2006年12月26日。
這是地球上人類值得默哀的日子。
其實在人人大肆慶祝的昨日聖誕節的那個晚上，伴隨著怒吼而產生的爆炸火光一飛衝天之時，人類享受的最後和平的日子就已經結束了。
乃木憐治，以第二形態的姿態重新複活，王者歸來的他重新聚集異蟲頂級強者們，正式開啟了正麵的強攻大戰，準備以壓倒性的數量和戰力優勢一舉擊潰人類。
人類一方最後的希望，ZECT和NEO·ZECT，擔負起了抵抗源源不斷的外星異蟲的重任，無奈戰事膠著，異蟲一方準備充足，無所不用其極，人類方損失慘重，大片地區失守，形勢岌岌可危！
全球範圍，不少國家和地區的ZECT和NEO·ZECT機構組織紛紛在異蟲持續的入侵中逐漸瓦解，隨之產生的一個巨大的問題就是——難民。
人類流動性的劇增使得社會秩序動蕩不安，這對抵抗工作更增添了難度，ZECT和NEO·ZECT不得不分出一部分力量幫助政府部門、警視廳甚至是醫療機構們安排轉移好從世界各地逃難而來的群眾。
日本東京，作為日本國的首都，象征著日本最後的希望。
但此刻，ZECT的蟻兵部隊雖然全力出擊，但是僅憑借著手中的強化刃和機關炮根本杯水車薪，一開始通過精密的布置取得的不錯的效果，在異蟲一方不斷加強攻勢，以及異蟲自身防禦不斷提高之後，原本取得的優勢蕩然無存，時日久後，整個東京都布滿了異蟲的蹤跡。
天道總司所在的NEO·ZECT，情況也不容樂觀。
雖然手中持有兵裝蜘蛛這個黑科技，但無奈麵對龐大的異蟲基數，兵裝蜘蛛也沒法麵麵俱到，不過好歹大大緩解了異蟲一方的衝擊力，使得異蟲大軍與人類方，以東京明治神宮為大致界限，形成了對峙的局麵。
日本東京電視台。
“緊急播報，早間今天突如其來的異蟲大軍，與ZECT和NEO·ZECT激戰一天，情況不甚理想，包括普通市民在內，傷亡人數已經超越了數十萬之多，日本參議院已經通過決議，將今日定為全國哀悼日。下麵再重複一遍······”
“嘩啦——”
這個夜晚，在各個避難所和防空洞中的市民們聽到這個消息，看到新聞上播放的那些白天戰鬥的慘烈畫麵，紛紛騷亂起來，一股不安在人群中彌漫。
“盡管此刻的形勢嚴峻，但請各位市民對我們保持信心，我們ZECT一定會拚盡全力保護各位！”
新聞播報完畢後，電視台適時插入了警視廳總監加賀美陸的畫麵。
加賀美陸的一席話雖然隻是鼓勵，但也稍稍平複了市民們的不安情緒。
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“師傅，現在的情形就是這樣，我們該怎麼辦？”