關於農業合作化和其它重大問題的協商
在政協第二屆全國委員會期間，中共中央和國務院繼續將有關國家政治生活、經濟建設和文化教育等方麵的一些重要問題提到政協全國委員會的各種會議上進行協商。這一時期協商的問題除資本主義工商業的社會主義改造問題外，重要的還有以下7個方麵的問題。
一、關於農業合作化的兩個文件的協商
土地改革完成以後，全國農村立即開展了互助合作運動；一九五二年又在互助合作的基礎上，開始有計劃地發展農業生產合作社。過渡時期總路線公布以後，加快了農業合作化的進程。一九五五年七月，毛澤東在省、市、自治區黨委書記會議上作了《關於農業合作化問題》的報告。隨後，中共七屆六中全會根據毛澤東的報告，通過了《關於農業合作化問題的決議》，加速了農村合作化高潮的到來。在一九五五年十月二十二日的政協第二屆全國委員會常務委員會第七次會議上，就中共中央提出的《農業生產合作社示範章程（試行草案）》進行了協商。會議吸收了所有在北京的政協委員和全國人民代表大會代表進行了為時五天的討論，與會者一致表示同意。草案經國務院第二十次會議最後通過，於一九五五年十一月七日公布實行。一九五六年中共中央根據農業生產合作社發展的情況，製定了《高級農業生產合作社示範章程（草案）》，於同年六月十一日提到政協第二屆全國委員會常務委員會第二十四次會議進行協商，全國人民代表大會常務委員會委員列席了會議。經過討論協商，提出了一些修改意見，隨後經第一屆全國人民代表大會第三次會議批準並公布實行。到一九五六年底，全國農村生產資料所有製的社會主義改造基本完成。農業社會主義改造是一件具有偉大曆史意義的事情，但在實際工作中出現了發展過於迅猛的偏差。
二、關於《一九五六年到一九六七年全國農業發展綱要（修正草案）》的協商
一九五六年一月，在農業合作化運動逐步深入之際，為發展農業生產，中共中央提出《一九五六年到一九六七年全國農業發展綱要（草案）》（簡稱《綱要（草案）》），規定了中國農村十二年內經濟、文化、教育、衛生等各方麵的發展目標，最高國務會議討論並同意了這個《綱要（草案）》。一月二十五日，《綱要（草案）》全文向全國人民公布，隨即在廣大農村中展開廣泛討論，在全國範圍掀起了農業生產的熱潮。到一九五七年一月，《綱要（草案）》提出的全國農村基本實現高級形式的農業合作社的要求，提前一年實現。一九五七年九月，中共八屆三中全會對《綱要（草案）》作了修正，於十月十六日提到政協第二屆全國委員會常務委員會第四十六次會議、第一屆全國人大常務委員會第八十次會議聯席會議上進行協商，中共中央書記處書記譚震林在聯席會議上作了這個草案的修改說明。政協常委和人大常委對發展山區經濟、發展農村文化教育、發展畜牧業和農產品加工工業，以及保護農村婦女兒童權益等問題提出了不少意見。接著，政協第二屆全國委員會常務委員會第四十七次會議和第一屆人大常務委員會第八十一次會議於十月二十二日再次舉行聯席會議，原則通過了這個修正草案，建議中共中央修改後提交全國人民討論，而後再由全國人民代表大會通過實行。一九六○年四月，第二屆全國人民代表大會第二次會議通過了《一九五六年到一九六七年全國農業發展綱要》，並由國家主席劉少奇發布命令公布施行。
三、關於《中華人民共和國農業稅條例（草案）》的協商
全國農業合作化基本實現以後，由於農村的生產關係發生了根本變化，以個體經濟為基礎的農業稅征收辦法已經不再適用。因此，財政部從一九五六年開始醞釀起草新的農業稅條例。一九五八年初，財政部將擬定的《中華人民共和國農業稅條例（草案）》提到政協全國委員會征詢意見。三月十一日，政協全國委員會組織政協常務委員會委員、全國人大常務委員會委員、全國人大法案委員會和民族委員會委員、國務院參事以及其他有關方麵人員、對這個草案進行了座談討論。大家認為，新的農業稅條例有利於農業生產的發展，有利於農業合作社的鞏固，兼顧到國家、集體、個人三者的利益，並作到盡量簡化稅製，是適合當時需要的；新的條例實行比例稅製，廢止過去的累進稅製，並取消按人口扣除免稅額的規定，是中國農業稅製度上的重大改革，有利於促進農業的發展。這個條例草案最後經全國人大常務委員會第九十六次會議通過，並於六月四日公布實行。
四、關於戰犯、戰俘處理問題的協商
中華人民共和國建立以後，到一九五六年，由於中國農村民主改革的徹底完成和鎮壓反革命的勝利，由於農業、手工業、資本主義工商業的社會主義改造基本完成和經濟建設的不斷發展，中國社會出現了空前未有的安定團結的局麵。當時在押的國內外戰犯戰俘經過幾年的改造，大多數人有了悔罪和改惡從善的表現。在當時形勢下，已經有條件按照中國共產黨的既定政策，對在押的戰犯戰俘實行寬大處理。在一九五六年三月十四日政協第二屆全國委員會常務委員會第十九次會議上，周恩來代表中國共產黨就在押的外國的和本國的戰犯戰俘的教育改造情況和寬大處理的方針政策與實施的步驟方法提出協商。對於日本戰犯的處理原則是：罪行嚴重的，由最高人民檢察院提起公訴，最高人民法院軍事法庭進行審判，依法處理；對於多數次要的或悔罪表現較好的戰犯，可免予起訴，從寬處理，由中國紅十字會協助遣返回國。經這次會議協商取得一致意見後，全國人民代表大會常務委員會作出了《關於處理在押日本戰犯的決定》，並由各有關主管部門依照這個決定，對戰犯分別作了判刑或釋放的處理。
至於本國的戰犯戰俘，多數人在關押期間經過教育改造，對自己的罪行有了認識，不少人決心改造自己，立功贖罪。按照化消極因素為積極因素的教育改造反革命罪犯的一貫政策，可以對他們采取逐步寬赦的辦法；在寬赦之前，可以組織他們參觀工農業生產建設的成就，允許他們的親友探視訪問；將來釋放之後，願到香港的可以去，願去台灣的也可以去，允許來去自由。這次常委會經過協商，對這些做法一致表示同意。