在某市的一個家庭中，一個眉清目秀的男孩正躺在沙發玩手機，屏幕上顯示著:您已死亡。這讓男孩差點摔手機。原來，男孩正在玩幾乎全部少年都在玩的遊戲——王者榮耀。
還是先介紹一下男孩吧。這個男孩就是本書的主人公——小天。小天由於小的時候父母雙亡，所以現在由姑父撫養。
這時，手機快捷欄顯示:您的影視《精靈寶可夢》已下載好。可以隨時觀看。原來小天是個神奇寶貝迷，從小就看神奇寶貝，所以小天幹脆就掛機去看動漫了……
剛打開優酷，小天就感覺周圍的物品都在旋轉，之後便昏了過去……
不知過了多久，小天猛地睜開眼睛，發現自己正處於一個黑暗的空間。正當小天懵逼時，一個好像是從遠方傳來的聲音響起在小天耳旁:“小天，你不是喜歡神奇寶貝嗎，正好，精靈世界將有一場浩劫，需要一個人去拯救，我已經問過你的靈魂了，它也同意了。現在，我將把你傳送到精靈世界，好好享受過程吧！這有一個迷之項鏈，它可以答應你三個願望，你必須得好好保護它，將來它會派上用場的。”說完，小天就又昏了過去……
當小天醒來時，發現自己已經變成了一個嬰兒，脖子上還掛著一個項鏈。原來小天出生在了豐緣地區的末白鎮……
十多年過去了。這一天，小天早早起了床，因為今天他將去旅行。小天收拾好行囊就出發了，他要先去小田卷博士的研究所領初始精靈。這天天氣很好，小天邁著輕快的步伐，嘴裏還哼著小曲。在不知不覺中，小天就到了研究所。
小天:“小田卷博士，我來了！”
博士:“這麼早啊，小天，是來拿精靈的吧。你要選哪個呢？”
這個問題可難倒了小天，是啊，到底選哪個呢？在經曆了一番心裏鬥爭後，小天最終選擇了木守宮。
小天選好精靈之後，便帶著博士給的精靈圖鑒和和精靈球告別了博士。開啟了修行之旅……