五月五日，兩派軍隊首次交戰，上杉景虎和妻子逃出春日山城，進入山內上杉憲政的居城禦館城。手機端上杉景勝馬上引軍包圍禦館城。
上杉景虎的兄長北條氏政向武田勝賴求助，武田勝賴答應五月二十九日進軍上杉境內。
然而上杉景勝以一部分領土割讓、黃金一萬兩、並娶武田勝賴的妹妹為妻等一係列條件使武田勝賴答應退兵。（一是景勝以黃金兩千兩賄賂勝賴的重臣長阪長閑、跡部大炊助）北條氏政見武田家退兵，9月北條方氏照、氏邦出陣，攻入上杉境內。越後樺澤城、阪戶城以及鄰近諸城落城。
上杉謙信的死讓反抗織田武田的聯軍氣勢一滯，特別是爆發“禦館之亂”，這導致甲相越三國同盟出現破裂，由於北條氏政出兵援助上杉景虎，武田勝賴失去了兩大援助。
因此，武田正信覺得進攻武田勝賴的時機已經到了。
不過，本多正信出言道：“將軍殿下，盡管上杉家因為家督的位置出現內亂，但要是我軍此刻出兵的話，隻會引起武田勝賴，北條氏政兩人的警覺。
到時候三方一定會在最短的時間內結束上杉家的內亂，來抵抗我軍。所以臣以為，應當在上杉家的內亂中，扶持弱者，奪取最大的利益。”
武田正信每微皺：“官兵衛，你也是這麼想的嗎？”
黑田孝高遲疑了一下，隨後點頭道：“是的，殿下，臣也是這麼認為，進攻武田勝賴的事情還需要緩一緩。”
武田正信見兩位軍師都不同意出兵的事宜，道：“既然這樣的話，那就派人去聯係上杉景虎，告訴他，隻要他同意帶領越後歸附幕府，他就是東越後的藩主。”
本多正信依照武田正信的命令派遣使者秘密前去禦館麵見上杉景虎，此刻的上杉景虎還有一些支持者，就連上杉軍中猛將北條景廣也站在上杉景虎這邊。所以上杉景虎並沒有同意武田正信的條件。
當然上杉景虎也沒有直接拒絕，而是暫時拖住，畢竟他哥哥北條氏政的軍隊還有前來援助他，他心裏也沒有底氣。
上杉謙信的死不僅影響了關東的戰事，同時，也影響到了西邊的事情。
在知道上杉謙信已死，關東那邊恐怕沒人可以壓製武田正信，局勢逐漸崩壞的情況下，荒木村重最為倚重的家臣中川清秀，高山重友向織田信長投降。
對此，別所長治失去盟友支援，三木城被織田軍圍困。有了後勤補給的尼子家擋住了毛利家的侵攻，這讓反抗織田武田的聯軍陷入困境。
織田信長看到時機已經成熟，於是決定再次攻打津川口，斷絕石山本願寺的補給。
在武田軍警固眾學習一番的九鬼嘉隆回到居城鳥建立起造船基地，設計製造鐵船。九鬼嘉隆吸取舊式的軍船、明朝船隻以及歐洲船隻的優點，設計製造了一種全新的軍船。這種軍船寬七間（約1），全長十二間（約1），相對於當時其他的軍船來，是龐然大物了。巨大的船體是用最好的木材構築而成，最外層覆蓋鐵板用於加固和阻燃。這就是戰國時期著名的“鐵甲船”。