神算子案：汪直被捕下獄，柳若馨昏倒在野外，趙奔三匆忙回鄉。。聶紫衣、楊宇軒和好。汪直下落不明。。。。
嬰靈案林瑜一行人幫助童童揭穿了七裏香女老板和龐伯光的奸情，童童和姚四娘無意得到了七裏香販賣兒童，盜墓的錢過上了一個新的生活。。。
沉香案，楚中間連考幾次，成為欽點的新科狀元，林瑜埋名其間與楚中間成了要好的朋友，楚中間一直對情投意合的素貞死亡之事抱有疑惑，最後追查到崔老板，楚中間衣錦還鄉，醫館眾人正式進入皇帝的視線。。。
賜冰案：皇帝多次前往醫館經行診論，林瑜一行人被請入皇宮，朱一品誤打誤撞發現汪直的藏身之所，柳若馨身世之謎，汪直是柳若馨父親的好友，在滅門當日，皇帝的赦令遲來一步，王家慘遭滅門，林瑜路遇神仙姐姐，卻隻是匆匆而過，趙布祝被林瑜下了chun藥，與晴川共度良宵。。。。
牛郎織女案，：在東廠的挑撥下，楊宇軒等人對林瑜產生了懷疑，並與之經行爭鬥，林瑜墜崖，正好落入神仙姐姐洗澡的湖中，因為有過一麵之緣，神仙姐姐救了林瑜，林瑜卻因撞到礁石失憶，並在其間與神仙姐妹產生情愫。在神仙姐姐被萬貴妃所殺之日，救下神仙姐姐，擒下萬貴妃，與她們兩個一起進宮，巧遇柳若馨三人，其中已知東昌是同舟會，皇子抱回，萬貴妃處死，林瑜記憶恢複，柳若馨心懷愧疚，接受神仙姐妹。。。
索夢案：林瑜進入，在柳若馨與神仙姐妹中選一個，在重重謎團中抓住秦將軍，幫楊宇軒解救聶紫衣。。。
殺朱案：朱一品僥幸躲過，種種追殺，林瑜不幸被血刀小祖下毒，柳若馨三人獻身。。。
屠龍案：在朱一品揭穿寧王的陰謀，林瑜醒來，闖進皇宮，與曹公公一起赴死，終於回歸原來的世界，柳若馨悲傷過度昏迷，期間發現自己懷孕，十個月後生下一名叫“林軒”的男嬰並與神仙姐妹撫養長大。。。