除此之外，又大赦天下，改元為元興。
不過，起兵這件事對元顯來說，可不能像孫恩那樣，說來就來，還得進過細密的策劃，做好充足的準備。
首先，有人提議，應該先把留在建康的桓氏給殺掉，建康的桓氏，首當其衝的便是桓修。但是，這人是司馬氏的女婿，王誕又對元顯說:“桓修與桓玄誌趣不同，前幾年的江州事件也可以說明這件事。”而且，在作戰前就大動幹戈，實在不好。
張法順也認為姓桓的不一定都支持桓玄，隻是有一個人讓人懷疑，這人就是桓謙。於是，他對元顯說道:“桓謙在建康，常常作桓玄的耳目，不應該留。打仗前鋒最重要，而劉牢之多變，也不值得信任，可以命令劉牢之誅殺桓謙，如果他做了，就說明他會站在我們這邊；如果他不做，我們就隻能再想其他辦法了。”
元顯拒絕，說道:"沒有劉牢之，我們擋不住桓玄。"
張法順再三勸說，也沒有用。反而，因為桓家世代治理荊州，得到荊州一帶居民的歸附，特別是桓衝，更為東晉西部地區百姓留下不少好處，為了拉攏人心，元顯把桓謙由驃騎司馬調任都督荊、益、寧、梁四州軍事並為荊州刺史。
法順這樣說倒不是冤枉桓謙，不過桓謙是守本分的人，也可以說是好人，他和桓玄是常有通信，也議論國家大事或通報信息，不過，這堂兄從沒說過司馬父子的壞話。接到朝廷荊州刺史的任命，他也是暗叫不好，看來不免一場惡戰，荊州刺史一職，對他來說完全是虛的。
現在的他，能做的就是什麼都不做。他不想給桓玄通風報信，不是怕麻煩或危險，隻是不願辜負司馬郎君的一片好心，在與桓玄不和之時，他還能保全在建康的桓氏，這個不能不說是個恩情。
不過，即使他不作耳目，自然有人為桓玄通信，這個也是桓氏中人，也就是桓石康的弟弟桓石生，他在司馬道子身邊任長史，在元顯發兵那天，他秘密派人向桓玄報告朝廷要討伐他。
一族之中，總有各式各樣的人，桓氏就是如此，有安分的，也有野心家，有果斷有主見的，也有隻能聽從一族首領安排的，現在的桓玄，已經是桓氏一族的首領了。或者說，自王謝大族沒落之後，他可能是整個東晉士族勢力的代言人。
桓石生和桓玄的關係不算太好，有聯係也是十年前在建康當太子洗馬的時候有過交集。桓石生的考慮也不是太多，隻是因為桓玄姓桓，不想看到桓氏再受壓抑。
桓玄接到密信的時候，微微驚訝了一下，元顯竟然抽得出手來管自己。雖然這幾次劉裕站孫恩屢屢取勝，但終不能給他致命一擊，還是讓他繼續蠶食東晉，現在那邊應該是又窮又亂才對。
確實，現在那邊連軍隊的糧草也不能正常供應，所以自下了詔書後，元顯也沒有什麼其他的舉動了。
而桓玄，他自己也不想在這個時候進建康，在荊州待敵，勝算更大。而且，萬一他和北府兵真打起來，隻會讓孫恩坐收漁利，對誰都不好。
桓玄正打算讓各軍隊戍守待敵，卞範之卻說道：“荊州是桓家的腹心之地，怎麼能讓把敵人引入這裏，給自己找窮困。”
他說的有道理，殷、楊之後，這裏也需要休息調整，又問：“那該怎麼做？”
卞範之說道：“桓公威名遠揚，而元顯隻是個乳臭未幹的小孩。而劉牢之，也是人情盡失，等到了京師附近，陳說禍福，他一定會投靠我們，勝利翹足可盼。”
桓玄想想也有道理，在問問自己手下的將領，大部分也是摩拳擦掌，等著逼近京師。不過，馮該也說，這樣做也算是以下犯上，不少下麵的將領不願起兵作亂。
至於索元，對於這樣的行動也沒多大的熱情，他雖然沒有什麼忠君概念，但比起來，討賊比討大臣有趣了，不過，既然是桓玄願意的事，他無論如何都會支持。
終於決定進兵建康，為了讓孫恩那邊能稍微安定下來，他致書萬蓋，希望他能阻止孫恩那邊的軍事行動。他雖然不放心萬蓋，隻希望他能自保，但幾次下來，萬蓋的消息準確率很高，他就不自覺地對他寄予更多的期望了。