羽柴秀吉道：“兩次出兵，足輕之間的差距真大啊。”
柴田勝家道：“嗬，武田正信居然派出這麼多雜兵來哄騙我們，真是太可恨了。”
他還想些什麼呢，就聽到外麵傳來很大的嘈雜聲，織田信長也站了起來。原來是赤井直正已經拿下外丸的城垣，代表著足利家的二引兩旗幟被砍掉了，代表著織田家的木瓜紋插在城牆上。
在附近看著的足輕歡呼大叫，屬於武田家的另外兩個備隊迅速衝入城內支援赤井直正。
織田信長喊道：“全軍進攻”
沒多久，足利義昭就投降了，很多幕府家臣戰死。他將交出自己的兒子作為足利義尋為人質，向織田信長投降，織田信長同意，但是要將他放逐，而且不再擁立足利家的人為征夷大將軍。
下劇變，室町幕府滅亡，當然流浪在外的足利義昭依舊有著一定的權威，並不是一無是處，不過滅掉了足利幕府的織田信長開始以下人自居，並且控製了山城和近江國。
同時他向皇請願重新改元為正。
元龜三年七月底，正親町皇改元正。
隨後織田信長開始了對京畿的攻略，月初，織田信長命令細川藤孝出擊河內的澱城。
在戰前，羽柴秀吉已經策動與岩成友通共同守城的番頭大炊頭和諏訪飛驒守作為內應。當細川藤孝率領大軍攻打澱城的時候，岩成友通奮勇的率領士兵殺入敵陣。
隨後番頭大炊頭和諏訪飛驒守兩人臨陣倒戈投向織田軍，這讓岩成友通陷入重重包圍，隨後戰敗，岩成友通戰死。
隨後織田軍進攻河內攝津兩國，平定三好三人眾的勢力，這讓三好家除了三好義繼之外，又退回到了四國。
解決完三好三人眾，京畿的強敵裏就隻剩下本願寺一個了，至於鬆永久秀和荒木村重根本不值一提。
九月六日織田信長返回岐阜城馬上計劃向北伊勢出陣。之所以這樣，是因為降落在織田方的北伊勢門徒的國民和土豪都曾翻身，產生了再次平定北伊勢的必要性。
織田信長在這次出征之前，讓二子北畠具豐織田信雄命令伊勢大湊的船隻籌措，不僅要討伐倒下的將領，也考慮了對長島城的攻擊。大湊的會眾對織田信長的要求表示為難，因此船的籌措難以進展，但信長等不及二十四日出陣。
織田信長以美濃、尾張、伊勢三國的兵力為主共計三萬餘人，以瀧川一益等人為將出兵攻打伊勢的長島。
伊勢長島是木曾三川木曾川、長良川、揖斐川交彙處河口的河洲，是以願證寺為核心的一向宗重要據點，易守難攻。
織田信長把長島的西方的敵城做為目標，經由大垣在美濃的南端有的太田城著陣了。
另一方麵，柴田勝家、佐久間信盛、羽柴秀吉、丹羽長秀的近江的宿將也參陣的話，他們二十六日攻略著武裝起義方的西別所城。