作為一種新政治經濟學，借由“製度”和“意識形態”分析，新製度經濟學促成了經濟學對政治學研究領域的侵入，為觀察政治現象提供了新角度。作為新製度經濟學組成部分的意識形態理論強調和凸顯了意識形態的經濟功能，為社會轉型期國家意識形態建設提供指導。但新政治經濟學視域下，新製度經濟學對意識形態的理論建構是資本主義意識形態的展示。這集中體現在新自由主義視域。新自由主義視域下，包含意識形態理論的新製度經濟學本身就是一種資本主義意識形態。基於馬克思主義意識形態理論，本書認為，對新製度經濟學意識形態理論的研究需要綜合新政治經濟學與新自由主義雙重視域展開。綜合視域下，新製度經濟學通過強調是否促進經濟發展作為判斷意識形態的標準，刻意回避意識形態的階級標準，本質上推崇的是資本主義意識形態，表麵上“泛”意識形態化，實質是非意識形態化。對新製度經濟學意識形態理論的全麵認識應該包括兩方麵的內容：其一，新政治經濟學視域下，新製度經濟學對意識形態的基本認識，包含意識形態的涵義、特征和功能等。這是作為新製度經濟學組成部分的意識形態理論；其二，作為一種新自由主義思潮，包含意識形態理論的新製度經濟學本身就是一種資本主義意識形態。前者服從於、服務於後者，兩者密切勾連。原因在於，新政治經濟學是新自由主義經濟學之一，側重於學術思潮視角，而新自由主義則多帶有意識形態色彩。本書的分析以作為新製度經濟學一個組成部分的意識形態理論的理論建構為線索，圍繞包含意識形態理論的新製度經濟學的資本主義意識形態性展開。
通過對意識形態概念和理論緣起與變遷的交融分析，可以歸納社會變遷時期意識形態嬗變的基本境況。清晰地認識馬克思主義意識形態理論意義上意識形態的涵義、特征、功能和結構是展開新製度經濟學意識形態理論批判的基礎。新製度經濟學是一種新政治經濟學和一種新自由主義存在。作為新製度經濟學組成部分的意識形態理論建構在其製度理論、交易費用理論、產權理論、國家理論基礎之上。由於自洽性需求，意識形態被引入研究的視域，借由修正的理論預設和方法論的個人主義，通過內涵解讀等得以構造出一個生存體係。這一體係理論建構是資本主義意識形態的展示。在此過程中，作為一種新自由主義的新製度經濟學的意識形態性不斷得以彰顯。這表現在新製度經濟學意識形態的基本主張、根本立場、目標指向上。
意識形態安全是國家安全的重要組成部分。隻要國家存在，意識形態就不會終結。意識形態安全與社會製度維係、執政合法性增強、社會整合、國家利益維護有重要關聯，意識形態安全在我國具有重要意義。當前，影響我國意識形態安全現狀的因素有新中國成立以來意識形態建設的經驗和教訓，有正在經受的由全球化、網絡化、社會轉型所帶來的急劇變遷，既有有利的條件，又麵對著諸多威脅。這是我國遭遇新製度經濟學意識形態理論的背景。新製度經濟學意識形態理論對我國意識形態安全構成多層麵的威脅。
以馬克思主義意識形態理論為指導與參照，對新製度經濟學意識形態理論的批判是應對其威脅的基本步驟。通過兩種意識形態理論的比較性解讀，不能無視兩種意識形態理論在意識形態經濟功能、現實特征、實現路徑等方麵的契合與互補，但本質上，兩種意識形態理論是對立與衝突的。這種對立與衝突是新製度經濟學衍生背景的具體體現。雖然我國當代馬克思主義意識形態理論實行了對新製度經濟學意識形態理論的超越，但並不代表在維護意識形態安全方麵就可以高枕無憂了。在著重發揮社會主義核心價值體係基礎作用的同時，還需要構建應對新製度經濟學意識形態理論威脅、維護我國意識形態安全的體係。
總的來說，必須深化意識形態研究。要深化對馬克思主義意識形態理論的研究、深化對非馬克思主義意識形態理論的研究、深化對意識形態安全的研究。要認識到在理論和實踐中堅持和發展馬克思主義是科學地認識各種非馬克思主義的基礎。必須推動馬克思主義與非馬克思主義的對話和交流，深刻認識非馬克思主義的本質與影響，堅持用發展的馬克思主義指導實踐。同時，要消解製度拜物教，堅定地走中國特色社會主義道路。由於新製度經濟學是製度拜物教的典型體現，當前，既要積極借鑒和運用新製度經濟學等西方文明成果，更要堅定地走中國特色社會主義道路。如何認識、處理堅持公有製的主體地位與維護我國的基本製度之間的關係，是需要進一步深入思考的問題。
As a kind of new political economy，through the system and ideological analysis，new institutional economics contributes to the field of economics on the intrusion of political science research and provides the observed angle of political phenomena.As an important part of the new institutional economics，the theory of ideology highlightes the economic function of ideology and provides guidance for the ideological construction of social transition countries.But under the perspective of new political economics the theoretical construction of new institutional economics'theory of ideology is still the ideology of capitalism.As a neo-liberalism，new institutional economics is itself a capitalist ideology.New institutional economics of comprehensive horizon emphasizes the judgment standard of theory as promoting economic development or not，which dilutes the class nature of ideology apparently and praises the capitalist ideology.New institutional economics theory of ideology is of pan-ideological apparently and non-real ideology essentially.Based on Marxist theory of ideology the total understanding of new institutional economics theory of ideology should include two aspects：First， new institutional economics theory of ideology under the perspective of new political economics includes the meaning，characteristics and functions of ideology.Second，as a neo-liberalism，new institutional economics is itself a capitalist ideology.Integrated perspective of new institutional economics theory of ideology is a threat to our ideological security.