國家醫藥管理局職能配置、內設機構和人員編製方案
根據第八屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關於部委管理的國家局設置及有關問題的通知》（國發〔1993〕26號）的規定，國家醫藥管理局為國家經濟貿易委員會管理的國家局（副部級）。
一、職能轉變
國家醫藥管理局要適應建立社會主義市場經濟體製的需要，在進一步加強醫藥行業管理和醫療器械行政監督的基礎上，以理順關係為重點，做到精兵簡政，提高效率。加強醫藥行業管理的職能主要有：製訂醫藥行業政策、法規和中長期規劃，參與醫藥行業經濟運行的宏觀調控，搞好醫藥商品質量監督，組建統一、開放、競爭、有序的醫藥市場，加強醫藥經濟信息服務，組織新藥、醫療器械、製藥機械、醫藥包裝材料的研究開發，實施藥品行政保護。弱化的職能主要有：把品種計劃的製定等權限進一步下放給企業，不再直接管理企業的生產經營活動；下放幹部管理權限，減少局直接管理幹部的人數。
二、主要職責
國家醫藥管理局是全國醫藥（不含中藥）行業的主管部門，負責全國藥品（不含中藥材、中藥飲片、中成藥）、醫療器械、製藥機械、衛生材料、醫藥包裝材料的行業管理，負責化學試劑、玻璃儀器流通的行業管理。其主要職責是：
（一）製訂醫藥行業的政策、法規並監督實施。
（二）製訂醫藥行業發展戰略和規劃，編製指導性計劃，引導資源合理配置，參與調控總量平衡。
（三）配合有關部門對醫藥行業經濟運行進行宏觀調控。負責直屬單位的財務監督和國有資產管理工作。
（四）組織貫徹實施藥品管理法，對醫藥產品的生產、經營實行監督。負責綜合管理對開辦藥品生產、經營企業的審查和醫療器械生產、經營企業的審批工作。負責藥械儲備和特種藥械管理。
（五）製訂醫療器械、衛生材料、製藥機械、醫藥包裝材料等產品的國家標準和行業標準並監督實施。
（六）組織管理、指導醫藥行業科學技術研究、新產品開發，負責重大醫藥科研項目攻關協調、成果鑒定及推廣。歸口管理醫藥行業人才培養。
（七）根據藥品行政保護條例，負責藥品行政保護，頒發行政保護證書，協助有關部門管理醫藥專利工作。
（八）負責全國醫藥行業的統計和信息工作，指導醫藥行業新聞宣傳工作。
（九）組織指導對外醫藥經濟技術合作與交流，協調重點醫藥商品、裝備、技術進出口工作。
（十）承辦國務院及國家經濟貿易委員會交辦的其他事項。
三、內設機構
根據上述職責，國家醫藥管理局設8個職能司（室）和機關黨委。
（一）辦公室（可使用人事勞動司印章）
負責局機關綜合協調、督促檢查工作，製訂局機關各項工作規則並負責組織實施，負責文電處理、會議組織、秘書事務、文書檔案、信訪、保密、保衛等工作，參與製訂對醫藥行業幹部和專業技術人員進行管理、培養的政策、措施，指導醫藥行業的勞動工資工作，按幹部管理權限負責直屬單位主要領導幹部和專業技術幹部的管理工作，管理局機關機構、編製和人事、勞動工資工作。