單次運行成本過高時，風險也不容忽視，發射頻率從計劃中的每年4次下降到5次。
而航飛機的事故率非常高，美國的5架航飛機中，有架在執行任務時候發生了爆炸、解體，有14位宇航員為此喪命。
而與火箭、飛船等一次性飛行器不同，航飛機的火箭發動機需要多次重複使用，壽命期間的總工作時間累計長達數時之久，這也為其執行任務帶來安全隱患：隨著飛行任務的增加勢必有更多的潛在危險。
發射成本高：飛行一次耗費5億美元，超過設計預期近百倍：藍色星球國共研製並投入使用五架航飛機，每架研發費用0億美元，總共發射一百多次，每飛行一次費用高達5億美元，返回後還要進行大量費時費力的檢修，這讓航局的財政不堪重負。
盡管提出航飛機的初衷是為了降低整個載人航研製和發射過程中的花銷，但是國人在執行這一計劃的過程中卻發現真實情況並非如此。
早先有數據顯示從1985年到1988年10月間，航飛機的發射價格增加了85%，即每次發射費用飆升到9000萬美元。這筆花費完全違背了NASA最初設計航飛機的預算。NASA在確定航飛機的結構布局時，曾估計航飛機發射費用為每斤100美元，每次發射費用不超過600萬美元。
盡管NASA采取了種種措施節約開支，但研製費用還是連年超支。1978年9月，NASA宣布航飛機的研製費用可能比原計劃增加8%-9%。1980年4月，NASA透露整個航飛機計劃費用將增加到89億美元。
這種情況下NASA隻得一再向國會申請繼續增加撥款，而當時的卡特政府考慮航飛機對國家安全有利，對科學研究和商業開發也有很高價值，因此對追加經費基本不持異議，所以航飛機計劃的費用才得以解決。
此外，航飛機的著陸場與發射場相距甚遠，每次降落後要用大型客機運回發射場檢修，額外增加了成本。這些情況都超出了NASA最初的美好預期，這表明航飛機經濟效益大打折扣。
航飛機老化速度遠超預期，飛行任務被迫大幅縮水：在航飛機的使用中，NASA發現同研製和發射費用一樣，航飛機的維護和運行費用也在直線飆升。
比如1984年航飛機一次飛行的花費為15-億美元，而在商業發射中可以得到的最高補償僅為7100萬美元。
最重要的是NASA發現，用航飛機發射衛星，比使用火箭發射衛星的費用還要多。
因此，1988年之後，NASA決定不再承攬商業載荷的發射任務，每年航飛機飛行次數減為9次左右。
按照計劃國的航飛機壽命最多為0年，每架應飛行100次。而截至到今，5架航飛機加起來飛行了才1次，其中架在飛行中爆炸，架已嚴重超期限服役。
航飛機的老化程度比預期的要快，盡管執行任務的次數比預期減少了近1/4但航飛機破損、老化加劇，每次的維修費用也非常昂貴。
特別是“哥倫比亞”號航飛機墜毀事故（00年）發生後，對防熱瓦的檢查費用增加了。
而“發現”號自1984年首飛以來狀況頻發，燃料箱隔熱泡沫脫落、外部燃料箱的液態氫傳輸管泄露等，都導致每次執行任務前加強檢查和維護，以至於任務一拖再拖。