林克回到天夢聯邦，被選送進高等軍事學院內深造。學院假期中，林克與羅賓、文森等人再入沙漠探險，意外遇上了神聖教庭的神聖騎士團。騎士團與迷失之城的亡靈軍隊交戰，林克、文森和羅賓，幫助騎士團擊潰了亡靈軍隊。教庭“聖女”對林克的關心和對文森的嚴厲警告，引起了林克的懷疑，而亡靈大軍的怪異表現也讓林克深感震驚。
回到學院後，來自教庭的封賞和議長的賞識，使得林克成為帝都軍界的風雲人物。天涯歌團到帝都巡演，林克接到意外邀請，似曾相識的超級巨星雪莉，拔動了他的心弦。
經商的彼得按照林克吩咐，與沙人取得聯係，開辟了一條與北方聯盟的商業通道，積累了雄厚的資金。
聯邦元首遇刺，帝都政局動蕩，林克被卷入政治風波中。政局穩定後，立下大功的林克，被破格晉升。學院生涯結束，林克拒絕了來自遠東軍和中央軍的邀請，返回了邊防軍中。
哥斯林帝國與聯邦戰事將啟，林克曾經寫下的降書出現在軍務部，林克被以通敵的罪名送上軍事法庭，第九分隊成員集體退役。教庭出麵斡旋，林克被解除軍職。林克拒絕了來自教庭的招攬，與雪莉一起縱情山水間。
聯邦中央軍在與伊月的交手中大敗而歸，邊防軍統帥在林克的幫助下，遏製住了哥斯林帝國軍隊的攻勢。林克與伊月戰場相遇。聯邦被迫與哥斯林帝國簽訂停戰條約，憤怒的林克率第九小隊襲擊哥斯林帝國軍統帥部，重創哥斯林大軍統帥，遭到聯邦通緝，開始流亡生活。
軍方全力追捕林克，林克進入凶險的神贈之地，並率第九分隊在此站穩了腳步，並收服了不少周邊力量，形成了屬於自己的勢力。商業的繁體，為林克帶來了巨額收入，使其軍隊不斷發展壯大。隨著雪族情報組織“鷹眼”、沙人沙漠鐵騎、蒙歌族戰神團的相繼到來，各國力量無法到到達的遠東荒原中，一股新的力量暗中崛起。
而此時，曾經被輝煌帝國四大家族聯手重創的魔族，在魔帥的率領下，以百萬兵力向遠東發動了數百年來最強大的攻擊，聯邦遠東軍陷入苦戰中。麵對魔族的威脅，伊蘭特大陸人類國家被迫聯手，大陸各國軍隊開赴遠東戰場，人類與魔族的較量正式開始。
神賜之地的異變，引起了教皇的關注。教皇派人前往神賜之地調查，卻在荒原遭到了化身強盜的林克洗劫。教皇一怒之下，調集神聖騎兵團進行圍剿，卻遭遇慘敗。荒原中的神秘力量，一時吸引了大陸各國的眼光。為了爭取發展的時間，林克裝起了神棍，聲稱自己的力量是來自“神賜”，讓教皇有口難言。林克接受了來自教庭的冊封，與教庭的緊張關係緩和。
遠東戰場上，人類軍隊連續遭遇失敗。魔族統帥，是與林克父親齊名的一代名將。林克父親的離奇死亡，讓他失去了最欣賞的對手，深感寂寞的他，發誓要讓人類嚐到自己種下的苦果。
麵對遠東戰場的失利，林克選擇了按兵不動，但卻積極進行著戰爭準備。伊月向林克求援，遭到拒絕。聯邦向林克求援，也遭到拒絕。伊月攜紅玫瑰家族徽章前往荒原與林克密議，斯托克家族秘密力量抵達荒原，林克兵發遠東。數百年後，輝煌帝國的兩大家族再度聯手，在遠東擋下了魔族前進的腳步。