靈魂論說
利瑪竇強調，“人有魂魄，兩者全而生焉，死則其魄化散歸土，而魂常在不滅”（《天學初函》（一）第三篇第429頁），正是這個不滅常在的“魂”，使人於自然生命終結時能寄遊於後世。利瑪竇在陳述人的自然生命消逝後的存在時，借用了中國傳統的“魂魄”觀念。對於這一借用，論者或持懷疑態度，以為彼此間沒有共通處。其實，徒有這種懷疑不僅是不夠的，而且是值得推敲的。因為對於儒耶關於“魂”的認識上的表麵差別，利瑪竇就有非常清楚的認識，他曾講：“吾入中國，嚐聞有以魂為可滅而等之禽獸者。”（同上）而在擁有這樣的認識下，利瑪竇仍然借用中國傳統之“魂”來指陳天主教的與人的肉身相分離而永存的靈魂，同時又來糾正中國人對於“魂”的理解，正意味著天主教在對中國進行其跨文化的傳播中，於彼此的異同，以及如何來處理這種異同，有非常自覺的意識。謝和耐以為，由於傳教士們意識到中國傳統之“魂”與天主教的靈魂思想的區別，所以“某些傳教士們在利瑪竇死後則采納了另一個術語‘性’（人性）。自1613年起居住在中國的艾儒略神父即如此”（謝和耐《中國和基督教》第216頁）。艾儒略與利瑪竇並稱利艾，對於天主教關於人的教義的傳播起有關鍵性的作用。然而事實上，利瑪竇於《天主實義》中已辟有專章來論述人性的問題，隻是其中的原因並非僅因為中西之魂的觀念的不同，更重要的原因，尚是因為儒家關於人的理解的基石是人性，傳教士要使天主的福音為中國人所理解，以“人性”來解釋，無疑有其必要性。當然，我們在此應當首先由利瑪竇借用中國之“魂”而作出的解釋，來彰顯出儒耶思想體係在對人的認識上所持的不同立場與指歸。
基督教的形成與發展，源自希臘與希伯來兩個傳統，而在這兩個傳統中，雖然表現肉與靈的衝突方式——希臘文化以情欲、希伯來文化則以物欲使肉與靈的衝突得以張顯——有所區別，但強調肉與靈的對立與緊張是它們共同的精神。基督教對這一精神，不僅是承緒，而且是進一步地張揚，並賦予了濃重的宗教神學的神秘色彩。隻是當亞裏斯多德哲學於6至12世紀經過阿拉伯人重新傳回西方，並在其後的歲月裏流播歐洲以後，亞裏斯多德哲學所充滿著的理性精神促使了基督教神學發生了變革。盡管“哲學是神學的婢女”這一傳統口號仍然得以堅持，但是努力通過自然理性之光來透示人們所要認知的對象卻成了基督教的主流，托馬斯·阿奎那的基督教思想便是這一主流的碩果。而我們從利瑪竇的論靈魂中，也同樣能夠感受到這種精神氣息，因為利瑪竇關於靈魂的陳述與論證，使神秘主義因素幾乎完全隱遁於他對世界的現象描述與基於這種描述的理性論證。
然而，在概略地粗述利瑪竇的思想背景後，我們決不想對利瑪竇及其他傳教士的具體細致的思想淵源作更多的索隱探賾。這一態度根於兩個原因：其一是本稿的根本目的是理解跨文化傳播中的思想對話於被傳播一方所表現出來的篩濾過程，以及這種篩濾所基於的功能需要；其二是因為對於晚明社會中人，基督教的傳入完全是一個被動的過程，他們所能看到和所能處理的新文化隻能是由傳教士陳列於他們麵前的內容，換言之，他們隻能通過窗口點菜，而不可能進入廚房自燒。
利瑪竇告知晚明中人：
魂有三品：下品名曰生魂，即草木之魂是也。此魂扶草木以生長，草木枯萎，魂亦消滅。中品名曰覺魂，則禽獸之魂也。此能附禽獸長育，而又使之以耳目視聽。以口臭啖嗅，以肢體覺物情，但不能推論道理，至死而魂亦滅焉。上品名曰靈魂，即人魂也。此兼生魂、覺魂，能扶人長養，及使人知覺物情而又使之能推論事物、明辨理義，人身雖死，而魂非死，蓋永存不滅者焉。（第三篇，第430頁）
據此可知，利瑪竇之論魂，是與他關於物的觀念相聯係的。利瑪竇曾以亞裏斯多德的四因說來分析物的構成，即所謂，
天下無有一物不具此四者。四之中，其模者、質者，此二者在物之內，為物之本分，或謂陰、陽是也。作者、為者，此二者在物之外，超於物之先者也，不能為物之本分。（首篇，第391頁）
這裏的在物之內、為物之本分的模與質，便是利瑪竇論魂中的魂與魂所附著的形。而所以在對對象的描述上有指陳上的不同，是因為形式（模）與質料（質）所屬的四因說著眼於物的結構的分析，而魂（模）與形（質）所屬的靈魂論著眼的是物的本質的揭示，特定的“魂”是特定的“形”成為一個具體存在著的實體的本質。
毫無疑問，對於任何一種成熟了的思想體係來說，認識對象的視角移動，不可能影響思想體係的內在一致性。基督教發展到17世紀，其根本性的觀念是成熟與穩定的。從這個意義上講，利瑪竇的“魂”觀，是不可能與具體的存在形式相分離的，否則便失去了“魂”作為實體的本質性因素的真正意義。其實，這個思想在亞裏斯多德的《論靈魂》中是有過明確的陳述的，亞裏斯多德講：