五年間，召見群臣不過八九次，開經筵不過五六次。
光海君雖然初步鞏固政權，但他最大的心腹之患——永昌大君李?還存在。
宣祖亦擔心永昌大君會有不測，臨終前囑咐光海君一定要愛護兄弟，又下秘密教旨，將永昌大君托付柳永慶、韓應寅、韓浚謙、申欽、樸東亮、許筬、徐渻七名重臣，要求他們好好保護。
大北派看透了光海君將永昌大君視為骨鯁在喉的心理，便於萬曆四十一年（1613）又製造了“七庶之獄”（又稱癸醜獄事）。這年三月，從東萊倭館運送數千兩銀子到漢城的商人在聞慶鳥嶺的路上被劫殺，後來查出這是樸應犀、徐羊甲等七人所為。
他們都是兩班官僚（出身西人和南人）的庶子，由於庶孽禁錮法而無法出仕，整天飲酒作詩，發泄對社會的不滿，號稱“江邊七友”，又愛讀中國小說《水滸傳》，受其影響幹起搶劫官銀的勾當。
李爾瞻等趁機唆使他們將矛頭指向永昌大君，稱他們受金悌男（仁穆大妃之父）的指示，劫持官銀作謀反本錢，擁立永昌大君，並讓大妃垂簾聽政。
光海君遂下令逮捕金悌男，將他賜死，還有一個牽連者鄭浹則招供遺教之事。要動永昌大君還得越過宣祖遺教的坎，所以李爾瞻等宣稱宣祖命七臣保護永昌大君的遺教是宦官閔希謇偽造的。
遺教諸臣（柳永慶已死）紛紛上疏劃清界限，但皆被罷官。李爾瞻還不斷請求處死永昌大君，光海君不予批準，最後決定廢永昌大君為庶人，流放江華島圍籬安置，次年被江華府使鄭沆殺害。
與此同時，大北派掀起“廢母”之議，“母”就是光海君的繼嫡母仁穆大妃，她不僅受七庶之獄的連累，還被指控在宣祖臨終前讓宮女對懿仁王後之像施展巫蠱，來給宣祖續命。
所以李爾瞻指使儒生李偉卿上疏，稱：“母後內作巫蠱，外應逆謀，母道已自絕。”
隨後掀起廢母之議。反對者認為無論如何也要對仁穆大妃盡孝道，支持者則強調忠比孝更重要。最後，反對廢母的西人和南人官員被指為“不忠”或“護逆”，幾乎被盡數逐出朝廷，於是光海君初年的聯合政府徹底瓦解，以李爾瞻、鄭仁弘為首的大北派獨占政權。
萬曆四十三年（1615），光海君自慶運宮（西宮）移住昌德宮，而將仁穆大妃幽禁於慶運宮，但沒有廢黜她。
萬曆四十五年（1617）八月，恭聖王後獲得明朝承認，隨後廢母之議再起並達到高潮，李爾瞻等不僅指使百官宗室780餘人“庭請”廢黜仁穆大妃，還組織漢城民眾參與“討逆”，製造輿論。
光海君隻是下令貶黜仁穆大妃的尊號，稱之為西宮，並未廢為庶人。
隨著後金的威脅日益嚴重，波及整個朝鮮的廢母鬧劇遂告收場。
在此期間，大北派又於萬曆四十三年（1615）製造申景禧之獄，使定遠君的兒子綾昌君李佺（朝鮮仁祖之弟）成為又一個犧牲品。
至此，光海君王位的威脅者基本被清除。
進入萬曆四十六年（1618）後，朝鮮政治生活的主要內容由“廢母”問題轉移到外交問題。
當時，出身建州女真的努爾哈赤初步統一女真各部，於萬曆四十四年（1616）稱汗，建立後金政權。
萬曆四十六年（1618）四月，努爾哈赤以“七大恨”告天，襲擊明朝撫順，揭開明金戰爭的序幕。
在此前後，明金雙方都在拉攏朝鮮，後金自萬曆四十五年（1617）冬到薩爾滸之戰前至少四次致書朝鮮，開示反明之意，離間明鮮關係。
萬曆四十六年（1618）閏四月，朝鮮方麵正準備將“胡書”報告明朝，明朝遼東巡撫李維藩、鎮江遊擊將軍丘坦、薊遼總督汪可受要求朝鮮出兵助明的谘文、票文和檄文就接連送來了。
麵對明朝的征兵要求，光海君與眾臣意見對立，他認為：“我國三邊防備自守不暇，舉單弱不教之卒，入援天朝，有何所益？”並判斷：“老酋桀驁，雖以中朝兵力，未能必其一舉剿滅”，要求備邊司搪塞明朝，並勸告明朝也慎重對待，自己始終不願出兵。
而絕大多數大臣都主張出兵以報答明朝再造之恩，同時消滅努爾哈赤也對朝鮮安全大有裨益，包括光海君最重要的支持者禮曹判書李爾瞻和領議政鄭仁弘。
隻有黃中允（南人）、趙纘韓（南人）、樸鼎吉（大北）、李偉卿（大北）、樸自興（小北）、任兗（大北）、尹暉（西人）七人不支持出兵，不久之後他們迫於眾議改變立場。
光海君從明朝征兵的環節問題下手，認為李維藩等人隻代表遼東當局，不代表皇帝，必須皇帝下旨才能出兵。
他便派使者去北京打探皇帝的旨意，順便呼籲豁免派兵，最差的情況也是隻在鴨綠江畔虛張聲勢而不越國境，於是以弘文館校理李埁為齎谘官，將朝鮮的請求報告遼東當局；又以右副承旨樸鼎吉為聖節兼陳奏使，直接入京向明神宗請旨。
此時負責討伐後金的明朝經略楊鎬已經出關，他會見了李埁，讓他向朝鮮國內送去自己的谘文，表示已接到皇帝“鼓舞朝鮮”的旨意，要求朝鮮必須出兵一萬以助明。
樸鼎吉在途中被楊鎬阻止，後來又一路聖節兼陳奏使尹暉來到北京，得到了皇帝要求朝鮮服從楊鎬調遣的聖旨。
光海君回避出兵的最後希望也破滅了。
楊鎬谘文被送到朝鮮後，光海君就已知道無回旋餘地，遂調兵遣將，征發三手軍（炮手、射手、殺手）10000人，加上其他人員共計15500餘人，以晉寧君薑弘立為都元帥，北兵使金景瑞為副元帥，這對朝鮮而言已是相當精銳的陣容。
萬曆四十七年（1619）二月，朝鮮軍隊開撥渡江，隸屬南路明軍劉綎所部，參與圍剿努爾哈赤的戰爭。
三月初，中路左翼的明軍在薩爾滸之戰中慘敗，主將杜鬆陣亡。隨即北路明軍也被擊敗，主將馬林單騎逃回開原。
經略楊鎬急忙命李如柏、劉綎撤回，但劉綎已經深入後金境內，三月初四在阿布達裏岡中伏敗死，同日朝鮮軍也在深河遭到後金襲擊，金應河以下數千人力戰陣亡，薑弘立則率5000殘兵敗將投降後金。後來有1400餘人逃回朝鮮。
深河之戰的結果應驗了光海君的預料，堅定了他推行“中立外交”的想法。此後他在明金兩國間施展縱橫捭闔的外交技巧，多次拒絕或拖延明朝的再征兵請求，對於後金則盡量不刺激，與之進行國書往來。
自努爾哈赤興起以後，朝鮮可謂國難當頭，光海君與朝臣圍繞外交問題發生分歧與爭執，他經常不與備邊司大臣討論就直接通過承政院下達旨意，備邊司曾抱怨道：“臣等當上國征兵之日，不能出一奇策，唯當奉行睿算之不暇，何敢有一毫搪塞之心哉？”
更重要的是，光海君奉行中立外交，在深河之戰後包庇降將薑弘立、一味逃避明朝的再征兵要求，堅持向後金傳達國書，引起包括大北派在內的幾乎全體朝臣的反對，也導致光海君與其支持者李爾瞻一派關係的微妙變化。
本來李爾瞻等在光海君的縱容下，自七庶之獄以來以“討逆擔當者”自居排斥異己，將與金悌男有聯係及反對“廢母”之議的人士幾乎全部逐出朝廷，使大北派獨占政權。
李爾瞻專權自然對光海君的王權構成威脅，甚至在有些情況下到了“王不得自由”的程度；而李爾瞻反對光海君的中立外交，更使他和光海君漸行漸遠。
光海君為此起用有外交才能卻被罷官的西人李廷龜來執行他的外交政策，李爾瞻一派以他是金悌男同黨、反對“廢母”為由勸阻。
光海君斥責道：“金悌男給你們恩惠已經很久了，每次你們要陷害某人，都會搬出金悌男，這些話一點也不新奇，我也聽膩了，你們還是別說這些了！”
並不點名地批評李爾瞻為“宗社之罪人”。
在此情況下，鄭經世、鄭曄、洪瑞鳳、南以恭、李睟光、李貴等反對派官員被解除禁錮，重新登用。
而朝野中推翻李爾瞻的氛圍也越來越濃厚，到天啟元年（1621）慶尚道儒生進京，掀起倒李風潮，控訴李爾瞻專擅政權、舞弊科舉及廢母殺弟等罪行。
盡管光海君沒有處置李爾瞻，但也表現出對他的厭惡。
大北派由此開始式微，西人等反對派獲得釋放並重新起用，為“仁祖反正”創造了條件。
深河之戰的全軍覆沒對於尚未擺脫壬辰倭亂後遺症的朝鮮來說是相當大的打擊，其影響波及朝鮮八道，其中以平安道尤甚，各郡縣都有數百名戰死或被俘於深河的壯丁，田野荒蕪，徭役也更加繁重。
朝鮮農民因征兵、饑餓而紛紛破產，落草為寇，在漢城和兩湖地區（全羅道、忠清道）尤為嚴重。