趁著高興，在荀的安排下，劉琦折吉日納娶祝融。長安城中一片喜慶。
新漢開元二年（204年）初，劉琦下令在三公九卿外另設軍機處。太常荀任軍機大臣，軍機處成員由賈詡、田豐、步騭、蒯良、呂布等智謀超群或軍事泰鬥組成。全麵監控天下軍隊及各地戰事。劉琦常常參與其中。
軍權集權製。
軍機處隻有參謀軍事，商討戰略的權利，卻無下達命令，調動兵力的權利。
但整個事情看上去卻又不那麼獨裁**。
其實隻不過是劉琦知道一人智短的道理罷了。軍機處包含了情報、後勤、裝備等部門的主管，又囊括了劉琦手下最頂尖的知囊團隊。劉琦想要的是盡可能的掌握天下兵事，盡量避免將在外逐漸坐大，而造成功高震主的局麵。不是每個人都能看透，願意輕易的放下手中的權力的。
這大概也是大多數開國之主會被曆史所詬病的原因吧。但哪個皇帝願意在天下大定後還兵權外落呢？
劉琦以前靠著一腔熱血和兄弟情誼在這亂世中拚搏，不會去想這些問題。但現在各路大軍全方位報捷，天下大定指日可待。他必須考慮如何安排一起打天下的這幫兄弟了。卸磨殺驢的事劉琦是做不出來，但戰後的部隊劃分、人員調動、邊境駐防等事務必須盡早安排。
軍機處成立後，劉琦就親自到場，關起門來跟荀、賈詡、田豐、步騭、蒯良、呂布幾人推心置腹地聊了聊心裏的想法。都是聰明人，當然能理解劉琦的顧慮和擔憂。
易位而思，劉琦現在已高居九五之尊，高坐廟堂之顛，每次與眾人相見除了朝堂便是未央宮中的議事大廳。被召見或謹見都是為了談正事，至於談心訴苦啥的對劉琦來說已經是一種奢望了。
但是劉琦知道打江山易，守江山難。如何讓天下一統之後，手中的能臣猛將能夠繼續發揮才能，讓大漢天下強盛不衰才是他現在工作的重中之重。朝堂上，君臣始終有不可接近的距離，這是天地君親師的儒家思想根深地固紮下的影響，短時間很難改變。但大漢傳承四百年中存在的弊端和缺陷卻必須改變，比如士族、外戚、宦官爭權奪利的隱患，比如封疆大吏擁兵自重的隱患……
軍機處，名義上是總參軍事的地方，但這時候權利卻更加的大。因為這裏包含了劉琦最信任的一群人，也是最有才能的一群人，他們才是大漢王權的根基所在。
這不是劉琦想把手中的麻煩推出去，而是把他心中的顧慮說出來，進而拉近與辦事實的根基重臣間的距離。劉琦用行動向眾人證明，自己雖然已經位居九五，手握無上致高的權力，但他依然是那個為大漢江山而嘔心瀝血，為天下百姓而鞠躬盡瘁的劉琦。
士為知己者死！
不得不說劉琦設立軍機處這一行為還是收到了非常不錯的結果的，包括早已不問政事的呂布都放開了心結全心地投入到軍事討論中了。
二月，冰雪開始融化的時候，北方再次傳來捷報。
太史慈、法正、徐晃軍團於年前平推了九州三十六國，連同邪瑪台國和狗奴國一起剿滅。邪瑪台國女王卑彌呼滅國**，狗奴國國主神武也沒能開起東征的神話，被徐晃的戰斧劈成了兩半。整個島群受到了遠征軍團的屠戮，屍橫遍野，血流成河。除了收俘了一部分無知的山野村女為傷殘解甲的士兵為妻外，倭島本島、四國島、九州島原居民盡數伏誅。