七月三號，對於本願寺號召下一向宗徒對抗織田氏暴虐統治的檄文，信長也針鋒相對地頒發詔命，稱：“僧人本應潛心修行，追求學問，而如今本願寺卻耽於紅塵繁華，驕奢淫逸，更進一步介入世俗紛爭，違犯國法，據地築城反抗領主。這般惡行，我當以合法領主之身份嚴懲之！”
織田軍又是兵分三路：東麵由織田勘九郎信忠為主將，統率織田信包、津田秀成、森長可、池田恒興等將出市江口。
西路佐久間信盛、柴田勝家、稻葉一鐵、蜂屋賴隆等從鬆之木渡河出香取口。
中路由信長親自統帥，配下羽柴秀長、丹羽長秀、安藤守就、不破光治、佐佐成政、前田利家、河秀隆等將領，指向早尾口。
一揆勢力在木江村嚴密防禦，正當信長中軍，他們搜集附近船隻，渡河向堤防上的織田軍展開猛攻，被羽柴秀長、丹羽長秀等將擊退，損失慘重。
戰鬥持續到七月十五日，誌摩海賊出身的九鬼右馬允嘉隆，以及瀧川一益、伊藤三丞實信、水野監物信元等將駕駛著大批安宅船趕來增援，隨即北畠信雄、島田秀滿和林秀貞的水軍也浩浩蕩蕩殺至。
陸上織田軍趁勢發起進攻，從水陸兩線將整個長島團團包圍起來。此時一揆方所餘，隻有長島、大鳥居、屋長島、筱橋、中江五砦而已。
織田信長父子將本陣前移到殿名，指揮諸將猛攻上述五砦。
月二日，織田軍用大鐵炮打破了大鳥居的砦牆，據守砦中的一揆勢力提出投降請求，卻被信長一口回絕了。
“奸惡之徒必須殺盡，以償還他們多年來叛亂破壞的罪過！”他這樣喝罵道。
當夜，大鳥居中的一揆趁著風雨，攜家帶口蜂擁逃出，織田軍在後猛追，不管男女老幼，不管是否戰鬥人員，開始了殘酷的大s。暴動群眾被毫不留情地殺死一千餘人！
十二日，織田軍又攻克筱橋砦。但因為前後猛攻月餘，自己也損失慘重，信長決定對剩下的三砦采取長期圍困策略，希圖將敵人拖垮和餓死。
包圍戰一直持續到九月底，長島砦一揆彈盡糧絕，過半躲入砦內躲避兵禍的百姓餓死，遂再度提出投降的請求。
有了上回攻擊大鳥砦的教訓，信長這次很爽快地就答應了對方的請求。
九月二十日，一揆和家屬百姓紛紛打開砦門，乘坐船前往織田軍陣歸降。
但等他們來到河中心，突然遭受到敵軍鐵炮攢射，隨即是大安宅船的撞擊，織田水軍的白刃相加。
可憐的百姓如稻草般成片倒下，鮮血把河川都染紅了。對於這種違背承諾的無恥舉動，百姓們憤怒如狂，有六七百人雖然身不披甲，手無寸鐵，仍然冒著n林彈雨，猛撲到織田軍中，用拳頭和牙齒攻擊敵人。
麵對麵對這些走投無路，絲毫不知恐懼為何物的百姓，織田軍卒麵如土色，紛紛向後潰逃。
織田信長終於嚐到了背棄信約，殘酷鎮壓百姓的惡果，他的庶兄織田信廣、十弟津田秀成、叔父津田信次，以及叔父信光的三個兒子津田信成、信昌、仙千代，全都在此役中被暴怒的長島百姓殺死！
仇恨的怒火相互引燃，越燒越旺。得知這些噩耗的信長更為怒發如狂，手段也更加殘忍。
攻破長島砦後，他率兵重重包圍了剩下的中江和屋長島兩砦，竟然放火將砦中百姓近兩萬人全部活活燒死！
困擾了織田信長多年的長島一向一揆被徹底殲滅，這也讓織田信長的惡名更加遠楊，人們又記起了這個被稱為第六魔王的佛敵。
一向宗的勢力遭到了重大的打擊，再也沒有一向宗信徒在背後牽扯織田信長的精力，接下來的日子，石山本願寺不得不直麵織田信長的壓力。11