左宗棠第二次人佐湖南巡撫幕府，長達6年之久(鹹豐四年三月至十年正月)。6年中，他深得駱秉章倚重，使其學識才幹得到了充分的施展，從而在清統治集團中得到諸大臣的認可。
當時，清王朝在湖南的統治已搖搖欲墜。全省四周烽火遍野，鄂南、贛西已成太平軍天下；西邊的貴州，發生了苗民起義，南邊兩廣，會黨活動頻繁。省內，太平軍馳騁湘北，長沙周圍城池多被占領；而湘東、湘南、湘西廣大貧苦農民，起義風起雲湧。
左宗棠儲心積慮，日夜籌劃，輔佐駱秉章"內清四境"，"外援五省"，苦力支撐大局。駱秉章對他言聽計從，任他自作主張。
首先，左宗棠積極協助曾國藩鞏固和擴大湘軍，使之成為一支與太平軍拚死作戰和殘酷鎮壓各地農民起義的凶惡力量。
左宗棠出仕後不久，曾國藩正聚眾商議湘軍作戰計劃，諸將領都建議北取靖港，獨左宗棠堅持南下湘潭。其後，曾國藩親率戰船40隻、勇丁800人北進，慘敗於靖港。曾國藩因敗羞愧，投水自盡，被人救起，退回長沙。第二天一早，左宗棠縋城而出，到湘江船上去見他。這時曾國藩仍是極為狼狽，一副逃亡的打扮。左為之收點殘餘的船隻、軍械和火藥，並勸慰他大事還未辦成，哪能去死。曾國藩由於在湖南創辦湘軍，在官場遭到不少詆毀，靖港之敗更加給人以把，柄，因此打算一死了之。在這關頭，左宗棠出而安慰，又在駱秉章麵前為他說話。這時，湘潭又傳來捷報，塔齊布、彭玉麟等率水陸各軍大敗太平軍，攻占縣城。湘潭戰役後，太平軍退到湘北，湖南戰局轉危為安，曾國藩度過了困境。其後，湘軍轉入進攻，太平軍被迫退出湖南。
湖南解危後，曾國藩回到長沙，與左宗棠籌劃出省作戰。兩人形影不離，共同協商大事。鹹豐四年八月，湘軍進援湖北，攻占武昌。鹹豐六年，石達開率太平軍揮戈猛進，攻克江西大部分地區，曾國藩被困南昌，左宗棠又建議急援江西，決定分三路進攻，穩定了江西局勢，又一次解救了曾國藩。鹹豐七年，駱秉章在左宗棠的參謀下，調蔣益澧等援廣西，鎮壓天地會起義軍；鹹豐八年調田興恕馳援貴州，圍剿苗、漢起義軍。鹹豐九年，石達開再次人湘，所向披靡，全省震動。左宗棠發布檄文召集兵士，一月之內調集4萬軍隊，組織寶慶會戰，將石達開趕出湖南。
左宗棠輔佐駱秉章，一方麵，調發軍隊"內清四境"、"外援五省"；同時還要為各軍籌設糧餉、軍械、船隻，他為此更是費盡心思。
當時，清政府為支付鎮壓農民起義的巨額軍費，采取了種種手段，如厘金、捐輸、加征賦稅、鑄造大錢、濫印鈔票等等，極盡搜刮，竭澤而漁。而左宗棠籌措軍餉，則主要采取抽厘、減漕，以革除弊政、開源節流的方法，支撐了軍費的大量支出。
鹹豐五年(1855)，駱秉章派左宗棠主持開征厘金事務。左宗棠廢除衙署關務的一切舊規章，招請廉潔士紳管理關務，不用私人，裁汰冗官，並規定各關卡征收情況按月張榜公告，又派軍隊衛護商旅，從而簡省了征收手續，杜絕中飽肥私，使厘金收入增加，同時也有了足夠的軍餉。
左宗棠又改革賦稅辦法。以前湖南征收賦稅十分混亂，由於不肖官吏浮收濫取、居中盤剝，加之銀價飛漲，以至銀貴錢賤，百姓負擔增加。這樣不但增加了農民負擔和損害了地主階級利益，也加重了財政困難。駱秉章接受左宗棠的建議，根據各縣士民呈請的辦法，製定統一的標準。他堅持己見，規定：每石納銀一兩三錢外，加納一倍作軍費，再加納四錢充縣政費用，以前的其他加派一律廢除。這樣每石納銀不過三兩，全省歲賦增加，但百姓負擔減少。
左宗棠在駱秉章幕府，長達六年。開始，駱秉章還沒有盡信於他。一年之後，左宗棠初露鋒芒，湖南軍事大有轉機，駱秉章便全權交付，自己隻是畫諾簽字而已。僚屬有事上白，駱總是讓僚屬去問左宗棠。有一次，巡撫衙門外發炮，駱秉章忙問何事，旁邊的人回答："是左師爺在發軍報折子"。他就點頭說："拿來看看。"可見左宗棠專權之深。因此，當時就有人背後談論說："巡撫專聽左宗棠，宗棠以此權重，司、道、州、縣承風如不及矣。"
左宗棠治軍、理財的才幹很快政聲遠揚，世人有"天下不可無湖南，湖南不可無左宗棠"之語。一些高官顯貴也在皇帝麵前競相舉薦，希望他為挽救岌岌可危的清朝統治發揮更大的作用。
鹹豐五年十二月(1856年1月)，禦史宗稷辰上疏："所知湖南有左宗棠，通權達變，為疆吏所倚重，若使獨當一麵，必不下於林翼、澤南。"
鹹豐六年七月，署湖北巡撫胡林翼上疏，極力推薦左宗棠：認為他學識過人，精通時務，又曾在駱秉章、曾國藩府中用事，可堪大任。
這些推薦，都引起了鹹豐皇帝的重視，隨即發出有關"上諭"，表示關注。鹹豐八年十二月初三日(1859年1月6日)，鹹豐皇帝在養心殿召見翰林院編修郭嵩燾。又專門詢問了左宗棠的情況。他吩咐郭嵩燾：寫信給左宗棠，"可以吾意諭知，當出為我辦事"，並"勸一勸他"。"何必以科名為重，文章報國與建功立業所得孰多?渠有如許才，也須得一出辦事才好。"
左宗棠出佐湘幕，才華得以展現，已經引起了各大臣的關注，進而得到清朝最高統治者的賞識，這為左宗棠後來的"中興功業"和他的飛黃騰達打下了堅實的社會基礎。
六、禍起蕭牆
左宗棠輔佐駱秉章革除弊政、整飭吏治、籌兵辦餉，政績卓著，得到駱秉章的極大信任，但同時也會有人忌恨和誹謗。他們曾誹謗說，湖南是"幕友當權，捐班用命"；不懷好意地稱左宗棠為"左都禦史"，意以身為巡撫的駱秉章，其官銜不過為右副都禦史，而左宗棠的權位卻高於駱秉章。甚至有人寫了一張傳單："欽加劣幕銜幫辦湖南巡撫左宗棠"，偷偷貼到湖南巡撫衙門的外牆上。
鹹豐九年(1859)發生的"樊燮構陷事件"，差點將左宗棠推到絕路。
樊燮，湖北恩施人；鹹豐年間任湖南永州鎮總兵。出身於綠營，驕奢淫逸，在永州任上名聲極壞，員弁兵丁莫不怨聲載道。鹹豐八年，駱秉章趁進京之際，參他私自役用兵弁、乘坐肩輿。隨後經派員到永州調查，查明他擅自動用公款銀960餘兩、錢3360餘串，此外還動用不少米折銀兩。駱秉章奉旨將樊燮革職。但他不服，向上級衙門控訴，將矛頭指向左宗棠。
事情的起因是這樣，幾個月前，永州知府黃文琛因公去嶽州，適逢巡撫駱秉章正在嶽州巡視，黃文琛便前往拜見，並就永州地方的各種弊端一一稟報。隨後這事被樊燮知道了，他自知所作的肮髒事，不可見人，便做賊心虛，認為黃文琛必在巡撫麵前告了他的狀，就與其幕僚魏龍懷商量對策。魏為他出主意說，巡撫衙門的幕僚左宗棠，隻是個舉人，駱巡撫對之卻寵信有加，委之以大事，何不先去見他，請他幫助疏通一下。攀一聽有理，便依計而行，前往長沙。
左宗棠聽到永州總兵來了，自得接見。但他為心性耿直，傲才恃物，不喜與人虛交，對這位總兵大人的劣跡早有所聞，不免說些責備的話。而攀燮是個剛愎自用之人，仗他出身武職，對文人幕客並不放在心上，故見麵時隻是拱手作捐，沒有按禮請安。左宗棠即心直口快地說，武官來見，無論官職大小，照例都要先行請安，你不請安，何必來見。樊燮一聽，頓時性起，便反唇相譏：朝廷體製，沒有武官見師爺請安的規矩，本鎮官至二品，向無此例!為了禮儀細節，兩人大吵起來。左宗棠一怒之下，將樊燮罵了出去。樊燮懷恨在心，一直尋找機會圖謀報複。
樊燮革職後，找到湖南布政使文格請求疏通。文格是滿洲人，這幾年，駱秉章、左宗棠雷厲風行，在全省廢大錢、減漕糧和整辦貪官汙吏。他很有意見，暗中忌恨。兩人臭味相投，一拍即合，文格唆使樊燮誣諂駱、左。
當時，湖廣總督官文有一門丁叫李錦棠，正以軍功保薦知縣。樊燮通過這門丁向官文打通關節，呈稟總督衙門，以幕僚越權幹政為由控告左宗棠，並指控左為"劣幕"。同時，他又在京城都察院狀告黃文琛與左宗棠，說黃、左通同勾結陷害他。
湖廣總督官文，出自滿族貴族，是兩湖的最高軍政長官。他向來看不起漢族官僚，專橫武斷，曾因駱秉章對他不太順從而暗中忌恨，並遷怒於駱所器重的左宗棠。同時，作為一位滿族貴族大員，近幾年來眼見漢人逐漸勢大，如胡林翼、曾國藩、駱秉章等逐漸當權，也非惱怒。因此，在接到樊燮的稟帖之後，立即上奏朝廷。鹹豐皇帝覽奏後，下旨查辦此事，將本案交官文和湖北正考官錢寶青審辦，並說："如左宗棠果有不法情事，可即就地正法。"
八月二十五日(9月27日)，駱秉章上奏朝廷，陳述冤情，並將查明的帳薄、公稟以及樊燮的供詞等谘送軍機處。而滿漢畛域之見極深的官文一意偏向樊燮，在奉旨之後又以駱秉章之奏章出自左宗棠之手，獨斷專行，未經與巡撫協商，就要召左宗棠前往武昌，當場對質。
由於此案事關重大，兩湖官員，除任湖北巡撫的胡林翼為之極力周旋外，都不敢出麵調解。二年後，左宗棠在家信中回憶："官相因樊燮事欲行構陷之計，其時諸公無敢一言誦其冤者"。可知其時情態如何緊急。
這時，此案被鹹豐皇帝最為寵信的重臣戶部尚書肅順得知此事。肅順是滿族人，但對漢族人並不歧視，是最早主張起用漢人的滿族大臣，湘軍的興起，胡林翼、曾國藩的被重用，都得力於他的極力支持。他的幕府中，有許多漢人學者。肅順看到朝廷密旨後，告其幕客高心夔，高告湖南湘潭人王閩運。王也是肅順門客，又轉告翰林院編修郭嵩燾。郭嵩燾聽後大驚，因自己與左宗棠是同鄉、好友，不便出麵講話，乃請王闓運向肅順求救。肅順表示："必俟內外臣工有疏保薦，餘方能啟齒。"當時，郭嵩燾與侍讀學士潘祖蔭同值南書房，便請潘出麵講話。
於是潘祖蔭連上三疏，力陳其冤，認為這是蓄意誣陷，他說：
"楚南一軍立功本省，援應江西、湖北、廣西、貴州，所向克捷，由駱秉章調度有方，實由左宗棠運籌決勝，此天下所共見，而久在我聖明洞鑒中也……是國家不可一日無湖南，而湖南不可一日無宗棠也。"
"宗棠為人負性剛直，嫉惡如仇。湖南不肖之員不遂其私，思有以中傷之久矣。湖廣總督官文惑於浮言，未免有引繩批根之處。宗棠一在籍舉人，去留無足輕重，而楚南事勢關係尤大，不得不為國家惜此才。"
潘祖蔭的三次上疏，使案情迅速扭轉。其時，胡林翼也極力配合，上奏《敬舉賢才力圖補救》一疏，稱左宗棠"精熟方輿，曉暢兵略"，但"名滿天下，謗亦隨之"，為左辯駁。
鹹豐帝見到這些奏折，果然問肅順："方今天下多事，左宗棠果長軍旅，自當棄瑕錄用。"肅順乘機答道："聞左宗棠在湖南巡撫駱秉章幕中，讚畫軍謀，迭著成效，駱秉章之功，皆其功也。人材難得，自當愛惜。請再密寄官文，錄中外保薦各疏，令其察酌情形辦理。"官文等人見風轉舵，與門客相商；上奏結案。一場爭鬥終於化險為夷。
經過這件事後，左宗棠深感官場險惡，憂心忡忡，"早已為世所指目，今更孤蹤特立，日與忌我疑我者為伍"，便決定暫且引退。於是，他以要去北京會試為由，向駱秉章提出辭職，並推薦其友、湘鄉人劉蓉代替自己，於鹹豐九年十二月二十日(1860年1月12日)離開湖南巡撫衙門，結束了他長達八年的幕府生涯。
鹹豐十年正月，左宗棠在家稍作停頓後，從長沙啟程北上，渡過洞庭湖後，風雪交加，他仍冒雪前進，三月初三日到達襄陽。此時，雪仍未止，道路泥濘，行程十分艱難。駐襄陽的湖北安襄郢荊道毛鴻賓給他送來一封胡林翼的密信。密信中說，官文正在謀劃構陷之策，而北京滿城的流言蜚語，勸他中止北行，以免自取滅亡。另一位老友，原林則徐幕府中的謀士王柏心也來信說，自古功高招忌，不應因此事而退隱，勸他去投奔胡林翼或曾國藩，以展宏圖。
左宗棠閱信以後，感到進退兩難。在一封致友人的信中，他表達這種困境中的左宗棠感到身孤力單，四顧蒼茫，"帝鄉既不可到，而悠悠我裏仍畏尋蹤"。於是，他決定采納王柏心之見，投靠胡、曾以自效。隨後，他即由襄陽乘船順漢水東下，經漢口再轉向東，進入安徽，閏三月二十七日(5月17日)由英山抵達宿鬆。這時，胡林翼進駐英山，曾國藩紮營宿鬆，正準備全麵進攻太平軍在安徽太湖、潛山的據點。左宗棠拜見了曾國藩，便留其幕中。
不久，曾國藩奉到鹹豐帝的寄諭，特詢："左宗棠熟習湖南形勢，戰勝攻取，調度有方，……應否令左宗棠仍在湖南襄辦團練事，抑或調赴該侍郎軍營，俾得盡其所長，以收得人之效。"曾國藩與左宗棠雖然性情、脾氣並不相投，但交情頗重，對左宗棠身被誣陷十分同情，隻因他貫於明哲保身，為人小心謹慎，一直未出麵說情。這時，見"天心大轉"，便立即回奏：左宗棠"剛明耐苦，曉暢兵機，當此需才孔亟之時，無論何項差使，惟求明降諭旨，俾得安心任事，必能感激圖報，有裨時局"。由於曾國藩的保薦，很快，朝廷即發下諭旨，授予左宗棠四品卿銜，幫助曾國藩辦理軍務。
於是，剛剛走出巡撫幕府的左宗棠，因禍得福得到破格起用，於是，開始了更大的事業。
七、威震江南
左宗棠接到清朝廷要他襄辦曾國藩軍務的命令時，江南正已被太平軍打得一敗再敗，時局危急。這年閏三月時，太平軍的傑出將領陳玉成、李秀成率領各路軍，再次擊潰清軍的江南大營，太平軍聲勢重振。隨後，李秀成揮師東進，威震江蘇；陳玉成回軍安慶，猛攻湘軍。
為挽救危局，清朝廷任命曾國藩為兩江總督，於是，他自宿鬆移軍皖南祁門，並命左宗棠在長沙招募兵員5000名，另立一軍，進援安徽。
鹹豐十年五月，左宗棠在長沙打出"楚軍"旗號。他選擇崔大光、羅近秋、黃少春等一批勇敢樸實的湘軍舊將，令其回各縣募兵，建立了四個營，每營500人；四個總哨，每哨320人；另外增選精銳之士200人，分為八隊，作為親兵；又會合原湘軍驍將王鑫舊部1400人，總共5000多人。
王鑫，湖南湘鄉人，是左宗棠老友羅澤南的弟子，雙方早就熟悉。鹹豐二年，王鑫和羅澤南在湘鄉舉辦團練，後奉命帶赴長沙，幫辦軍務。不久，曾國藩以團練為主，編組操練，創辦了新式軍隊的鼻祖"湘軍"。王鑫有勇有謀，但很有個性，不太服從曾國藩的指劃，因此不得曾的寵重。鹹豐四年，他在嶽州戰敗，免不了受處分，而當時在巡撫幕府的左宗棠卻給予勉勵，駱秉章也很看重他，仍讓他帶領湘勇去防守邊境。從此，王鑫對左宗棠十分信服，作戰英勇，後來他轉戰江西，被太平軍稱為"王老虎"。鹹豐七年，戰死江西樂安。王鑫死後，舊部由其弟王開琳等統帶，被稱為"老湘軍"，後來成為左宗棠部隊的主力，隨同左宗棠南征北戰，戰功顯赫。
楚軍成立後，全部屯駐長沙城南的金盆嶺，由王鑫堂弟王開化總管全軍營務、寧鄉人劉典和湘鄉人楊昌溶為副，整訓軍隊。製定嚴格的軍紀，左宗棠親自擬定了《楚軍營製》，規定："行軍必禁"，凡犯奸淫燒殺者斬示眾；"不準騷擾百姓"，概不準搬民家門片板材、桌椅、衣服、小菜、桶碗；"買賣公平"，必須按市價平買平賣。
正當左宗棠加緊楚軍訓練時，清朝廷得知太平軍名將石達開將率部由黔人川，擬任命他到四川督辦軍務，以扭轉西南形勢。曾國藩聞訊後，認為左宗棠肯定前往，因為在湘軍隻是襄辦，而去四川卻是督辦。但左宗棠認為自己資望尚淺，不能當此大任，去也無濟，表示"我誌在乎吳，不在人蜀矣"。曾國藩和胡林翼也非常願意留左在身邊，便聯名上奏，力主將他留下，由他率領楚軍，支援安徽。左宗棠雖有"督辦"之位不從，而安居"襄辦"，但仍然得以獨領一軍親臨前線。
八月，左宗棠率楚軍由長沙出征，經過醴陵，進入江西，最初打算去祁門與曾國藩部會合，後來獲知太平軍已占領皖南重鎮徽州，於是改由南昌、樂平，進駐江西東北門戶景德鎮。曾國藩目的是以其保衛祁門餉道，並阻止太平軍從皖南進入江西。
楚軍到達景德鎮後，有太平軍別部一支前來打探虛實。左宗棠派王開琳率老湘營將之擊退，另派王開化、劉典部在半路上截殺太平軍，太平軍連受重創，大敗而去，楚軍乘勝占領德興，又晝夜追趕，占領婺源。楚軍出師首戰告捷，在江西部穩了腳跟。這是左宗棠獨起一軍後打的第一仗。
十一月，太平軍李世賢部包圍祁門、黃文金部數萬人攻打楚軍。左宗棠以黃少春從後包抄，將黃文金擊潰。其後又與曾國藩派來的猛將鮑超配合，伏擊黃文金，占領建德，祁門解圍。楚軍連打兩次勝仗，曾國藩奏準清廷，左宗棠升以三晶京堂後補。他還在奏疏中說："臣在祁門，三麵皆賊……賴左宗棠之謀，鮑超之勇，以守則固，以戰則勝，乃得大挫凶鋒，化險為夷。"
鹹豐十一年六月，清廷又授予左宗棠太常寺卿，並以浙江緊急，命他迅速援浙，後因曾國藩奏留，移師婺源，以穩定江皖局勢。
這時，國內政局動蕩。七月，鹹豐帝在熱河病亡，不久，西太後發動北京政變，肅順等顧命八大臣分別被處死、流放、免職，西太後垂簾聽政，改元同治。八月，湘軍攻克長江重鎮安慶，湘軍已無顧慮。十月，清廷以江、皖大局已定，命曾國藩辦理蘇、皖、贛、浙四省軍務，並命左宗棠督辦浙江軍務，援救浙江。
李世賢部太平軍入浙隻有幾個月，勢如破竹，攻占嚴州、紹興、寧波、台州等重鎮，十一月又攻克杭州，浙江巡撫王有齡兵敗自殺。曾國藩奉旨後，乃密奏清廷，推薦左宗棠為浙江巡撫，又致信左宗棠囑他以大事。十二月，清廷即下詔，授予左宗棠為浙江巡撫。於是，左宗棠開始親掌大權，迅速成為清王朝的封疆大吏。
奉旨以後，左宗棠著手謀劃援浙軍務。楚軍初出湘時僅5000人，後陸續增加到8000餘人，這時又奏調廣西按察使蔣益澧、總兵劉培元各率部前來，兵力達到14000餘人。隨後，他開始大力整頓浙江軍事：申明賞罰、汰弱挑強、保證餉需；在作戰上，提出"避長圍，防後路"，寧可緩進，斷不輕退，"得尺則尺，得寸則寸"的方針。