吳尚先的主要貢獻是外治法，它比較集中地反映於《理瀹駢文》中。此書初名《外治醫說》，後因以駢文編撰，遂易名《理瀹駢文》。從此書跋文中載述可知，書名係借子華子“醫者理也，藥者瀹也”之句，以明外治亦有理之意。此書的刊行，經作者數次續增，前後易稿十餘次，內容不斷有所補充、訂正。遂成為後世之通行本。1955年人民衛生出版社根據同治九年（1870）刊本出版了影印本。1984年人民衛生出版社又出版此書的趙輝賢注本。此注本以影印本為底本，以同治、光緒年間數種刊本予以互校，並予注釋。
外治法曆史悠久，吳瀹齋在著述中首先回顧了外治法的發展曆史。他指出早在《內經》中就有桂心漬酒以熨寒痹等外治法記載，這就是我國早期的膏藥外治法；《傷寒雜病論》中則有火熏法發汗，冷水敷麵劫熱，豬膽汁、蜜煎導法通大便，菖蒲屑吹鼻孔中治屍厥氣閉等等。以後又有了敷法、熨法治結胸痞氣；黃連水洗胸、皮硝水敷胸、芫花水拍胸、石膏和雪水敷胸，蚯蚓和鹽搗敷胸等，以治傷寒邪熱傳裏。吐衄有井水敷法、搭法，蓄血有蘇葉湯摩法等。並認為清代葉天土用平胃散炒熨治痢，用常山飲炒嗅治瘧，變湯劑為外治，為後人提示治病的多種途徑和方法。吳尚先遵循葉天士等前賢有關學術理論，將內病外治的法則予以進一步充實提高，他總結曆代醫家使用膏藥的經驗，並加以改進，豐富其內涵，擴大了膏藥外貼的主治範圍。創製了數十種膏藥方劑，成為倡用外治法廣泛施治於各科疾病的先導。
吳尚先認為內服藥與外貼膏藥有“殊途同歸”之妙。強調作為一個醫生雖用外治，但不可不學《內經》、《傷寒論》、《金匱要略》以及其他中醫名著，凡對學術、臨床有所闡發者，均應吸取，並細心尋繹。他認為醫生要掌握常法與變通治法，必當把握學理之精髓。外治與內治，理相通而法不同，外治法亦應以《內經》作為理論指導，審陰陽、察四時五行、求病機、度病情，進行辨證論治。處方用藥，熬製膏方，也取內治大義以立法，如寒證內服溫經散寒之品，外用亦選熱性祛寒藥物；熱證內服清涼之品，外治亦需寒涼散熱藥物。
在《理瀹駢文》一書中，吳瀹齋詳述膏藥的熬製法，認為膏藥的功效體現於拔、截二字，拔則毒出，截則邪斷。膏與藥既可單用，亦可配合使用，均應隨病證靈活掌握。膏中之藥，宜氣味俱厚，以具有開竅透骨、通經走絡之品（如薑、蔥、韭、蒜、白芥子、花椒、蓖麻子等）為引，引領群藥直達病所，開結行滯，氣血流通則病自愈。又提出用補藥尤宜血肉之物，如牛肉湯、豬腎丸、烏骨雞丸之類。吳瀹齋指出：外治以氣血流通為補，不必迷信藥補。膏藥性熱易效，性涼則稍次；攻邪易效，補虛稍次。熱症可用熱藥，因病得熱則行，熱藥引邪外出；虛症可用攻藥，以去邪而不養患。根據寒熱並用法則，吳瀹齋又推衍出貼溫膏，敷涼藥；貼補膏，敷消藥的治法。至於膏藥的貼法，吳瀹齋亦有豐富的經驗和獨到的見解。